1.1學生對畢業設計的重視程度不夠
學生在即將畢業時，要面臨擇業，就業，考研複試等客觀壓力，所以在做畢業設計時就會有一種流於形式的想法，認為隨便做做實驗，在網上摘抄些內容填充到畢業論文裡即可。尤其是那些已經簽好工作的學生，他們認為之後的工作已經不再是做科學研究了，就更不會認真對待畢業設計。
1.2師生之間缺乏交流
目前學校採用師生雙選方式進行選擇，但是學生對於指導教師的研究課題並不瞭解，無法找到自己感興趣的內容，選擇課題和指導教師時非常盲目。
1.3畢業設計時間不足
學校都是安排本科階段的第八學期作為畢業設計的論文完成時間，這期間學生要了解指導教師的研究課題，查閱文獻，提出實驗思路，實驗設計，進行實驗，實驗資料整理，撰寫論文及答辯等各項工作，這樣僅僅3個多月的時間就顯得非常緊張了。另外，還有些同學要進行考研複試，找工作等，這都需要佔用畢業設計的時間。由此可見，如果想完成一篇較出色的畢業論文就更加困難。
2針對我校製藥工程專業畢業設計存在的一些問題提出的若干改革措施
2.1開展產學研合作專案，採用雙導師制度指導學生完成畢業設計。建立實踐教學基地。第一：製藥廠。安排學生進入到製藥廠，結合藥廠的實際生產或科研專案真題真做，彌補了工程類畢業設計的缺失，還可以讓學生應用自己所學知識完全應用到實踐中；第二：科研院所。對於新藥的研發工作來說，科研院所可以幫助學生掌握非常系統完整的新藥研究理論，對於考研的同學非常有意義。
2.2提高指導教師的工程實踐水平。學院可以考慮有計劃的分批選派青年教師進入企業學習，深入生產一線，瞭解企業的生產和工藝流程，通過這些有目的的培訓，使一部分年輕教師能迅速掌握本專業的工程實踐理論，以確保畢業論文整體質量的穩步有升。
2.3每一位指導教師在學生的大三階段，應該以講座的形式把自己研究的領域、課題介紹給學生，這樣學生就會根據自己感興趣的內容去尋找指導教師，對待畢業設計的態度自然會認真。另外，學生在大三階段就可以主動與相關專業指導教師聯絡，確定指導教師，利用節假日、假期等空餘時間參與部分科研實踐活動，在畢業論文的總體安排上做到提前參與，合理安排。避免了與考研複試和就業的衝突造成的時間緊張問題，相應地會提高畢業論文的`實驗工作質量和撰寫質量。
2.4拓寬學科交叉的畢業設計素材。例如：
①在新藥研發中最大安全劑量的統計學研究，可以選擇數理統計教師承擔畢業設計指導工作。
②對於今後從事藥品營銷的畢業生，可以選擇市場行銷相關專業的教師指導畢業設計，做些藥品銷售策略或市場分析等內容；
③讓環境保護相關專業教師指導製藥廢水處理研究的畢業設計內容等等，此方法也克服了專業師資不足的問題。總之，做好製藥工程專業的畢業設計實踐教學工作是提高專業教學質量的關鍵環節,也是學生對本科時期學習的基礎理論和專業課程的檢驗。我係教師在畢業設計實踐教學中需要不斷髮現問題，並及時探索和改進。以求更加完善，提高畢業生綜合素質和實踐動手能力，從而培養出更多的高技能，具有全面能力的製藥人才。