“收支兩條線”在實際工作中簡稱“單位開票、銀行代收、財政統管”。行政事業性收費“收支兩條線”管理制度，是與部門預算和國庫集中收付制度等財政支出改革措施密切相關的綜合制度。
一、“收支兩條線”管理中常見的違紀問題
（一）將行政性收費收入列入往來款項中核算
將已實際形成的收費收入和支出，不按照會計制度的規定列入相關收支科目，納入單位的預算管理，而是列入“暫存款”、“暫付款”中，隱瞞真實的收支情況，達到截留收入、掩蓋支出的目的。如某單位將土地使用部門交來的土地管理費等，末列入應繳財政專戶科目核算，而是列入其他應付款科目核算。
（二）私設賬戶，截留應繳預算及預算外收入
如某單位2002年將收取的礦產資源補償費30萬元，未按規定繳入財政專戶，而是存人單位私設的過渡性賬戶核算。
（三）違反“收支兩條線”管理規定，坐支挪用預算外收入
一是徵收的費款不及時足額上繳，坐收坐支。
二是自收自支。某師範學校、電視臺等10個單位2001年取得預算外收入2836萬元，未按規定繳人財政專戶，而是直接用於單位經費開支。
（四）使用不合規票據收費，設賬外賬，漏繳稅金，為小集團謀利
一些機關事業單位辦公用房出租收入未納入預算外資金管理，搞賬外賬，漏繳稅金的現象嚴重。如某單位勞動服務公司設定兩套賬收取房租收入：一套賬記錄的是使用合規票據收取的少部分房租，以應付各種檢查，另一套賬記錄的是使用內部收據收取的大部分房租， 2002年，該公司收取房屋出租收入 5l萬元，漏繳房產稅等稅金9萬元。
（五）擅自設立收費專案，隱瞞轉移收入
如2001年某藥品監督管理單位未經財政、物價部門批准，採取預收款方式向全區從事醫療器械生產、經營企業收取許可證驗證換證費共計108萬元，全部存人單位工會賬戶。又如某單位幹部培訓中心未經批准收取“線下生”學費25萬元，以個人名義存人銀行。
（六）利用銀行委託收款，將預算外資金轉到賬外
審計組對某行政執法監督部門審計時發現，有一種收費在總賬、明細賬上均無記載，便對該項收費深入檢查，終於在另一單位發現了這項收費的原始票據。此項收費是以銀行委託收款的方式收取的`，且沒有給繳費單位開具行政事業收費單據，並將此項收費存入了銀行開設的“其他活期存款”戶。
二、審計重點
一是審查資金來源。
重點檢查是否嚴格按照國家法律、法規和規章規定的範圍和標準，收取和提取預算外資金，有無違反國家規定擅自設立收費專案，隨意調整徵收範圍和標準；有無將應上繳的預算收入擅自轉作預算外資金；有無採取侵蝕稅基的方式，設立預算外資金或基金，挖擠上級財政收入。
二是審查資金使用。
重點檢查是否嚴格按照國家規定的用途安排和使用預算外資金，部門、單位用預算外資金髮放的工資、獎金、津貼、補貼、福利等方面的支出，是否符合國家規定的專案、標準和範圍；部門、單位用預算外資金安排的基本建設投資是否經財政部門審查，並報計劃部門納入基本建設投資計劃。
三是審查資金管理。
首先要審查各級財政和其他徵收機關預算收入繳庫方式，程式是否合規，收入是否按規定管理。有無擅自動用預算外資金平衡預算或搞有償使用，有無違規進入過渡戶，截留、挪用收入等違規違紀情況。其次要監督預算外資金支出的真實性、合法性，檢查有無不按程式支付，或本單位隨意支出、營私舞弊等問題。
四是審查預算外收支計劃編制。
重點檢查財政財務部門是否建立健全預算外資金收支計劃管理制度；部門、單位是否按規定編制預算外資金收支計劃；在編制支出計劃時是否以收人為基礎，有無收支脫節、少收多支或套取資金的問題。
五是審查預算外資金決算編制。重點檢查部門、單位是否按照財政部門的規定編制會計決算；會計決算是否符合財務會計制度規定，做到內容完整，數字準確，報送及時；是否存在少報或代編等問題。
三、審查方法
一是審查收費檔案及收費許可證。
檢視預算外資金收費專案、標準、範圍是否依照國家有關法律、法規的規定。審查有無擅自擴大收費範圍，提高收費標準、甚至自立收費專案的亂收費行為。
二是審查收費票據。
檢視
是否使用財政部門統一印製的收費票據，已使用過的票據是否完整無缺，有無將收入不記賬或收多記少，以及私分、借支公款等問題。
三是審查收入明細賬。
檢視預算外收入來源是否正確、合規。有無亂拉贊助、亂攤派；有無將應稅營業收入與免稅收入混合核算而偷漏稅金。
四是審查銀行賬戶。
檢視預算外資金是否及時足額上繳同級財政專戶，實行“收支兩條線”管理。有無私設銀行賬戶、公款私存或多頭開戶逃避監督。
五是抽查一定時期的銀行存款餘額調節表。
並與銀行對賬單、銀行存款日記賬及總賬核對，檢查未達賬項的真實性，確認有無人為調節收入的行為。
六是審查支出原始憑證。
檢視預算外資金是否按規定的用途使用。有無用預算外資金從事房地產買賣、參與金融拆借、興辦經濟實體等風險性、商業性投資的問題。