現行的《醫院會計制度》是1998年11月17日頒佈，並實施的，明確規定“適用於中華人民共和國境內的各級公立醫療機構。”而隨著經濟的發展，一大批非公立醫院應用而生，它們也是新農合和新醫改的定點醫療機構。這些醫院執行什麼樣的會計制度，目前尚無明確規定。二是固定資產的相關核算不合理。其一現行醫院會計制度對固定資產的基本處理方法是:借記有關“支出”貸記“銀行存款”等，同時借記“固定資產”貸記“固定基金”對固定資產不計提折舊，計提修購基金，計提時，借記“醫療或藥品支出”，貸記“專用基金—修購基金。”不衝減固定基金，直至固定資產報廢清理完畢之前，帳面上固定基金和固定資產始終保持原始價值不變。這種對固定資產、固定基金和固定資產及修購基金的帳務處理不合理，提取修購基金時，未設定“累計折舊”會計科目，不能反映固定資產淨值，容易引起醫院資產和淨資產虛增。以前，修購基金不是根據固定資產的價值而是根據醫院收入或結餘來進行計提的。
而由於《醫院會計制度》中沒有明確規定列支方法，在實際操作中，有的醫院發生大量的資本性支出，從修購基金和事業基金中列支，有的醫院從醫療支出或藥品支出中直接列支，即直接列入當期成本。然後按固定資產原值提取修購基金，這種核算方法，造成支出的加大，是成本的一種虛增。這樣，醫院當期甚至當年的收支結餘會受到很大的影響。有的醫院甚至把提取修購基金作為調節收支結餘的工具，醫院出現虧損的時候，會以不提或少提修購基金減少支出，醫院出現結餘的時候又以多提修購基金增加支出。
這樣其實就和固定資產本身的價值脫節了，計提的部分可能已經超過了固定資產的價值或者還計提得不足，對固定資產核算就產生了較大的影響。另外，固定資產此前不計提折舊，在賬面上反映的永遠是初始成本，這會使醫院資產負債表有水分，資產負債率也不準確。
一 、新會計制度下對用不同來源資金購買的固定資產的核算
以前，用財政性資金購買資產時形成支出，它反映的是預算支出的發生，沒有辦法計提折舊。而現在同時對這部分資產計提折舊，預存到“待衝基金”裡。等到資產要被攤銷或者存貨被領用的時候，不再反映為成本費用，而是沖銷待衝基金。這樣的話，醫院就可以把財政資金和非財政資金形成的資產區分開來，通過“待衝基金”對財政資金形成的資產進行過程性管理。同時，又在一個會計體系中體現了預算資訊和財務資訊。
二、在固定資產管理和核算上，劃分資本性支出和收益性支出的界限
1.在固定資產管理和核算上，劃分資本性支出和收益性支出的界限現行醫院的財務會計制度對固定資產的購買、驗收、出入庫、保管和領用等管理，都有明確規定。對那些價值較大難以跟蹤的固定資產，一些會計人員，為簡化手續，往往直接把其列為費用支出。
例如，一些大型裝置，在沒有分清是換件還是新增配件，一律計入維修費用支出，使該裝置帳面價值不實。正確的處理應是：
2.大型裝置的換件，應作為收益性支出，大型裝置的換件，應作為收益性支出，計入維修費用，大型裝置的新增配件，屬資本性支出，計入修購基金。固定資產的公益性資本化方式：一是設立“累計折舊”科目、取消“固定基金”科目和“專用基金”科目中的“修購基金”明細科目；二是進一步進行創新和修正，設立“公益性資本”(淨資產類)，與“財政專項支出”配套借貸使用並進一步以該筆“財政專項支出”對應沖銷配比的“財政專項收入”，能夠非常有效地同時解決“財政專項收入”對應沖銷科目以及結餘不真實問題和正確反映醫院佔據的公益性公共資源資本化問題。還需對固定資產後續支出區分資本化和費用化：後續支出的處理原則為，與固定資產有關的更新改造等後續支出，符合固定資產確定條件的，應當計入固定資產成本，同時將被替換部分的賬面價值扣除；涉及公益性資金來源的，進一步按以上創新方式進行資本化設計；與固定資產有關的.修理性費用等後續支出，不符合確認條件的，應當計入當期損益。 三、關於計提固定資產減值準備
1.關於計提固定資產減值準備：
由於導致固定資產價值轉移的原因包括有形損耗和無形損耗,所以,在預計折舊年限,淨殘值和選擇折舊方法時既要考慮有形損耗,也要考慮無形損耗。固定資產損耗的這部分價值,應當在固定資產的有效使用年限內進行分攤,形成折舊費用,計入各期成本。期末累計折舊餘額在貸方,反映的是醫院估計的固定資產已轉移價值的金額,用它和固定資產科目相抵後得出的就是醫院固定資產的淨值,這樣的改進使醫院的資產資訊更為真實、可靠。醫院固定資產以醫療裝置為主，醫療裝置的有形損耗(如自然磨損、損壞等)和無形損耗(技術陳舊等)會導致服務效能的降低，由於市場競爭以及未來市場價格的波動，固定資產存在著減值風險，但醫院固定資產未按照核算的謹慎性原則計提固定資產減值準備。明知固定資產在使用程中已經損耗，出現減值，但會計企業應當在資產負債表日判斷資產是否存在可能發生減值的跡象，資產存在減值跡象的，應當估計其可收回金額。資產的可收回金額低於其賬面價值的，應當計提相應的資產減值準備。醫院固定資產反映的是原始價值，由於技術進步、損壞、長期閒置等原因，會導致固定資產可收回金額低於其賬面價值，為體現謹慎性和真實性原則，醫院年末應對固定資產進行檢查，對於因技術進步固定資產閒置不用的，固定資產價值大幅下跌的或固