第一批本科、第二批本科、第三批高職(專科)，各批“平行志願”與“徵求志願”分別只實行一輪投檔。每批錄取結束後，再進行下一批錄取。每批次平行志願投檔錄取過程如下：
(1) 平行志願投檔錄取
投檔錄取過程為：排序→檢索(分檔)→投檔→錄取→確認
第一步排序:將所有滿足該批次分數線的考生(不包含前面批次已被錄取的考生)，分文科和理科從高分到低分排序，使每個考生都確定自己所處的位置。
第二步檢索(分檔):將考生檔案分到高校的資料庫檔案中。由計算機將排好序的考生從高分到低分逐個進行檢索，檢索到的考生，對其所填的各志願高校依次進行檢索判斷。當某一高校已分得的檔案數小於投檔數時，則將檔案分到該校檔案資料庫，否則就對考生下一志願高校進行檢索判斷。一旦檢索到投檔數未滿的高校而被分檔後，則不再對其後志願檢索。
第三步投檔:當該批次所有滿足條件的考生檔案檢索完畢後，對分好的本批次檔案定向投往高校。這個過程是一次性地同時完成的。
第四步錄取:高校根據已向社會公佈的《招生章程》錄取考生。
第五步確認:高校將確定的錄取名單通過網路回傳給招生錄取現場進行錄取檢查，一旦完成錄取就辦理錄取手續。與此同時，已經投檔至高校但由於不符合高校錄取條件的未錄取考生檔案也將被退回招生錄取現場。
(2) 外省市高校加分投檔考生錄取
第一、二、三批次招生的外省市高校經平行志願投檔後，如控制線上生源不足，在徵得學校同意後，對填報過相應高校志願的考生實行合成總分加20分投檔(考生加分後的成績必須達到學校所在招生批次的控制線;加分只在投檔時起作用，招生高校看到的仍是考生加分前的成績;加分投檔也按平行志願的投檔方式和投檔比例)，由外省市招生高校按《招生章程》進行稽核錄取。
(3) 農林、石油、地質、水利等類外省市高校降分投檔
第一批、第二批在滬招生的農林、石油、地質、水利等院校，平行志願錄取(含加分投檔生源的錄取)後線上生源不足，經學校提出，可在徵求志願前直接進行降分投檔。
(4) 徵求志願錄取
上述三個流程結束後，被退檔的'考生和沒有被投檔的線上考生一同進入徵求志願程式。徵求志願也按照平行志願的投檔及錄取方式進行。
(5) 外省市高校(除農林、石油、地質、水利等類院校外)的降分投檔
除農林、石油、地質類院校外的第一批、第二批外省市在滬招生的本科院校，經平行志願、加分投檔和徵求志願錄取後線上生源如果仍然不足，學校提出要求，可降分投檔。降分幅度由招生高校在規定範圍內確定，最大可降至下一批次最低錄取控制分數線。降分投檔僅在填報過該校志願的考生中進行，能否錄取由高校決定。第三批高職(專科)則不得在最低錄取控制分數線下降分投檔。
外省市高校加分投檔和降分投檔時不再徵求考生的意見，也無須考生再提出申請，按照平行志願的投檔方式進行。、