首都醫科大學建校於1960年，是北京市重點高等院校，已故著名泌尿外科專家、兩院院士、全國人大常委會副委員長吳階平教授為首任校長。現任黨委書記李明教授，校長呂兆豐教授。
學校校本部設有10所學院和1所研究院，包括基礎醫學院、公共衛生學院、化學生物學與藥學院、生物醫學工程學院、中醫藥學院、衛生管理與教育學院、護理學院、燕京醫學院、全科醫學與繼續教育學院、國際學院;北京腦重大疾病研究院。學校現有20所臨床醫學院暨附屬醫院，包括首都醫科大學宣武醫院(第一臨床醫學院)、附屬北京友誼醫院(第二臨床醫學院)、附屬北京朝陽醫院(第三臨床醫學院)、附屬北京同仁醫院(第四臨床醫學院)、附屬北京天壇醫院(第五臨床醫學院)、附屬北京安貞醫院(第六臨床醫學院)、附屬復興醫院(第八臨床醫學院)、附屬北京佑安醫院(第九臨床醫學院)、附屬北京胸科醫院(第十臨床醫學院)、首都醫科大學三博腦科醫院(第十一臨床醫學院)、附屬北京地壇醫院(第十二臨床醫學院)、附屬北京兒童醫院(兒科醫學院)、附屬北京口腔醫院(口腔醫學院)、附屬北京安定醫院(精神衛生學院)、附屬北京婦產醫院(婦產醫學院)、附屬北京中醫醫院(中醫藥臨床醫學院)、附屬北京世紀壇醫院(腫瘤醫學院)、附屬北京康復醫院、附屬北京潞河醫院、中國康復研究中心(康復醫學院)，以及預防醫學教學基地(北京市疾病預防控制中心)。學校還設有37個臨床專科學院、專科學系。
學校學科力量雄厚。現有8個國家重點學科，2個國家重點(培育)學科，56個國家臨床重點專科(含中醫)，14個國家中醫藥管理局重點(培育)學科，4個北京市一級重點學科，6個北京市二級重點學科，1個北京市重點交叉學科，2個北京市一級重點建設學科，6個北京市二級重點建設學科，1個北京地區高等學校學科群。5個國家臨床醫學研究中心,1個省部共建國家重點實驗室培育基地，4個教育部重點實驗室，41個北京市重點實驗室。有8個一級學科博士學位授權點和11個一級學科碩士學位授權點;按照三級學科統計，有59個博士學位授權點和78個碩士學位授權點。有9個博士後科研流動站。
學校本專科專業齊全，設定的長學制專業中有臨床醫學(包括兒科方向)和口腔醫學;本科專業中有臨床醫學、基礎醫學、口腔醫學、預防醫學、藥學、中醫學、中藥學、護理學、生物醫學工程、假肢矯形工程、康復治療學、公共事業管理(衛生管理)、醫學實驗技術、法學(衛生法學)、臨床藥學、醫學檢驗技術等16個專業。高職高專教育設有護理、醫學檢驗技術、藥學等14個專業。現有全日制在校生10604人，其中研究生3132人，長學制學生1561人，本科生3368人，高專高職生2067人，留學生476人;成教學生5004人。學校培養醫學與醫學相關學科的學術型和應用型人才，形成了全方位、多層次、創新型人才培養模式。
學校目前有教育部、衛生計生委“卓越醫生教育培養計劃”試點專案4個，7個國家級特色專業和10個市級特色專業，7門國家級精品課程和18門市級精品課程，5門國家級精品資源共享課程，1門國家級精品視訊公開課，3個國家級實驗教學示範中心和5個市級實驗教學示範中心，3個國家級人才培養模式創新實驗區和1個市級人才培養模式創新試驗區，1個國家級大學生校外實踐教育基地，4個北京市級校外人才培養基地和1個素質教育基地，7個國家級優秀教學團隊和11個市級優秀教學團隊，1名國家級教學名師和18名市級教學名師。通過教育教學改革實踐，學校共獲得教育教學成果獎國家級特等獎1項、二等獎7項、優秀獎1項，市級特等獎2項、一等獎15項、二等獎23項。
