《東邪西毒》很多人都說難懂。香港電影學會剪輯課教材影片，該片剪輯師譚嘉明主講，每年亦有很多學生抱怨看不懂。這當然與其錯綜複雜的情節及拼接的敘事結構有關，但更多的是與其強烈的影像表現力和不按常理出牌的剪輯方式有關。下面對該片剪輯技巧的特色進行解析。
1.獨具特色的正/反拍剪輯
正/反拍剪接是基本的剪輯技術，每一部主流電影，甚至很多實驗電影都會採用。
王家衛的電影也經常沿用傳統的正/反拍剪接方式。較主流的《旺角卡門》不用說，《東邪西毒》中也有出現，例如剛開場不久，張國榮飾的歐陽峰與劉洵飾的對手打鬥，便有幾個人對剪的正/反拍。但這種主流的剪輯手法，在《東邪西毒》內一般都出現於過場式或較次要的時刻。在重要的戲劇場面，剪輯師採用違背了約定俗成習慣的剪輯方式，因此令人有“不知他說什麼”的感覺。該片獨特的正/反拍剪接風格，有以下數種方式。
(1)多用雙人鏡頭
一般主流電影，兩個角色的對手戲都採用雙人鏡頭及單人鏡頭對剪的方式。甲與乙交談，首先同時見到兩人，跟著一個甲的單鏡、乙的反應鏡頭，然後再回到雙人鏡頭或甲乙對剪。而《東邪西毒》的剪輯刻意違背這種方式，大量應用雙人鏡頭。例如黃藥師第一次探望歐陽峰，兩人風馬牛不相及地在屋外帳篷下的遠鏡中坐著，黃在桌旁提到“醉生夢死”，歐陽遠遠地坐在牆上，身體向著外面蒼涼的景色，頭卻轉過來聽。在朦朧的暮色或陰暗的燈光下，我們只聽到黃的獨白，看不到兩人的表情，發言者的口形更不用提了。直至談話的末段，才接到黃的中鏡，讓我們看得清楚點。跟著接到一個歐陽的正面特寫，好像是他的反應鏡頭，細看之下，背景卻已移至室內，聲帶上亦響起他的旁白，顯示已進入了別一場戲。
這種剪輯及場面高度，營造出強烈的疏離效果，阻止了觀眾對角色的認同及對電影的投入，令他們難以產生一般觀影的感情反應。例如上文提到的歐陽峰特寫，時間非常短暫，一般觀眾可能根本未有機會看清楚更換了背景，只直覺地感到有了變動，更增迷惘之意。
(2)沒有反應鏡頭
承接上文，觀眾誤會歐陽的特寫為反應鏡頭，因為這是一般電影的剪輯策略。《東邪西毒》令人困惑的地方，就是經常違反了觀眾的期待。黃藥師說話，我們自然想看到歐陽峰的反應，一般電影也會滿足我們的期待。該片剪輯巧妙的地方，是那一個歐陽峰的特寫，又起碼交代了他的部分反應，不過這反應卻發生在另一場戲中!
貫穿《東邪西毒》，剪輯風格不斷觸犯著我們的期待，拒絕為我們提供反應鏡頭，最明顯的例子是介紹歐陽峰為殺手經紀人的戲。他在大特寫中對著鏡頭說話，物件是右方前景只見到黑黑的背影的人。歐陽峰巧言令色地引誘這個無名人去買凶，但剪輯師從頭到尾不讓我們看到他的面貌。只有正拍，沒有反拍鏡頭。
另一個例子是楊采妮飾演的無名女子，請求歐陽峰僱大夫照顧洪七。歐陽語帶譏諷地說：“可惜我家沒有雞蛋……你是最擅長用雞蛋請人做事的。”他邊迴應邊喝水，畫面停留在他的面部特寫，沒有剪到她的反應。直至他喝完水，去到她身後說：“我是不會救他的”，我們才在雙人鏡頭的特寫中見到她的反應鏡頭。
(3)從單人鏡頭到雙人鏡頭的長鏡頭
《東邪西毒》中，省略反應鏡頭而改用雙人鏡頭的剪輯策略，有時則以長鏡頭畫面出現。慕容嫣與歐陽峰討論她“哥哥”，兩人圍著一個鳥籠談了好長一段話，但剪輯師只用了一個鏡頭。長鏡頭中慕容、歐陽、鳥籠、籠的影子、鏡頭焦點都不斷移動，婆娑起舞地彼此配合。他說話時，也沒有剪到她的反應，反而安排他慢慢地走到她身旁或身後，鏡頭則跟著他從單人鏡頭搖到雙人鏡頭，讓我們同時見到說話的他及反應的她。稍後“哥哥”慕容燕出現，也應用了同樣的剪輯手法。
