本學科點形成的歷史：藥物化學學科是我校最早設定的幾個主要學科之一，特別是1955年朱廷儒教授（原高教三級）從美國歸國後，使本學科的實力得到了顯著的提高。該本科是我國最早從淤泥中分離得到VB12的學科，並從1956年就開始招收研究生，也是我國授予的第一批碩士點和第二批博士點，設有博士後流動站，同時也是省級重點學科。本學科點的現狀：本學科現有工程院院士1人，博士導師11人，教授19人，副教授18人，具博士後經歷2人、博士學位17人（在國外獲學位6人），近期可獲得博士學位者15人，曾在美、日、英等國留學學者20人，獲政府特貼5人，國家中青年突出貢獻專家2人，國務院學位委員會、國家教委“做出突出貢獻的中國博士學位獲得者”1人，省部級本學科榮譽稱號4人，市級本學科榮譽稱號9人次，10人兼任《藥學學報》等各種期刊編委，3人兼任本學科進步獎評委，4人兼任新藥評審委員，1人兼任國家自然科學基金評委。近五年在國內外學術刊物和會議上發表論文400餘篇，申報專利20餘項，出版專著9部，獲國家發明二等獎1項，國家科技進步三等獎1項，省市各級科技進步獎35項，獲新藥證書24個，其中一類新藥2個，二類新藥15個。此外，姚新生院士還兼任日本國東京大學、臺灣中國醫藥學院、吉林大學等國內外著名大學的客座教授，並任國務院學位委員會藥學組召集人和國家新藥研究專家委員會委員等學術兼職。本學科點主要研究的特色及發展前景：中藥在我國有幾千年的用藥歷史，具有深厚的臨床用藥基礎，採用活性跟蹤及體內代謝等方法從中藥中尋找創新藥物先導化合物及前體先導化合物，闡明中藥及複方中藥的活性成分。採用現代科學技術和方法對發現的先導化合物進行結構修飾，進而將其開發成擁有我國自主智慧財產權的創新藥物。採用現代生物技術方法，提高可利用成分的含量，解決中藥資源及內在質量等問題，不僅是開發新藥和推進中藥現代化程序的一個多快好省的方法，而且還具有重要的科學理論意義和重大的經濟效益及社會效益。本學科針對腫瘤、消化、神經和心腦血管系統等重要疾病，已經形成所申報的五個主要研究方向。在進行基礎研究的同時，選擇初期研究中具有很好發展前景的新化學實體，開展系統深入的臨床前和臨床研究，創制一類新藥，在1~2年內確定3-5個目標化合物，進行新藥開發，預計3~5內，將有2-3個藥物進入臨床研究階段。本學科優勢與主要差距及今後5年的主要目標：本學科的優勢是通過多年來先後承擔國家重點基礎研究發展規劃專案、國家自然科學基金重點專案、國家新藥基金專案等各類科研專案，積累了豐富的科研工作經驗，並將這些實踐經驗及時應用到教學中去，使教學與科研有機地結合起來，起到互相促進的作用，並通過教學科研工作培養多批高素質人才。本學科學術梯隊合理，凝聚力強，學術骨幹大部分具有博士學位和在美日英等國留學深造的經歷，並與國外有實質性的廣泛的學術交流和合作關係。由於科研經費和儀器裝置關係，該學科與世界一流學科相比，在利用最新先進技術如組合化學、計算機輔助藥物設計，活性成分快速分離測定，活性篩選模型等方面尚有一定的差距。但從事該方面研究的人員大多具有在國外從事該工作的經歷，具有該方面工作的經驗，通過申請國家專案、自籌部分資金、與生產企業廣泛合作、進一步積極與國外開展合作研究等方法，力使在今後5年中能趕上世界一流學科。
研究方向名稱：重大疾病創新藥物先導化合物的發現與優化
主要內容：1.對文獻報道有活性或民間應用有活性以及其它的植物樣品、微生物發酵產品、海洋藥物（含海洋微生物）等進行篩選，從中發現具有抗癌、抗病毒、抗炎、治療心腦血管疾病和糖尿病等重大疾病的動植物樣品和微生物、海洋藥物等；2.以快速、簡易與臨床相關性強的活性篩選模型為指標，採用活性跟蹤的方法，從對重大疾病具有較強活性的中藥及天然藥物、中藥複方、微生物發酵產物、海洋藥物中尋找創新藥物及先導化合物；3.採用中藥代謝化學的方法和手段，從臨床療效確切的中藥及天然藥物、複方中藥中尋找創新藥物及其先導化合物；4.對已發現的創新藥物先導化合物進行結構修飾，闡明其構效關係規律，尋找創新藥物；5.探索中藥複方藥效物質基礎研究的新方法、新技術、新思路；6.探索從中藥及天然藥物中尋找創新藥物及其先導化合物的新方法、新技術、新思路；7.探索稻瘟酶等活性篩選模型與臨床療效及其作用機理的相關性，尋找降低活性篩選模型的假陽性和假陰性率的方法和手段。特色：1.在創新藥物及其先導化合物的研究中採用的是全方位、全過程活性篩選，以利最大限度發現含量低活性強的化合物；2.採用中藥代謝化學的方法和手段研究中藥及天然藥物中生物活性成分，有利於發現經代謝後產生的活性很強的化合物；3.海洋微生物、土壤真菌具有資源豐富、代謝產物結構新穎獨特、易於大量培養、易於工業化生產等優點；4.