隨著日本政府不斷推出吸引高層次留學生的優勢政策，充實獎學金制度，改善學習、生活條件，以及赴日讀研的資訊和優勢被廣泛的瞭解和認識，近來，國內掀起了赴日讀研的熱潮。與此同時，長期以來受赴日留學就意味著讀語言學校這種觀念的影響，不少的申請者套用語言學校的申請政策和程式，陷入了申請誤區，導致申請失敗，主要表現為：
申請赴日本留學讀研誤區一、認為赴日讀研只是提供材料，申請在留資格和簽證。日本的語言學校大多由公司經營，以贏利為目的，計劃招生人數很多，通常在100-300名左右，達到一定學生規模方能維持，所以對申請者的要求相對較低，只要在年齡、學歷、經費支付等方面符合日本入國管理局的標準，統統可以錄取，至於畢業後是否能考上大學不是語言學校關心的事情。因此，讀語言學重在申請。而日本的大學院（研究生）招收的是高層次的研究人才，其最基本的標準是考查申請者是不是有進入大學院的知識水平和研究能力，招生人數有限。由於國內教育觀念、研究訓練方法的限制，對日本的教育制度研究方法缺乏瞭解，以及中日在教育研究方法、思維方式上的差異，國內的大學生在研究課題選擇和研究計劃書作成等方面往往無從下手，即使能夠赴日後，在修士（碩士）博士進學考試以及其後的學習和研究中也困難重重。這就需要諳熟中日教育狀況，研究思維方式的學者進行專業的指導培訓。
申請赴日本留學讀研誤區二、以某地區某學校有親戚、同學、朋友希望得到照顧或打工是否方便、城市是否繁榮為理由，甚至以氣候等原因挑選地區、學校。這明顯是受申請語言學校的影響。日本的語言學校數量很多，每個城市都有數所，希望申請者多多益善，如果不考慮拒籤率，申請者可隨便選擇地區學校。需要說明的是，在日生活學習過的人都知道，親戚、同學、朋友的照顧是十分有限的；打工主要取決於語言程度而不是地區；日本的國立大學都在縣廳（省府）所在地，除幾個特大城市外，其他縣廳（省府）所在地城市差別不大。這且不說，如果以這些理由選擇地區和學校，將會大大降低申請的成功率。原因如下：
1、日本的國立大學總共有97所，除去專業性的大學，絕大多數地方（縣）只有一所國立大學，如果是挑選某個地區，在大多數情況下實際上意味著只能申請一所大學。另外，有些大學招收研究生有嚴格的限制，如只接受公費留學生，或與之有學術交流協定、學生交換協定大學的學生等。
2、絕大多數日本大學研究生的錄取採取指導教授決定製。教授接受申請者的最基本前提是其所研究的專業課題必須與教授一致。不論在哪個國家，研究同一課題的導師都是有限的，在同一所大學裡研究同一課題的導師就更少了。另外，即使成功地對上了導師的研究課題，但導師接受的研究生是有限的，一般只帶一、兩個人，名額已滿的情況很多，導師出國講學不便接受研究生的`情況也不少。這些因素就決定了導師聯絡的方式——這個不行聯絡另一個，也就是說只能是以專業課題來聯絡導師，從而確定學校，確定地區，而不是相反，更不是以其他因素來確定，否則申請渺茫。
3、不少大學對申請者的資格有一些特別的要求，如有的大學要求必須提供日本留學考試成績，由於該考試不在中國舉行，國內的學生無法申請有此類要求的學校；有的要求提供日語能力考試成績或託福成績，沒有這方面成績的申請者無法申請有此要求的學校；有的專業要求必須在大學期間學習過該專業，如果沒有這些資格而非選擇某個地區、某個學校，那是不可能申請成功的。
4、教授是否接受申請者的因素主要有：①申請者的基本條件象學歷、語言水平；②基礎學力即知識水平和研究能力；③培養潛力。後兩項主要是通過成績表、研究業績、論文、作品以及研究課題的確定、研究計劃書的寫作來判定。除次之外，還要看畢業學校的檔次，一般情況下，畢業學校檔次應與所申請的學校的檔次相當，如果差的太多將會影響申請。