理學院始建於1980年11月，經國家醫藥管理總局批覆同意，基礎部正式成立。並將無機教研室及英語教研室歸基礎部管理。
1984年4月，學校根據教學工作發展的需要，在基礎部增設了電子計算機應用教研室，又稱微電腦教研室，並將數理教研室分設為數學教研室和物理教研室，隸屬基礎部。1987年微電腦教研室更名為計算機中心，1988年3月數學教研室又分設為應用數學教研室和高等數學教研室。
1990年基礎部作為學校第一個院部搬遷至中國藥科大學燕子磯校區。
1992年2月28日有機教研室隸屬於基礎部管理。
1993年學校重新對教研室做了全面的調整，基礎部根據需要分別成立了無機、外語、體育、數學、分析、物理、物化、有機8個教研室以承擔相應的教學及科研任務。
1993年11月24日，成立計算機教研室隸屬於基礎部。
1994年5月16日，為加強我校的外語教學和培訓工作，面向社會，為經濟建設培訓人才和提高廣大教職工、科研人員的外語水平，經研究決定成立中國藥科大學外語培訓中心，和外語教研室為一套班子，兩塊牌子，並隸屬於基礎部。
1995年12月，學校以分析化學教研室為基礎成立了“新藥質量標準研究中心”，隸屬於基礎部。該中心建立了一套符合GLP標準的質量標準實驗室，為我國的新藥研究提供整套基礎性和應用性的研究資料和方案。1996年9月19日，學校為充分發揮基礎部有關學科的優勢，集中力量開展科研工作，成立了“中國藥科大學應用化學研究所”。
1997年基礎化學實驗室成立，並於1998年9月通過江蘇省教委合格評估，1999年底被評選為江蘇省高等學校教學實驗中心，為全省高校中僅有的6個化學教學實驗中心之一。
2000年4月7日，學校正式成立外語系，並歸屬於基礎部管理，正式面向全國招生。
2003年資訊管理與資訊系統專業隸屬基礎部。同年9月，基礎部建立了資訊管理與資訊系統教研室，調整教學計劃，明確培養目標與要求，建立了合理的師資隊伍。
2009年，外語系獨立建制。2011年，成立環境科學教研室，逐漸夯實專業基礎，保證新專業人才培養質量。
2012年5月基礎部更名為理學院。
理學院現有教職工193人，其中教授10人，副教授51人;涵蓋2個本科專業：環境科學與資訊管理與資訊系統專業；8個教研室：數學、物理、分析化學、無機化學、有機化學、物理化學、環境科學、資訊管理科學等教研室；1個基礎化學實驗中心。其中，分析化學專業擁有碩士學位授予點；藥物化學、藥物分析學、資訊管理與資訊系統專業擁有碩士、博士學位授予點。
理學院以培養高素質創新型藥學人才為目標，著力推進大學生素質教育，組織開展一系列高層次、高品位的校園科技文化活動，努力創造更好的育人環境，構建和諧校園文化。師生嘉年華、肆彩時代、寢室文化節、三人創意演講等活動充分展示了當代學子風采；多個校外愛國主義教育實踐基地的主題活動立意深刻、形式新穎；暑期社會實踐活動多次獲得省級榮譽；全國大學生數學建模比賽和“挑戰杯”等賽事成績喜人。同時，我院承擔國家和企業的科研專案近百項，國家、省部、校級教改課題數十項；主編“十五”、“十一五”國家規劃教材十餘部；獲省級精品課程3門，國家級教學成果一等獎1項、二等獎1項，省級特等獎1項、二等獎2項，省級精品教材獎2項。
面對新的機遇與挑戰，我院將竭誠與社會各界攜手，聚精會神搞建設，改革創新謀發展；以學科建設為主線，堅持育人為本，“產、學、研”相結合的辦學思路，繼承發揚“精業濟群”的優良校風，共創理學院美好未來！
