一、修訂的總體情況
1．2006年《全國普通高等學校招生統一考試考試大綱》（以下簡稱“《考試大綱》”）的制訂是在總結全國統一大學聯考命題工作，包括分省命題工作，並廣泛徵求分省命題省市意見的基礎上完成的。根據理科綜合能力測試《考試大綱》中的能力要求、考試範圍分學科排列的實際，2006年《考試大綱》的修訂繼續堅持分學科的方式，使能力要求、考試範圍更加符合各學科命題的實際。具體情況參看“二、學科的修訂情況”。
2．在2005年《考試大綱》的基礎上，2006年《考試大綱》把“命題指導思想”更名為“命題要求”，並將“命題要求”的具體內容表述為“要以能力測試為主導，考查考生對所學相關課程基礎知識、基本技能的掌握程度和綜合運用所學知識分析、解決問題的能力。要重視理論聯絡實際，關注科學技術、社會經濟和生態環境的協調發展；要重視對考生科學素養的考查”。這一改動使“命題要求”的敘述更加符合命題實際，進一步明確了理科綜合能力測試的命題方向，突出了理科綜合能力測試考查考生知識和能力的具體要求。
3．在2006年《考試大綱》的題型示例部分，增加了一些試題，這些試題除由教育部考試中心編制的題目外，還包含了分省命題省市編制的題目，希望能夠比較全面地反映全國統一大學聯考命題，包括分省命題試題的題型情況。
二、科的修訂情況
（一）物理
物理學科僅在個別地方做了文字方面的修訂，對能力要求、內容範圍、題型示例均沒有做任何實質性的修訂。
（二）化學
1．將考試內容“一、能力和能力的品質”中的“能力的品質”刪去,這樣與生物和物理取得一致。相應地,刪去本大段最後三行關於思維能力品質的敘述。
2．在原大綱的敘述中“含義”和“涵義”混用,現在一律改為“含義”。
3．將兩處“掌握”的要求層次,改為“理解”。
4．將超出教學大綱要求的內容,如縮聚合成樹脂、同系物原理的應用和二氧化矽粉塵等刪去。
5．作了個別文字的修改,使其表述更為準確。
6．題型示例:
理綜《考試大綱》化學試題共40題，在原來的基礎上更換了11題。試題更換的原則是：去掉原《考試大綱》中目前看來已經超綱或偏難、偏陳舊的'試題，換上有新意的、來自2005年理綜的全國卷、北京卷，江蘇卷單科卷的試題。
(三)生物
1．關於能力要求的修訂
（1）將原《考試大綱》四個方面的能力要求進行了調整。將原《考試大綱》能力要求的第1條分解為理解能力和綜合運用能力，尤其需要提一下的是，把原《考試大綱》第1條中“運用所學的生物學知識、觀點解決（注意這裡是解決）一些相關生物學問題的能力”歸到了新《考試大綱》的第4條“綜合運用能力”中，而“運用所學的生物學知識、觀點解釋（注意這裡是解釋）一些相關的生物學問題的能力”仍然保留在第1條中。將原《考試大綱》中的第4條併入到新大綱“獲取資訊的能力”中。
（2）原《考試大綱》只描述了能力要求的具體內容，此次調整把這些具體的要求進行了歸類，歸納成理解能力、實驗與探究能力、獲取資訊的能力以及綜合運用能力四個方面。
（3）每個能力要求按條目進行了分層次的闡釋，使各能力的要求更清晰。如將實驗能力與探究能力概括為4條，分別從4個角度明確了這一能力的考查要求。
（4）能力要求的內容更具體明確，比如，在實驗與探究能力中，增加了“並能將這些實驗（指生物知識內容表所列實驗）涉及的方法和技能進行綜合的運用”的要求，將原《考試大綱》“能對一些生物學問題進行初步的探究性研究”具體化為“具有對一些生物學問題進行初步探究的能力，包括確認變數、做出假設和預期、設計可行的研究方案、處理和解釋資料、根據資料做出合理的判斷等”。
2．關於考試範圍的修訂
（1）將生物學科的考試範圍以知識內容表格的形式呈現。
（2）調整了部分內容的表述方式。合併了部分條目，如把原《考試大綱》“糖類代謝、脂質代謝、蛋白質代謝”三個條目合併為“糖類、脂質和蛋白質代謝”一個條目，原《考試大綱》遺傳的基因規律下有8個條目，現合併為“基因的分離定律”和“基因的自由組合定律”兩個條目。這樣使得內容表述更顯簡潔，同時所包含的內容並未減少。
（3）將某些說明類的內容移到表格的“說明”欄目中，比如，原《考試大綱》細胞器的結構和功能條目中，在括號中註明了具體的細胞器，2006年的《考試大綱》將這些具體的細胞器移到“說明”欄目中。
（4）在“說明”欄中明確指出一些不作要求的內容。如C4途徑、細胞質遺傳的運用、生物固氮的途徑等。
（5）原《考試大綱》中的實驗“學習微生物培養的基本技術（培養基製備、接種培養等技術）”，教材中介紹了細菌的培養和真菌的培養兩項，但要求學校只選做其中的一項，對於這種型別的實驗生物大學聯考不應作要求，因此刪去。
（6）在細胞器部分恢復了液泡的結構和功能，在植物生命活動調節部分增加了“其他植物激素”的內容。
3．關於題型示例的修訂
題型示例有所調整，從2005年大學聯考理綜考試分省命題省市的試卷中（如北京卷、天津卷）選擇了部分生物試題作為2006年《考試大綱》生物部分的題型示例。
三、考試形式及試卷結構的說明
2006年大學聯考理科綜合能力測試的考試形式和試卷結構與2005年基本相同。答題方式是閉卷、筆試，考試時間為150分鐘，試卷滿分為300分。
參照中學物理、化學、生物的教學課時數，《考試大綱》規定了理科綜合能力測試試卷中物理、化學、生物三個學科的內容比例為約40%，36%和24%，2006年《考試大綱》仍然保持了這個比例，該比例基本符合中學三個學科的教學實際，有利於中學按正常的教學課時安排進行教學。
試題的編排方式基本與2005年的試卷相同，仍然按照選擇題在前、非選擇題在後的方式，同一種題型中仍然按照學科內容相對集中的原則進行排列，如選擇題中按照生物、化學和物理的順序排列，非選擇題中按照物理、化學和生物的順序排列。同一學科的試題基本上按照由易到難的順序排列。
四、關於題型示例的說明
題型示例的目的是為了讓考生對全國統一大學聯考試題，包括分省命題省市編制的試題的題型有一個大概的瞭解和感性認識。這些試題的選取考慮了內容、難度、題型、考查的能力要求、試題的特點等各個方面，力圖比較全面地反映全國大學聯考試題的形式和特點。與以前的《考試大綱》不同的是，2005、2006年《考試大綱》題型示例中的試題不再有易、中、難的說明，主要是考慮到實行分省命題後，各分省命題省市的考生水平不同，對試題難度的界定存在差異，而不能以全國試題的實測難度來界定試題的易中難水平。