管理科學與工程學院是在原資訊工程學院、電子商務學院和數學與數量經濟學院管理科學專業的基礎上合併組建而成。其中，原資訊工程學院的前身是創建於1984年10月的經濟資訊系，2006年11月更名為資訊工程學院，是東北地區乃至全國財經類高等院校中成立最早、資格較老的同類院系之一；原電子商務學院成立於2001年4月，是經國家教育部正式批准的電子商務本科教育試點單位之一，也是我國最早成立的電子商務專業教育的學院之一。東北財經大學管理科學與工程學科於1985年在全國率先招收經濟資訊專業本科生，2000年獲碩士學位授予權，2005年獲博士學位授予權，2008年3月被遼寧省教育廳確定為省級重點學科，2009年7月被遼寧省教育廳“提升高等學校核心競爭力特色學科建設工程”確定為“高水平重點學科”。
管理科學與工程學院的總體辦學思路是按國家級重點學科的標準進行學科建設，堅持走有特色的學科發展之路；主動適應社會需要，滿足經濟發展和現代化建設對管理科學與工程的人才需求，把管理科學與工程學院建成多層次、複合型人才培養基地。管理科學與工程學科是學校經濟管理類的骨幹學科，學院緊密依託東北財經大學的經濟、管理學科優勢，建設特色鮮明、優勢突出的學科。學院目前設有管理科學與工程 博士學位授權點；管理科學與工程、計算機應用技術兩個碩士學位授權點；資訊管理與資訊系統、電子商務、管理科學、電腦科學與技術四個本科專業。管理科學與工程學院現已形成以全日制大學本科、碩士、博士教育為主，以輔修專業教育、在職研究生教育、國內外聯合辦學為輔的，多層次人才培養體系，為國家建設和社會發展培養了大批的複合型高階管理科學與工程類人才。
管理科學與工程學院擁有一支教學經驗豐富、科研能力強、梯隊結構合理、勇於開拓創新的高水平師資隊伍。學院現有專職教師52人，其中博士生導師4人，教授14人，副教授15人，講師20人，助教3人；24名教師具有博士學位，在讀博士18名，8名教師有國外學習進修的經歷。這些教師大多來自於全國著名高等院校的相關專業，許多教師都具有理工科學歷和經濟學學歷雙重知識背景。他們中，有享受政府津貼的知名教授、教育部專業指導委員會委員、學科帶頭人和骨幹教師等，組成了一支年齡、學歷結構較為合理的教師團隊，為學院的教學、科研和學科建設與發展奠定了堅實的基礎。
學院為培養高層次複合型人才提供了完善的教學和科研環境。學院擁有根據學科和專業特點設立的先進的Cisco網路實驗室、電子商務綜合實驗室、東北財經大學—IBM電子商務技術中心、計算機硬體實驗室、計算機軟體實驗室以及資訊管理綜合實驗室，用於教學和學生實驗操作。
管理科學與工程學院注重國際交流與合作。學院與國外多所著名大學建立了密切的學術合作關係；教師多次參加各類國際學術會議，應邀到美國、日本、加拿大等地進行訪問研究和講學；學院也多次聘請國際國內知名的教授來校講學，同時與國內外著名大學合作，進行博士生聯合培養。
管理科學與工程學院始終堅持以學生為本、培養高素質複合型人才的辦學理念，把人才培養作為全院的中心工作。學院現有在校博士研究生41人，碩士研究生131人，本科生626人。管理科學與工程學院的畢業生具有廣闊的就業領域和較高的就業率，迄今為止，學院28%的畢業生就職於各級政府機關、高等院校、金融機構、科研單位等；50%的畢業生進入大型企業和公司工作；另有22%的畢業生考取研究生（其中包括北京大學、浙江大學、吉林大學、大連理工大學等國內知名高校）和出國留學。
學院通過加大課程建設力度、實施教育質量工程、建立創新團隊，提高了教學和科研水平。近年來，學院承擔了多項國家自然科學基金、國家社會科學基金與國際合作專案，完成多項省、部級課題，多次獲得國家級、省部級科技進步獎與優秀教學成果獎，有多門課程被評為國家級和省級精品課程。
