根據《合同法》第61條、第62條、第125條的規定，對合同條款進行補充，應當遵循下列規則：
(一)首先由當事人協議補充
根據合同自由原則，當事人有決定合同內容的自由。對於欠缺的合同其他內容，首先應考慮當事人共同的真意，由當事人協議補充，這是貫徹意思自治原則的必然要求。《合同法》第61條明確規定：“合同生效後，當事人就質量、價款或者報酬、履行地點等內容沒有約定或者約定不明確的，可以協議補充;……”實踐中，在法官對合同是否具備必備條款以及合同是否成立作出判斷後，對於合同當事人沒有約定或者約定不明確的其他合同內容，首先應由當事人協議補充。
(二)不能達成補充協議的，按照合同有關條款或者交易習慣確定
在當事人對合同其他內容達不成協議時，就要由法官推定當事人的意圖進行補充，並且應按照一定的規則來確定合同的其他內容，即應“按照合同有關條款或者交易習慣確定”。
按照合同有關條款來探究當事人共同的真意，應以合同文義為出發點，就合同論合同，統觀合同全文，參考合同訂立前後的相關來往信函，考慮到合同的目的和性質，本著誠信原則，兼顧雙方當事人利益。按照交易習慣對合同條款進行補充，涉及對交易習慣的解釋問題。本司法解釋對交易習慣也作出了明確規定，在此不再贅述，可參考本司法解釋第7條。
(三)根據《合同法》第62條的規定進行確定
當按照合同有關條款或者交易習慣仍不能確定合同欠缺的其他內容時，《合同法》第62條規定了法律推定原則，即在當事人不能達成補充協議、按照合同有關條款和交易習慣仍不能確定時，對於合同欠缺的其他內容(非必備條款)由法律直接作出推定規則，以達到補充合同條款的目的。有關質量要求、價款或者報酬、履行地點、履行期限、履行方式、履行費用等條款沒有約定或者約定不明確的，應當根據第62條的規定予以補充確定。
《合同法》第61條、第62條是關於合同條款補充的規定，本質上是一種任意性規範，以當事人沒有約定或約定不明確為前提。對此，《合同法》分則關於15類有名合同的類似條款中，均規定了“當事人沒有約定或約定不明確的……”，適用《合同法》第61條或者第62條規定進行補充的內容。在審判實踐中，涉及《合同法》分則調整的'15類有名合同以及其他法律明文規定的合同條款的補充的，應適用《合同法》分則的規定，或者其他法律關於合同條款補充的規定，以及本解釋第1條的規定;涉及純無名合同條款補充的，應適用《合同法》總則的規定，或類推適用與之最相類似的有名合同的法律規定以及本解釋第1條的規定。
(四)根據《合同法》第125條的規定進行確定
《合同法》第125條對如何確定當事人有爭議條款的真實意思作了規定。在補充有關合同條款的過程中，如果當事人對原有的條款理解上有爭議，人民法院應當按照合同所使用的詞句、合同的有關條款、合同的目的、交易習慣以及誠實信用原則，確定有關條款的真實意思，進而實現有關條款的補充。有學者指出，《合同法》第61條、第62條的規定是專門為合同漏洞的填補而設立的，而《合同法》第125條是關於合同解釋的規定，不僅可以適用於合同漏洞的填補，而且可以適用於合同是否成立、合同是否生效等問題的判斷。
因此，在填補合同漏洞時，《合同法》第61條、第62條所規定的填補漏洞的規則應當優先於《合同法》第125條所規定的合同解釋的方法。
本解釋第1條的規定有利於指導當事人簽訂合同時減少合同漏洞的發生，也為法官正確認定合同成立和填補合同漏洞提供了方法和途徑，從而有利於規範法官的自由裁量權，為我國合同法律制度的完善和進步起到了積極的作用。