1956年 6月，根據毛澤東主席關於財政部要加強財政經濟問題研究的指示，財政部財政科學研究所(下簡稱本所)正式成立。現為財政部直屬事業單位，擔負著財經理論政策研究和財政決策可行性分析以及培養高階財會人才的任務。財政部原副部長陳如龍同志為第一任所長，第二任所長為朱楚辛。此後，著名經濟學家許毅、方曉丘、寧學平、何盛明同志先後任所長。現任所長為賈康(研究員、博士生導師)，其他所領導為：叢安妮副所長(研究員、碩士生導師)、蘇明副所長(研究員、博士生導師)、王朝才副所長(研究員、博士生導師)、羅文光(研究生部主任、副研究員)、劉尚希副所長(研究員、博士生導師)、白景明副所長(研究員、博士生導師)。1978年我國恢復研究生培養制度後，本所的研究生培養工作即於當年開始，現每年對外公開招收博士和碩士研究生。2001年 3月設立了財政學專業博士後科研流動站。1980年創辦《財政研究》和《財政研究資料》(現改為《中國財經資訊資料》)兩刊。
本所的主要任務是：緊密結合我國各個時期經濟發展和體制改革的實際情況，圍繞國家財政中心工作，從事財經理論和政策研究，探討客觀經濟規律，為國家決策提供諮詢意見，為制定正確的財政方針政策和提高財政工作管理水平服務。研究方向和重點包括：巨集觀經濟理論與政策;財政基礎理論;收入分配;財政體制;政府預算;國家稅收;財政政策與貨幣政策協調;資本市場;國有資產管理;會計理論與實務;政府會計;會計電算化;企業財務;審計理論與實務;投資;財政風險;社會保障;國債;國庫管理;農村財政;城市財政;地方財政;區域財政;外國財經;財政史等。在各個研究方向上，我所都形成了高水平的研究成果，在國內外具有廣泛影響。
本所現有具備高階專業技術職務資格的專家學者72人，中級專業技術職務資格的專業技術人員68名。
本所內設綜合財政、財務會計、基礎理論、區域財政、財政史、外國財政、稅收政策、國有經濟、金融研究室及科研組織處、珠心算、財經資訊中心等10多個研究處室，有編輯部和圖書資料館兩個專業機構，辦公室、黨辦人事處、財務處三個行政後勤單位。中國財政學會祕書處、中國珠算協會祕書處也設在所內。
本所也是社會聲望卓著的專門培養財政、會計、國民經濟管理、企業管理等方面高階人才的機構，是國家教育部、國務院學位委員會批准的我國第一批從事博士、碩士研究生學歷教育並具有學位授予權的單位，創辦了我國第一個會計電算化博士點。本所研究生部(副司級單位)專門從事研究生教育管理工作。所內教育科研力量雄厚，現有博士生導師37人、碩士生導師53人。1978年至2005年已招收了28屆碩士研究生、24屆博士研究生。多年來為我國政府機構、企事業單位及科研教學單位培養了大量的高階人才，被業內人士稱為財政界的“黃埔軍校”。2004年本所作為第一批試點單位之一開展了MPAcc(會計碩士專業學位)教育工作。
本所編輯部主要負責《財政研究》和《中國財經資訊資料》的編輯出版工作。《財政研究》是中國財政學會會刊(月刊)，《中國財經資訊資料》是本所主辦的大型財經刊物，創刊於1999年，前身為《財政研究資料》。兩個刊物主要反映和介紹財經動態、改革狀況和財經理論成果，均為國家級核心期刊。
本所還編有《研究報告》、《財政研究簡報》、《財經動態資料》、《科研內報》、《財經動態》等一些內部資料，不定期地向國務院、財政部和有關部門反映情況，供領導決策參考。
中國財政學會祕書處是中國財政學會常務理事會的辦事機構，負責組織財政學會的學術活動，處理財政學會的其它日常事務。
中國珠算協會祕書處是中國珠算協會常務理事會的辦事機構，負責組織珠算協會的學術及珠算、心算比賽活動，處理珠算協會的其它日常事務，承擔世界珠算心算聯合會祕書處工作(世界珠算心算聯合會祕書處常設在中國)。
本所1998年開始招收博士後研究人員(當時未設站，是招收的留學歸國博士)。本所財政學專業(一級學科為應用經濟學)博士後科研流動站於2001年 3月正式設立。會計學專業有博士學位授予權，還未設博士後科研流動站，可作為非設站點招收歸國留學博士作博士後研究。
改革開放以來，本所與國外財政界的交往與合作研究日益擴大，所內科研人員多次到美國、英國、法國、德國、義大利、日本、韓國、俄羅斯、加拿大、澳大利亞、巴西、以色列、南非、埃及、印度、泰國、新加坡等國家考察、學習、參加研討會，進行合作課題研究，並派出多批中青年科研骨幹赴國外培訓，學習外國財政理論和實際工作經驗。多次邀請和接待世界各國的財經專家、學者來華訪問，進行學術交流。