正文是醫學論文的核心部分，包括引言、材料與方法、結果、討論、致謝五部分。
一、 引言
引言（前言、導言、緒言、序言）是正文的引子，相當於演說中的開場白。國內刊物引言部分不需另立標題。引言應當對正文起到提綱挈領和引導閱讀興趣的作用。在寫引言之前首先應明確幾個基本問題：你想通過本文說明什麼問題？它是否值得說明？本文將在什麼雜誌發表或本文的讀者是什麼人？在寫引言乃至整篇論文時都應注意這幾個問題。
引言在內容上應包括：為什麼要進行這項研究？立題的理論或實踐依據是什麼？擬創新點何在？理論與（或）實踐意義是什麼？告訴讀者你為什麼要進行這項研究是引言的主要內容和目的，這其中也包括說明這項研究的理論和（或）實踐意義。
語句要簡潔、開門見山，如 “ 重型繼發性腦室出血臨床表現嚴重，預後差，病死率高。本文著重探討用雙側側腦室穿剌交替引流尿激酶溶解血凝塊沖洗結合腰穿腦脊液置換的方法治療重型繼發性腦室出血 ” 。有時我們研究的專案是別人從未開展過的，這時創新性是顯而易見的，如 “ 左旋咪唑所至腦病患者的臨床與 ct 表現國內陸續有報道 , 但未見磁共振成像的研究 ” 。大部分情況下，我們所研究的專案是前人開展過的，這時說明你的研究與別人的研究的本質區別和創新點是至關重要的，如 “ 已有數項研究探討了阿斯匹林在缺血性腦卒中的應用，但這些研究均是小規模、非雙盲對照的。本研究則採用雙盲對照的方法，樣本大、觀察時間長 ” 。在引言中對與本文相關的研究作一簡要的回顧是十分必要的。在研究開始以前就應該對與本研究相關的內容作一系統的回顧，在引言中可以將回顧的結果作簡要的概括。
引言的寫作在包括上述內容的同時要注意以下事項： ① 內容切忌空泛，篇幅不宜過長。回顧歷史擇其要點 , 背景動態只要概括幾句即可 , 引用參考文獻不宜過多。根據以往的經驗，一篇 3000 ～ 5000 字的論文引言字數在 150 ～ 250 字較為恰當。 ② 不必強調過去的工作成就。回顧作者以往的工作只是為了交待此次寫作的基礎和動機，而不是寫總結。評價論文的價值要恰如其分，實事求是，慎用 “ 首創 ” 、 “ 首次發現 ” 、 “ 達到國際一流水平 ” 、 “ 填補了國內空白 ” 等提法。因為首創必須有確切的資料。對此，可以用相對較委婉的說法表達，如 “ 就所查文獻，未見報道 ” 等。 ③ 不要重複教科書或眾所周知的內容。如在討論維生素 d 是否能預防骨質疏鬆的文章中，沒有必要再說明什麼是維生素 d ，什麼是骨質疏鬆。 ④ 引言只起引導作用，可以說明研究的設計，但不要涉及本研究的資料、結果和結論，少與提要和正文重複。結果是通過實驗或臨床觀察所得，而結論是在結果的基礎上邏輯推理提升的見解。在引言中即對結論加以肯定或否定是不合邏輯的。 ⑤ 引言一般不另列序號及標題。
二、 材料與方法
材料與方法主要是說明研究所用的材料、方法和研究的`基本過程，它回答 “ 怎樣做 ” 的問題，起承上啟下的作用。材料是表現研究主題的實物依據，方法是指完成研究主題的手段。材料與方法是科技論文的基礎，是判斷論文科學性、先進性的主要依據。它可以使讀者瞭解研究的可靠性，也為別人重複此項研究提供資料。
