一、馬德里自治大學專業設定
在馬德里自治大學的學校官網上，碩士專業被分為5大類：
1、Artes y Humanidades（藝術與人文類）
如人類學，考古學，藝術文學和文化研究，東亞研究，古代歷史，當代史，西班牙語文學，以及視聽翻譯和本地化等專業。
2、Ciencias（科技類）
生物多樣性，生物技術，生態學，物理學，生物分子和細胞動力學，遺傳學和細胞生物學，微生物學，有機化學等專業。
3、Ciencias de la Salud（健康科學類）
分子生物醫學，流行病學，藥理研究，健康心理學，護理學，生物資訊學和計算生物學等專業。
4、Ingeniería y Arquitectura（工程與建築類）
資料科學，資訊工程，化學工程，電信工程，計算智慧與互動系統的研究與創新等專業。
5、Ciencias Sociales y Jurídicas（社會和法律科學類）
法律，MBA，數量經濟分析，社會教育，體育活動與運動科學，經濟發展與公共政策，人力資源，社會心理，法律研究等專業。
其中，馬德里自治大學的生物學，護理學，醫學，物理學和法學的很多專業在西班牙甚至歐洲都堪稱出色。
二、馬德里自治大學院校設定
目前大學共設有5大學院：自然科學院、政治學學院、經濟貿易學院、法律學院和哲學文學醫學院。設有哲學、文學、科學、法律、醫學、醫藥和政治學系等。
其中校級碩士專業開設：
服務經濟、工商管理、會計、審計、金融、銀行管理、經濟管理、市場行銷、稅務和財政、漢語文化、日語文化、社會文化研究與拉美髮展、健康護理、社會服務管理和指導、質量管理、人力資源指導、運動心理學、新聞學、生物技術、環境優化、法律等。
官方碩士專業開設：
考古學與遺產學、考古學、天體物理學、生物物理學、合同法、企業法、歐盟法、民主與政府、非洲研究與國際關係、拉美研究、理論物理學、現代歷史、資訊工程與通訊工程、數學及應用、農業化學、分子程式模擬等。
三、馬德里自治大學熱門專業
1、西班牙語：研究與專業實踐
該專業被認為是高度專業化的研究生課程，是對理論和實踐性質的全面培訓，將來在西語行業從事教學和研究的專業人員將掌握他們專業研究領域的理論基礎，以及與某些專業相關的專業技術。適合未來想從事西語教師，編輯，翻譯等工作的同學。
該專業分為研究和專業實踐兩個方向。研究方向針對具有研究興趣的學生和計劃讀博深造的同學。專業實踐方向面向需要培訓才能進入西班牙語專業領域的學生。
2、教育培訓的資訊與通訊技術
Tecnologías de la Información y la Comunicación en Educación y Formación
該專業是專業和研究相結合的碩士課程，旨在在教育和培訓中培養資訊和通訊技術方面的專家。使學生通過教育中的資訊通訊技術，全面瞭解變革和創新的過程。
該專業適合希望獲得最新培訓以及該知識領域的教育研究的幼兒或初等教育的教師和畢業生，心理學家，教育者，心理教育者和一般畢業生。
學校為學生提供了在相關機構的實習機會。
3、藝術，文學和文化研究
Estudios Artísticos，Literarios y de la Cultura
該專業在當前的官方研究生課程中是獨一無二的`，因為它具有跨學科的方向，並且融合了來自不同知識領域的理論和方法論觀點。通過對文學和視覺，電影和媒體研究，藝術，音樂創作和知識的文化影響之間傳遞的概念和問題的綜合視野，促進人文學科研究的新方法。
該碩士課程面向藝術和人文學科以及音樂學高階研究科的畢業生和畢業生。