一、完善貨幣資金控制
疾控中心應構建健全的貨幣資金業務崗位責任制，加強貨幣資金使用的實施監督與監管，具體做法：建立和執行資金審批與授權制度，明確貨幣資金業務辦理人員的業務職責與許可權;建立和執行現金盤點制度，定期盤點各部門的資金使用狀況，一經發現違規違紀使用資金行為，及時採取有效措施予以解決，切實保證貨幣資金的高效使用。
二、細化支出與採購控制
與其他組織不同的是，由於疫苗、試劑的有效期通常較短，突發公共衛生事件難以預測何時發生，疾控中心採購行為發生較頻繁，其既涉及到經常性的疫苗、試劑等藥品採購，又存在大額的固定資產和緊急所需物資採購，為確保各項採購行為順利開展，需要疾控中心構建完善的採購體系，將審批制度貫穿到採購業務各個環節。以疫苗採購為例，制定採購稽核制度，依託於這一制度保障疫苗、試劑的數量和質量滿足單位業務需求，整個招標採購過程中，由紀檢監察、財務部門、相關科室共同參與、各負其責，環環相扣，共同牽制，以實現疾控中心細化支出與採購控制的目的。
三、重點固定資產控制
對於疾控中心固定資產而言，其大部分靠上級調撥，少部分靠自行採購。其中由財務部門、實驗室業務主管及財務部門等相關人員嚴格按照實驗室裝置的技術、質量等標準驗收上級單位調撥的實驗裝置。待驗收通過後，將其交予資產管理部門與財務部門進行賬務處理。除此之外，疾控中心資產管理部門定期或不定期對實驗裝置進行維護狀況、工作執行狀況等檢查，一旦發現問題及時要求相關部門予以維修，切實保證實驗裝置高效率、高質量執行。此外，加強對疾控中心固定資產的控制應從下述兩方面進行：一是加強專業人員的管理知識培訓。以實驗裝置為例，要求專業人員經常性對實驗裝置進行維護，同時，規範操作人員實驗裝置操作行為，儘可能規避因人為操作錯誤而引發實驗裝置損壞或資產閒置現象的發生;二是固定資產管理人員以賬務記錄為依據編制固定資產明細表，由財務人員對其進行定期或不定期盤點，切實規避固定資產浪費、流失現象，確保固定資產使用價值最大化。
四、強化全員內控意識
疾控中心應該從觀念入手，展開改革，這是保證內控效果提升的基礎與前提。第一，必須強化疾病預防控制中心領導層的內控觀念與意識，提升領導層對於內部控制工作必要性的認識，為開展疾控中心內部控制工作提供一個良好的內部環境。第二，加強疾控中心員工的內部控制教育， 採用一系列的手段與方式加強內控理念傳播，提升員工開展內控工作的自覺性，形成良好的全員內控意識與理念，以促進單位內控工作的全面實施，保障內部控制貫徹執行的效率與效果，促進疾控中心的健康發展。通過類似單位的案例教育，以及挖掘內部的風險管控漏洞，以此增強單位員工內部控制風險意識。如雲南省全球基金艾滋病專案辦公室對國家督查中出現資金違規、資金管理不善現象時，對所有專案單位領導、業務、財務進行培訓，要求全員參與到專案活動中，加強溝通，對檢查中出現的問題進行改進，並要求落實改進情況。在此基礎上逐步將內部控制制度的建立和執行情況進入目標責任考核，對內部控制制度進行評價，對內部控制中存在的具體問題特別是浪費、損失、非授權使用或濫用權等進行評價，找出失控的原因，提出相應的改進、補救措施;加強會計監督，提高財務人員的素質，增強財務人員責任感和工作態度，為財務人員提供後續培訓機會，以適應現代管理要求。
五、建立完善的資訊化內控體系
建立完善的內部控制制度，管理層以及財務部門應充分認識到它的重要性，並促進內控制度的'有效實施和完善。從建立良好的控制環境入手，設計適當的控制策略， 加強監督和資訊溝通，建立起人、財、物一體的內部控制系統。在財務管理上，首先要充分利用會計的反饋和監督控制職能，做好相應資產的財務記錄，確定控制點和控制目標，制定控制措施，保證國有資金的高效利用。其次，要建立財產定期盤點制度和檢查制度。根據制度要求在規定的時間內進行財產清查，核對賬存和實存，做到賬賬、賬實相符。建立符合疾控中心運營需求的財務資訊管理系統，提高財務管理人員綜合業務水平。促進疾控中心財務資訊管理系統的完善，可以有效避免人為差錯，提高工作科學性。同時要加強財務管理人員的培訓和學習，不斷提高其綜合業務水平，有利於財務管理工作的有效落實。
六、結論
目前，我國絕大多數疾病預防控制機構對到財務管理中的內部控制的重要性未引起重視，疾病預防控制機構財務管理的內部控制普遍薄弱。內部控制是指為了達到經營活動的效率和效果、財務報告的可靠性、保護資產的安全和完整、確保有關法律、法規和規章制度的貫徹執行而制定並實施的新的內控管理制度。疾病預防控制中心內部控制制度是疾病預防控制中心現代化管理的重要組成部分，是保證疾控中心實現任務目標，保護國家財產物資的安全與完整，降低成本，實現經濟效益和社會效益雙贏的重要手段，也是減少財務風險，預防金融犯罪，規範會計行為，減少會計資訊失真的根本保證。