人事檔案曾被視為身份的證明，它記錄著一個人從學校到各個工作崗位不同時期的人生軌跡，是用人單位考察、瞭解個人的重要憑證，事關一個人的就業和升遷，也曾被人形象地稱為記錄人生軌跡的“命根子”。對於一個人來講，人事檔案是就學、就業時所需的必要的證明材料，同時也是一個人工作流轉、繳納各種保險、享受最低生活保障金的基礎性材料。按照我國現有的人事檔案管理辦法，相當一部分人的檔案是由其所在工作單位予以保管的。由於單位檔案管理制度的非專業性，難免會存在一些疏漏。加之近年來，隨著人才流動的日益頻繁、企業改制速度的加快、國家有關社會保障政策的出臺、勞動糾紛的增多，因檔案轉移、損壞、丟失等引發的糾紛呈現逐年上升的趨勢。雖然案件總量不多，但由於涉及群眾基本生活保障問題，加之法律相關規定不明確，又缺少其他救濟途徑，導致此類糾紛很難得到有效解決，甚至引發長期上訪事件，不利於社會的和諧穩定。
對於檔案糾紛是否屬於勞動爭議，目前在理論上還存在一定的爭議，實踐中做法也不一。一種觀點認為，企業與職工之間存在管理與被管理的關係，單位對職工人事檔案負有保管義務，二者之間形成的是一種合同關係，該類糾紛屬於勞動爭議範疇，應先經勞動仲裁處理，未經仲裁不予受理。第二種觀點認為，在社會主義計劃經濟時代，政府對勞動者的檔案進行統一管理，用人單位管理勞動者的檔案是履行行政義務，並不是用人單位基於勞動合同應當對勞動者履行的義務，因此，此類糾紛屬於行政爭議。第三種觀點認為，人事檔案獨立於勞動合同，是用人單位與勞動者之間因保管合同產生的糾紛，屬於一般民事爭議。基於以上不同的觀點，各地法院過去對於此類糾紛的審理存在不同判例，不利於保護當事人的合法權利和維護法律適用的統一性，損害了法律的效率和權威。
實踐中，檔案糾紛主要包括：勞動者要求用人單位轉移檔案，而用人單位拒絕或者拖延辦理轉檔手續而引起的糾紛;因用人單位將勞動者檔案損壞或丟失，勞動者要求用人單位補辦檔案、賠償損失引起的糾紛等。對於檔案糾紛是否屬於勞動爭議範疇，應當具體問題具體分析。
2006年6月13日，《最高人民法院關於人事檔案被原單位丟失後當事人起訴原用人單位補辦人事檔案並賠償經濟損失是否受理的覆函》明確了人民法院應當對案件關係人起訴請求補辦檔案、賠償損失的，作為民事案件受理。①2006年10月1日起施行的《最高人民法院關於審理勞動爭議案件適用法律若干問題的解釋(二)》第5條對上述最高法院的批覆進行了更為明確的限制，該條規定將轉檔糾紛直接規定為勞動爭議，即勞動者與用人單位解除或者終止勞動關係後，請求用人單位返還其收取的勞動合同定金、保證金、抵押金、抵押物產生的爭議，或者辦理勞動者的人事檔案、社會保險關係等移轉手續產生的`爭議，經勞動爭議仲裁委員會仲裁後，當事人依法起訴的，人民法院應予受理。《勞動合同法》第50條規定：“用人單位應當在解除或者終止勞動合同時出具解除或者終止勞動合同的證明，並在十五日內為勞動者辦理檔案和社會保險關係轉移手續。”依據上述規定，勞動者要求用人單位轉移檔案或者要求就丟失、損壞檔案賠償損失，應當屬於用人單位在勞動合同履行過程中應當承擔的法定義務。
1992年6月9日原勞動部、國家檔案局釋出的《企業職工檔案管理工作規定》第18條規定，企業職工調動、辭職、解除勞動合同或被開除、辭退等，應由職工所在單位在1個月內將其檔案轉交其新的工作單位或其戶口所在地的街道勞動(組織人事)部門，職工被勞教、勞改，原所在單位今後還準備錄用的，其檔案由原所在單位保管。據此，“企業職工調動、辭職、解除勞動合同或被開除、辭退等”，單位有將檔案移轉到相應部門的法定義務。同時，勞動合同解除和解除合同後產生的附隨義務糾紛，也應屬於勞動合同履行爭議的延伸，這樣有利於擴大在上述情況下對勞動者的救濟渠道。
具體來講：就爭議的主體看，一方是勞動者而另一方是用人單位，他們之間的地位並不平等，不能用一般的民事保管關係處理。從檔案轉移糾紛的性質來看，勞動者與用人單位解除勞動合同後，勞動者所在單位應當在15日內將職工檔案轉交新的工作單位或其戶口所在地的街道勞動組織人事部門，這是用人單位在與勞動者終止勞動關係後必須履行的義務，應視為勞動合同的重要內容之一，受《勞動合同法》的調整。這與《勞動合同法》的立法宗旨是一致的，同時也符合《勞動合同法》適用範圍的規定。檔案丟失後，對勞動者造成的侵害也主要是涉及勞動權利方面的侵害，如就業、養老保險、失業保險的繳納等，故應當作為勞動爭議案件受理。因遲延轉檔或檔案丟失，勞動者主張用人單位賠償損失，為避免雙方今後產生新的糾紛，應判令用人單位一次性給付，賠償數額應根據雙方當事人過錯程度、勞動者受損失情況酌情確定。
但勞動者要求用人單位補辦檔案手續的糾紛，則不屬於勞動爭議範疇。因為檔案具有歷史性，不可複製。檔案通常由用人單位保管，在檔案丟失後，勞動者亦不知道原檔案都存在哪些內容，無法完成舉證任務，即使能舉證，用人單位也無法補辦以前的檔案。人民法院即使判決，也難以執行。因此，補辦檔案手續的糾紛不屬於勞動爭議，勞動者與用人單位可通過其他途徑解決。