方舟子經典語錄：
1、新的事物往往會讓無知者感到恐懼。
2、追捧張仲景是中醫界的悲哀。
3、對文人來說，早逝有時乃是一成名捷徑。
4、鍼灸被證明是有些效果的，扎哪兒都一樣。
5、我們不必要知道科學是什麼，就知道中醫不科學。
6、只有歷史上的白痴才說“這些哲學家都是些馬後炮”。
7、我有點類似令狐沖，當然也有點像蕭峰，經常是一個人獨對很多人。
8、人類今天種植的作物，沒有一種是“自然”的，全都是人工改造過的。
9、打假只是碰上了，根本沒有這方面的計劃，當時就真的是“路見不平拔刀相助”的感覺。
10、我這種人，一直想過一種自由自在的生活，不只是思想的自由，也是生活的自由，不受約束，說白了就是沒人管。
11、我辦的新語絲網站已從事揭露學術造假有十一年了，在中國學術界有一定的影響，很多人要舉報學術造假首先想到是向我們投稿。
12、剽竊是指用到了別人的獨創成果卻沒有做恰當的說明，讓人誤以為是他的。如果做了恰當的說明，例如註明了出處，就屬於正常的引用。
13、如果媒體炒作有助於更多人瞭解真相，有助於問題的解決，應該歡迎這樣的炒作。不要一看到媒體曝光就以為是在為自己打廣告做虛假宣傳。
14、這個當然，仇恨有深有淺而已，有的人因此恨死我了，也真有采取手段要置我死地的，比如肖傳國。這本來就是得罪人的事，我有這種心理準備。
15、這不是學術爭論，而是學術造假的問題。在中國現在的情況下，學術造假的問題學術界內部未必能解決，往往是解決不了，所以才要有輿論監督。
16、我只是提供一個發表的平臺，引起公眾對這一事件的關注。我不能保證裡面涉及到的每一點都能成立。我歡迎被舉報人做出反駁，我一定也給他發表。
17、這裡面也許有個人恩怨在裡頭。但是這不重要。我們更關心的是舉報是否屬實。如果舉報屬實，管他舉報人是什麼動機?如果不屬實，才需要追究出於什麼動機誣告。
18、這不是個例。大學校長、院士造假的，我主持的新語絲網站揭露過很多，光是2009年我們就揭露過十個校長、副校長造假。我本人也自己調查、揭露過一些校長、院士造假。
19、職稱制度世界各國都有，其他國家並沒有因此造假成災。中國學術造假成災是多方面的因素造成的，例如與權力緊密結合的學術體制，不合理的評估機制，以及對造假缺乏監督和處罰。
20、我不認為做錯了什麼，我沒有主觀惡意，沒有說非要搞臭韓寒。我一再表示對他沒興趣，只是根據看到的材料分析得出一個結論，你可以不同意我的分析和結論，但你不能因此就說我在誹謗。我這叫合理質疑。
21、我希望他(韓寒)能夠反省，能夠道歉。不管他怎麼樣狡辯，很顯然十幾歲時那些文章不是他寫的。在未成年時，他也許不是自願的，即使自願主要責任也不在他。所以韓寒應該放開年輕時的包袱，認個錯，看能不能獲得大家的原諒。
22、我覺得挺幸福的，家庭很美滿，有很可愛的孩子，出了不少書，等我老了，可能真的可以著作等身了，也影響了很多人，傳播了科學理念，被很多人接受。我覺得還不錯，等老了回顧起來，也會覺得自己這輩子沒白活，還留下了一些東西。