以下的南京三證合一辦理流程為方便各位進行相關業務辦理，僅供參考!
南京三證合一辦理流程
第一步：申請 申請人填寫“三證合一”登記申請表,並準齊相關材料提交“三證合一”登記聯辦視窗。實現“一表申請”、“一門受理”。
第二步：稽核 聯辦視窗工作人員對申請人提交的申請表和材料進行初審，審查合格後，將登記資訊錄入“三證合一”網路審批平臺,掃描紙質檔案，按照部門職責分工將有關登記資訊和電子檔案資訊傳送工商、質監、國稅、地稅部門。各部門工作人員分別承擔各自業務受理、稽核、審批等工作，完成後，將營業執照、組織機構程式碼和稅務登記有關資訊傳送相關部門和聯辦視窗。實現“資訊共享”、“聯動審批”。
第三步：發證 聯辦視窗在收到工商、質監、國稅、地稅部門核准登記資訊後，負責在營業執照上載入組織機構程式碼號和稅務登記證號，並在1個工作日內通知申請人領取證照。實現“三證合一”
第四步：歸檔 檔案原件由工商部門儲存，質監、國稅、地稅部門可以按各自需要儲存影印件。
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“三證合一、一照一碼”登記制度最大的特點是什麼?
這一登記制度改革的最大特點就是根據相關法律法規和國家標準，建立統一登記流程、統一編碼和賦碼規則等，通過“一窗受理、互聯互通、資訊共享”，將由工商行政管理、質量技術監督、稅務三個部門分別核發不同證照，改為由工商行政管理部門核發載入法人和其他組織統一社會信用程式碼的營業執照，組織機構程式碼證和稅務登記證不再發放。
以前，企業會有自己的營業執照、組織機構程式碼證和稅務登記證號碼，而且各不相同。“三證合一”之後，根據國務院相關檔案要求，將對法人和其他組織建立覆蓋全面、穩定且唯一的統一社會信用程式碼。該程式碼設計為18位，一個主體只能擁有一個統一程式碼，一個統一程式碼只能賦予一個主體。主體登出後，該程式碼將被留存，保留回溯查詢功能。
因此，10月1日以後，對相關市場主體而言，只有一個營業執照和一個“統一社會信用程式碼”，伴隨企業終身。
哪些市場主體要實行 “三證合一、一照一碼”，以前的營業執照可以使用到什麼時候?
本次“三證合一、一照一碼”涉及企業、農民專業合作社及其分支機構，暫不涉及個體工商戶。
2015年10月1日至2017年12月31日為改革過渡期。在過渡期內，企業未換髮的證照可繼續使用，相關稅務登記按照原有法律制度執行;過渡期結束後，一律使用載入統一程式碼的營業執照辦理相關業務，未換髮的營業證照不再有效。
新辦企業怎麼申請、已經登記的企業怎麼換髮“三證合一”的'營業執照?
新辦企業在辦理企業設立註冊登記時，只需填寫一份申請表格，提交一套申請材料，不再需要分別提交營業執照、組織機構程式碼證、稅務登記證申請材料。企業登記機關將為其核發載入統一程式碼的營業執照，並在全國企業信用資訊公示系統公示。
“三證合一、一照一碼”實施後，已設立企業在辦理變更登記或申請換照時，應當向企業登記機關交回原發營業執照、組織機構程式碼證、稅務登記證;還沒有領取組織機構程式碼證和稅務登記證的，應提交未辦理組織機構程式碼證和稅務登記證的宣告。企業換髮“一照一碼”營業執照後，原營業執照、組織機構程式碼證和稅務登記證自然失效。
新辦企業申請註冊時，原來的申請表格和提交材料目錄是否有變化?
實行“三證合一、一照一碼”後，將啟用新的申請表格和提交材料規範。企業辦理相關登記所需登記申請文書和提交材料規範，可在2015年10月1日後登入南京市工商行政管理局網站()下載，也可在全市各政務服務中心企業登記綜合視窗領取。
本次換照是否收費，在申請換照時如三證有遺失該如何處理?
換髮載入統一社會信用程式碼的營業執照不收取任何費用。不僅如此，企業設立也無須交費。如果在申請換照時，發現三證全部或部分遺失，應當提交遺失說明和刊登遺失公告的報紙報樣，並按照企業登記機關的相關要求處理。