(4)畫外音的剪接運用
《東邪西毒》的剪輯，喜歡安排畫外音作為剪接點的重要元素。
無名女子請歐陽峰幫助洪七，鏡頭中我們只看見聽而無心的他，而看不到苦苦央求的她，等如一個斷裂的反應鏡頭。換一種說法，是隻有反拍鏡頭，而沒有推動它的正拍鏡頭。
又例如夕陽武士的出現。電影從他的妻子撫摸馬匹的場面接到一個酒碗的特寫前，畫外響起黃藥師的聲音：“介意我請你喝杯酒嗎?”黃的手正想倒酒，但武士的聲音在畫外迴應：“我今晚只想喝水。”倒酒的手停在半空，還未退出畫面，水舀子已從桌下出了場，接下來的鏡頭中，黃慢慢地為酒碗註上了水。三人間複雜的關係，在畫中人、畫外音、回憶/想像間一連串巧妙的剪輯中，得到了含蓄的交代。
以上各種方式，都是違反觀眾期待的正/反拍剪輯技法，在角色之間製造了特異的關係，含蓄但有交地表達了電影中愛恨纏綿、迷惘錯亂的感情瓜葛。
2、令人困惑的視點剪輯
約定俗成的電影文法，剪輯規律很大程度上依據視線的一致性。意思是說。從一個鏡頭接到另一個，視線是應該銜接的。《東邪西毒》的`剪輯雖然非常獨特，但並非石破天驚的離經叛道。不過，由於他別樹一格的場面排程，往往產生令人迷惘的剪輯效果。
(1)目不交投的角色
電影畫面中，角色交談時往往目不相接，而且身體更朝著不同方向，以構圖表達隔膜。上文討論的歐陽峰與黃藥師在屋外對談的場面是典型例子。其他如夕陽武士與無名女子的答問、歐陽峰請洪七吃飯等場面，這種情況都不斷出現。這種特別的場面排程，往往令觀眾不能依循視線的一致性去理解電影的剪輯，因此會有摸不著頭腦的感覺。
黃藥師喝完“醉生夢死”後與歐陽峰交談一段，剪輯師先給我們一箇中景，銀幕右方是轉動的鳥籠，左方則是倚牆的歐陽峰，與畫外的黃藥師談了幾句。跟著接到一個全景，鳥籠在銀幕左上角轉動，黃則在中間偏左的位置坐在地上。本來鳥籠的存在已為我們設立了角色的位置，即歐陽在籠的左方、黃在籠的或方。但歐陽在中景裡，目光卻向右方凝望，令我們真覺上以為黃是在他左方，兩個鏡頭的連線便有突兀之感。其實我們只要瞭解，他們談話時沒有彼此直望，便不會有問題。而對白中，歐陽也特別問黃為何盯著鳥籠，更為我們安排了線索。
跟著，剪到一個雙人鏡頭，歐陽側面的大特寫在銀幕右方，左上角是鳥籠，坐在地上的黃則在中間。這個鏡頭有幾點令人迷亂的地方。一是歐陽峰這回定晴地望著黃，後者則在銀幕上他的左方。此外，鳥籠在左上角轉動，更將兩個角色同時安排在籠的右方。
這是剪輯師玩弄空間與排程的手法。首先，歐陽的凝視可解釋為他已經轉過頭去看著黃。而兩人的位置則是攝影機移動了一個90度與180度間的角度，將角色與鳥籠的地理關係重新界定了，雖然沒有違反基本的“180度定律”，仍然令我們有無所適從的感覺。
這種做法，挑戰了電影語言文法。雖然在現實生活中，人與人交談，確實經常都會目不交投，但電影在發展過程中，視線的一致性已經成為了剪輯的定律，剪輯師因此常常努力在鏡頭排程上維持這種一致性，例如一個角色往右下方望，接到與他對話的角色便會往左上方望。《東邪西毒》不以為然地違反了視線的一致性，產生了奇趣的剪輯效果。