學校具有較強的學術發展與科研實力，在校本部和附屬醫院擁有一批國家級和市級重點學科和重點實驗室的基礎上，建有高水平的國家級、市級研究和培訓機構，如國家生命科學與技術人才培養基地、衛生部全科醫學培訓中心、北京市全科醫學培訓中心、首都衛生管理與政策研究基地等。有1個國家工程技術研究中心、4個教育部工程研究中心、7個北京市工程技術研究中心。有4個教育部創新團隊，2個科技部重點領域優秀創新團隊。近5年來，學校承擔了國家“973”、“863”、國家自然科學基金、國家社會科學基金、北京市自然基金，以及國家教育部、衛生計生委、科技部、北京市科委、北京市教委等科研專案2554項(其中國家級科研專案1289項)，累計科研經費18.8億元;獲得各類各級獎勵74項，其中國家科技進步獎6項、北京市科技獎22項、教育部高等學校科學研究優秀成果獎15項、教育部人文社科獎2項、北京市哲學社會科學優秀成果獎3項、中華醫學科技獎20項、何樑何利科學與技術進步獎1項、吳階平醫學獎4項、茅以升北京青年科技獎1項;獲得專利授權364項。神經生物學、細胞生物學、基礎免疫學、醫學影象處理、生物資訊檢測與處理、神經內科、神經外科、心臟內外科、腎移植、呼吸內科、消化內科、口腔生物醫學、眼科、耳鼻咽喉科、小兒血液病等在國內外享有較高的聲譽。
學校和附屬醫院現有教職員工和醫務人員37795人(校本部1550人，附屬醫院36245人)。有院士6人，特聘顧問11人，正高職稱1974人，副高職稱3380人。其中教授738人(校本部101人，附屬醫院637人),副教授1245人(校本部228人，附屬醫院1017人);博士生導師439人(校本部83人，附屬醫院356人)，碩士生導師839人(校本部143人，附屬醫院696人)。校本部和附屬醫院總佔地面積151.2萬平方米(校本部23.3萬平方米,附屬醫院127.9萬平方米);總建築面積245.8萬平方米(校本部35.9萬平方米，附屬醫院209.9萬平方米);固定資產總值207.1億元(校本部17.6億元，附屬醫院189.5億元);教學科研儀器裝置總值24.6億元(校本部12.3億元，附屬醫院12.3億元);圖書館藏書155.5萬冊(校本部83.4萬冊，附屬醫院72.1萬冊);住院病床18793張。
學校有良好的教學科研輔助設施，建有圖書館、檔案館、醫學實驗與測試中心、資訊與通訊中心、現代教育技術中心、臨床檢測中心、實驗動物部、學報編輯部、校史館、中醫研修學院及首都國醫名師館、生命與健康博物館(籌)、後勤服務集團、校醫院等健全的技術服務平臺。
學校十分重視國際、國內交流與合作，先後與美國、加拿大、澳大利亞、英國、瑞典、挪威、香港、臺灣等30多個國家和地區的高校和相關單位簽訂了友好交流合作協議。先後接待50多個國家和地區的專家學者和學生數百人來校進行學術交流和參觀訪問。目前，我校聘請的外籍專家共30人，聘請的外國及港澳臺地區客座教授73人;在校學歷教育海外學生508名，覆蓋40多個國家和地區。學校海外學生涵蓋了本科、碩士、博士研究生及進修生。同時，學校積極選送教師、科研人員和管理幹部出國進修，參加學術會議和考察訪問。
建校50多年來，學校形成了“扶傷濟世、敬德修業”的校訓、“愛國奉獻、艱苦奮鬥、救死扶傷、嚴謹求實”的校風和“勤學、博思、求精、創新”的學風，並形成了比較完整的學校文化標識系統。同時，不斷以首醫人的奮鬥歷程豐富著“首醫精神”的文化寶庫，激勵著首醫人繼續團結奮進。
校黨委始終把加強黨的先進性建設、推動事業科學發展作為學校黨建和思想政治工作的根本出發點和落腳點，“在衝鋒中建先鋒”的黨建理念深入人心。學校堅持育人為本、德育為先，不斷加強學生德育和教育管理工作。2007年，學校獲評北京市黨建和思想政治工作先進高校。
全體首醫人求真務實、齊心協力、自主創新、和諧發展，正在努力將首都醫科大學建設成為立足首都、面向全國、走向世界，國內一流、國際知名的醫科大學。