材料與方法的標題因研究的型別不同而略有差別，調查研究常改為 “ 物件與方法 ” ，臨床試驗則用 “ 病例與方法 ” 。不同型別研究的材料與方法的寫作也不完全一樣。實驗研究要交待實驗條件和實驗方法。 ① 實驗條件包括實驗動物的來源、種系、性別、年齡、體重、健康狀況、選擇標準、分組方法、麻醉與手術方法、標本製備過程以及實驗環境和飼養條件等。 ② 實驗方法包括所用儀器裝置及規格、試劑、操作方法。 ③ 試劑如系常規試劑，則說明名稱、生產廠家、規格、批號即可；如系新試劑，還要寫出分子式和結構式；若需配製，則應交待配方和製備方法。 ④ 操作方法如屬前人用過的，眾所周知的，只要交待名稱即可；如系較新的方法，則應說明出處並提供參考文獻；對某方法進行了改進，則要交待修改的根據和內容；對創新的方法，要注意不要將新方法的介紹和運用該方法研究的新問題混在一篇論文中，若論文系報道新方法，則應詳細的介紹試劑的配置和操作的具體步驟，以便他人學習和推廣。
臨床研究的物件是病人，應說明來自住院或門診，同時必須將病例數、性別、年齡、職業、病因、病程、病理診斷依據、分組標準、疾病的診斷分型標準、病情和療效判斷依據、觀察方法及指標等情況作簡要說明。上述內容可根據研究的具體情況加以選擇說明，並突出重點。 ① 對研究新診斷方法的論文，要注意交代受試物件是否包括了各類不同患者（病情輕重、有無合併症、診療經過等），受試物件及對照者的來源（如不同級別的醫院某病患病率及就診率可能不同），正常值如何規定，該診斷方法如何具體進行等等。 ② 研究疾病臨床經過及預後的論文，要注意說明病人是在病程的哪一階段接受治療，病人的轉診情況，是否制定了觀察疾病結果的客觀標準。 ③ 病因學研究論文則要交代所用研究設計方法（如臨床隨機試驗、佇列研究等），是否做劑量 - 效應觀察。 ④ 對臨床療效觀察研究來說，主要說明病例選擇標準，病例的一般資料（如年齡、性別、病情輕重等），分組原則與樣本分配方法（配對、配伍或完全隨機），療效觀察指標和療效標準。 ⑤ 治療方法如系手術，應註明手術名稱、術式、麻醉方法等；如系藥物治療則應註明藥物的名稱（一般用學名而不用商品名）、來源（包括批號）、劑量、施加途徑與手段、療程，中草藥還應註明產地與製劑方法。
在材料與方法中，還應簡要的說明在什麼條件下使用何種統計處理方法與顯著性標準，必要時應說明計算手段和軟體名稱。
三、 結果
將實驗或臨床觀察所得資料或資料進行稽核，去偽存真，再對其原始資料進行分析歸納和統計學處理就可以得出研究的結果。結果是科研論文的核心部分，科研的成敗與否是根據結果來判斷的，結論與推論亦由結果匯出。結果部分最能體現論文的學術水平和理論與實用價值。因此，對於這一部分的寫作要特別重視。結果部分的寫作要做到指標明確可靠，資料準確無誤，文字描述言簡意賅，圖表設計正確合理。
結果的具體內容取決於文章的主體。結果的內容包括記錄實驗或臨床觀察的客觀事實、測定的資料、匯出的公式、典型病例、取得的影象等等，但不同型別文章結果的內容應有不同的側重點。 ① 如研究新診斷方法的論文，要特別注意交代試驗結果是否與公認的金標準進行獨立的 “ 盲法 ” 比較，其符合程度如何，敏感性、特異性、陽性預測值、陰性預測值各多少等。 ② 研究疾病臨床經過的論文，要特別交代是否對所有病例進行了隨訪，隨訪率有多高（一般應大於 80% ），對影響預後的外加因素有無進行調整，結果如何等。 ③ 病因學研究的文章要特別注意交代暴露組與非暴露組結果的差異程度，所得結果是否出現於暴露之後等等。