全國股份轉讓系統與全國性證券交易場所在服務物件、投資者結構和交易方式不同。那麼新三板與主機板、創業板相比，新三板具有什麼特點？如無硬性財務指標要求、掛牌條件彈性較大、掛牌成本低週期短等。
全國股份轉讓系統與滬深交易所都是經國務院批准設立的全國性證券交易場所，從這個意義上講，三者在市場性質和法律定位上並無區別，主要區別在於服務物件不同、投資者結構不同、交易方式不同。滬深市場是中國資本市場的頂層市場，具有高度公眾化的特徵，市場流動性和融資效率較高，因此發行上市的標準也相對較高，企業規模相對較大。全國股份轉讓系統主要服務於創新、創業、成長型中小微企業，實行較為嚴格的投資者適當性管理制度，並適應掛牌公司差異較大的.特性，實行多元化的交易機制。其市場執行以自律監管為主，探索實行更加市場化的管理機制。
新三板與主機板、創業板相比的特點：
①無硬性財務指標要求：現有規則更看重企業的持續經營能力，對營業收入、淨利潤等財務指標無硬性要求。實際操作中，為完善改制，經審計的淨資產至少應達到500萬元。
②掛牌條件彈性較大：創業板、中小板的上市條件眾多，在主題資格、獨立性、規範執行、財務會計、募集資金投向等方面都有嚴格限制（如、創業板發行條件僅明文規定的就有19條）而目前新三板掛牌的法定條件僅6條，且多為定性指標，具體尺度由主辦券商判斷、把握，例如，報告期內實際控制人變更等情況，只要有充足理由說明對公司的持續經營能力沒有影響、對未來發展有利，一般不構成掛牌的障礙。
③掛牌成本低、週期短：公司支付給各個中介的費用不到主機板、創業板的十分之一，且地方政府一般會提供財政補貼，企業的改制、掛牌成本極低。從主辦券商進場到股票掛牌一般需要半年左右時間，而股票進入主機板或創業板，從接受輔導到股票上市一般需要一年半以上的時間。
④可自行選擇融資物件及融資時點：主機板、創業板市場只能選擇IPO方式向不特定物件發行新股融資，上市當時就要稀釋原股東的股權，上市後再融資也要經過嚴格的審批程式。而在新三板掛牌則可由企業自行決定是否融資，以及融資時點、融資物件。
⑤適度資訊披露原則：與主機板、創業板相比，新三板對強制披露事項、披露流程進行簡化，例如，不要求披露季報，在制定網站披露即可（不要求在報紙上披露）