(1)收集、整理和分析有關依據資料。在編制竣工決算檔案之前，應系統地整理所有的技術資料、工料結算的經濟檔案、施工圖紙和各種變更與簽證資料，並分析它們的準確性。完整、齊全的資料，是準確而迅速編制竣工決算的必要條件。
(2)清理各項財務、債務和結餘物資。在收集、整理和分析有關資料中，要特別注意建設工程從籌建到竣工投產或使用的全部費用的各項賬務，債權和債務的清理，做到工程完畢賬目清晰，即要核對賬目，又要查點庫存實物的數量，做到賬與物相等，賬與賬相符，對結餘的各種材料、工器具和裝置，要逐項清點核實，妥善管理，並按規定及時處理，收回資金。對各種往來款項要及時進行全面清理，為編制竣工決算提供準確的資料和結果。
(3)核實工程變動情況。重新核實各單位工程、單項工程造價，將竣工資料與原設計圖紙進行查對、核實，必要時可實地測量，確認實際變更情況;根據經審定的'承包人竣工結算等原始資料，按照有關規定對原概、預算進行增減調整，重新核定工程造價。
(4)編制建設工程竣工決算說明。按照建設工程竣工決算說明的內容要求，根據編制依據材料填寫在報表中的結果，編寫文字說明。
(5)填寫竣工決算報表。按照建設工程決算表格中的內容，根據編制依據中的有關資料進行統計或計算各個專案和數量，並將其結果填到相應表格的欄目內，完成所有報表的填寫。
(6)做好工程造價對比分析。
(7)清理、裝訂好竣工圖。
(8)上報主管部門審查存檔。
將上述編寫的文字說明和填寫的表格經核對無誤，裝訂成冊，即為建設工程竣工決算檔案。將其上報主管部門審查，並把其中財務成本部分送交開戶銀行簽證。竣工決算在上報主管部門的同時，抄送有關設計單位。大中型建設專案的竣工決算還應抄送財政部、建設銀行總行和省、市、自治區的財政局和建設銀行分行各一份。建設工程竣工決算的檔案，由建設單位負責組織人員編寫，在竣工建設專案辦理驗收使用一個月之內完成。