最高人民法院2009年出臺了《關於建立健全訴訟與非訴訟相銜接的矛盾糾紛解決機制的若干意見》確立了司法確認制度，新《民事訴訟法》194條、195條進一步完善了這一制度。該制度搭建了多元制解決糾紛機制之間良性互動的橋樑，形成內外結合的調解強力，擴大了當事人之間對紛爭自主規制的可能性，對社會管理創新、社會矛盾化解具有重要的現實意義。
一、關於該程式的案件管轄
該程式是指當事人之間民事權利義務糾紛經人民調解組織或其他依法成立的具有調解功能的組織達成具有民事合同性質的協議後，由雙方當事人共同到人民法院申請確認調解協議的法律效力。根據《關於建立健全訴訟與非訴訟相銜接的矛盾糾紛解決機制的若干意見》和《最高人民法院關於人民調解司法程式確認的若干規定》，當事人可以在書面調解協議中選擇當事人住所地、調解協議履行地、調解協議簽訂地、標的物所在地基層人民法院管轄，但不得違反專屬管轄的'規定。人民法院在立案前委派人民調解委員會等調解組織調解並達成協議當事人申請司法確認的，由委派的人民法院管轄。新《民事訴訟法》吸收了上述兩個檔案的宗旨，明確規定由調解組織所在地基層人民法院管轄。
二、司法確認案件的受理程式
《民事訴訟法》194條規定，當事人應該共同向有管轄權的基層人民法院提出，一方當事人提出申請，另一方表示同意的，視為共同提出申請。調解協議達成後，雙方當事人認為有必要的，應當在調解協議生效之日起30日內向調解組織所在地基層人民法院申請司法確認。當然，當事人提出確認申請可以採用書面或口頭形式，當事人口頭提出申請 的，人民法院應當記錄筆錄，並由當事人簽字或蓋章。當事人提出申請時，應當向人民法院提交下列材料：司法確認申請書;調解協議書;身份證明。
至於申請確認調解協議的範圍，應理解為除了《人民調解法》規定可以申請確認的以外其他行政法律法規、地方性法規、行政規章規定可以確認的調解協議。
關於司法確認案件的受理程式，《關於建立健全訴訟與非訴訟相銜接的矛盾糾紛解決機制的若干意見》明確規定，(一)不屬於人民法院受理民事案件的範圍或者不屬於接受申請的人民法院管轄的;(二)確認身份關係的;(三)確認收養關係的;(四)確認婚姻關係的，該意見使用排除法，對除以上四種以外的應當予以受理。對於經審查符合受理條件的，應編立“調確字”案號。
三、司法確認案件的審查方式及審查內容
關於司法確認案件的審查方式，應採用形式審查和有限的實體審查相結合的方式，人民法院受理司法確認案件申請後，應當指定一名審判人員進行審查，對於案情複雜，應當通知雙方當事人到庭進行詢問，採取必要的實質審查和證據調查。在審查中，重點應審查當事人是否符合自願合法原則，同時審查調解協議是否違反法律或者行政法規的強制性規範，是否侵犯國家利益、社會公共利益、第三人利益、他人利益以及是否損害社會公序良俗。
四、司法確認案件的文書形式
以往在審判實踐中，對司法確認案件有使用決定書、調解書、裁定書，新民訴法將該程式案件明確規定，應使用裁定書。新民訴法195條規定，人民法院受理申請後，經審查符合法律規定的，裁定調解協議有效，一方當事人拒絕履行，或者未全部履行的，對方當事人可以向人民法院申請強制執行;不符合法律規定的，裁定駁回申請。當事人可以通過調解方式變更原調解協議，或者達成新的調解協議，也可以向人民法院提起訴訟。
關於司法確認裁定的效力，人民法院作出有效裁定書或者駁回申請裁定書，送達雙方當事人後發生法律效力。當事人收到確認有效裁定書和駁回申請裁定書後，不得上訴也不得申請複議，也不能申請再審。
在此，需要明確的是，當事人申請執行的依據是人民法院的有效裁定書，而不是調解協議書。
最後，需說明的是，該程式屬民事訴訟的特別程式，不應收取訴訟費。