國家執業藥師資格考試規定兩年為一個考試周期。即參加全部科目考試的人員須在連續兩個考試年度內通過全部科目的考試，如果參加2014年考試者尚有相關科目不合格的考生，可以在2015年選擇新大綱對應的考試科目參加考試，其成績兩年滾動有效。2014年執業藥師各科目考試合格標準均為60分，2015年執業藥師各科目試卷滿分均調整為120分，合格標準暫未公佈。
例如：應試人員於當年參加執業藥師資格考試，有兩個科目的考試成績合格;第二年須參加另外兩個科目的考試，若成績合格則視為通過全部科目的.考試;若其中有一個科目考試成績不合格，則第三年只承認第二年考試中合格科目的成績，另外三個科目須重新參加考試，如此滾動。
免試部分科目的人員須在一個考試年度內通過應試科目的考試。