所用活性篩選模型均為通過國際學術交流和科研合作的方法從國外引進的先進的篩選模型；5.從樣品採集、活性篩選、追蹤分離到結構修飾、構效關係研究採用的是一條龍的方法，除樣品採集由與本學科有良好科研合作關係的其它學科專業人員承擔外，其餘均為本學科人員；6.與國外相關學科具有實質性的廣泛的學術交流和合作，可隨時消化吸收國外先進的技術方法和手段，相互優勢互補。可能取得的突破：由於採用的是完全過程活性追蹤方法，篩選模型又是從國外引進的先進篩選模型，使發現重大疾病創新藥物及其先導化合物的機率顯著提高。以畢解中抗癌活性成發研究為例，從中共分得9個化合物，經美國NCI用人體白血藥，肺癌等9個瘤系，60個瘤株實驗，其中6個具有較強抗癌活性，5個化合物被NCI批准進行裸鼠實驗，並經NCI初步分析認為可能是一種新的作用機制。經過幾年的工作積累已發現具有抗癌、抗病毒，治療糖尿病等重大疾病的化合物數十個，在近期內可能發現重大疾病創新藥物或先導化學物1-2個。
研究方向名稱：天然藥物生物活性成分及質量控制研究
主要內容：1.採用GC-MS、LC-MS-MS等現代分析技術和方法研究中藥及天然藥物中殘留農藥的簡易、快速、準確的分析測試技術和方法；2.尋找適合於工業化生產的中藥及天然藥物中殘留農藥重金屬的脫除方法；3.探討對人體危害較大的農藥在中藥及天然藥物中的代謝規律和代謝產物對人體的危害及檢測方法；4.探討確實可反映中藥及天然藥物內在質量控制方法（指紋圖譜等）；5.對臨床療效確切的複方中藥的藥效物質基礎進行研究；6.中藥及天然藥物中抗菌、抗癲癇、植物生長調節劑等生物活性成分的研究。特色：1.在殘留農藥分析檢測的技術和方法上，目前國內外大多數集中在食品的研究上，中藥及天然藥物的種類不僅遠遠大於食品，而且其中所含化學成分的種類、數量、干擾因素等也均遠遠大於食品，採用GC-MS、LC-MS-MS等高新技術方法和手段研製出適合於大多數中藥及天然藥物既可定性又可定量、快速、簡易，並能檢測出PPb級殘留農藥的分析檢測方法和手段。在保障人民用藥安全和推進中藥現代化上具有十分重要的意義；2.有些中藥及天然藥物在種植、栽培、生產、加工、貯藏等過程中使用農藥是不可避免的，即要完全避免有些中藥及天然藥物中農藥殘留和重金屬是很難的。本研究的思路是通過研製出適合於工業化生產的，即能脫除農藥殘留和重金屬，又能保留活性成分的方法來解決中藥及天然藥物中農藥殘留和重金屬問題；3.農藥殘留對人體的危害已經受到人們的廣泛重視，而農藥經生物體代謝後所產生的代謝產物對人體的危害如何，並未引起人們的高度重視。本研究主要是解決農藥在生物體內是如何代謝的，代謝產物對人體危害如何，怎樣在檢測農藥殘留時能同時檢測出危害人體的代謝產物等問題；4.採用活性追蹤方法，尋找中藥及天然藥物、中藥複方中的生物活性物質，進而發現創新藥物及其先導化合物；5.通過監測中藥及天然藥物中絕大多數化學成分的方法解決中藥及天然藥物的質量不均一問題。可能取得的突破：在適合於絕大多數中藥材及其製劑的殘留農藥的檢測方法和適合於工業化生產的中藥材中殘留農藥和重金屬的脫除方法，以及農藥在植物體內的代謝規律，解決中藥材及其製劑中殘留農藥，推進中藥現代化建設，保障人民用藥安全上將會有所突破。主要學術帶頭人簡介：裴月湖：1954年生，教授，博士生導師。1993.10-1994.12日本東京大學等高階訪問學者，1994.12-1996.5美國北長大學博士後。國家自然科學基金中醫中藥學科組評委、瀋陽市科技進步獎評委、瀋陽市科學技術顧問委員會評委、《世界科學技術——中藥現代化》編委、《遼寧醫藥》副主編。在國內外學術刊物和會議上發表論文80餘篇，在美國申請專利一項，獲國家科技進步三等獎一項，省部級科技進步一等獎一項、三等獎二項，瀋陽市科技進步一等獎一項。1991年獲國家教委、國務院“做出傑出貢獻的中國博士學位獲得者”獎，2000年國務院政府特貼和瀋陽市青年專業技術拔尖人才，1998年進入省“千百萬”人才工程中百人工程，2001年被省教育廳初步選為中青年學科帶頭人。
研究方向名稱：藥用二次代謝產物合成及其生物工程的研究
主要內容：採用基因工程技術表達控制特定二次代謝產物的基因，進而實現其在不同生物體內或體外的合成。如：將從植物iosus克隆的第一個呋甾皁甙向螺甾皁甙的轉化；使人蔘中氧化鯊烯環化酶（OSC）基因在酵母中表達，用於在體外完成生物活性成分地甾皁甙向螺甾皁甙的轉化；使人蔘中氧化鯊烯環化酶（OSC）基因在酵母中表達，可在體外催化氧化鯊烯轉化成人蔘皁甙元（梨樹脂醇）；酶促不對稱合成是製藥化工業研究的熱點。由丙酮酸脫縮酶（PDC）參與的脫羧反應因其高度的立體選擇被越來越多地用於製藥和經工業中一些重要手性α—羥基酮類中間體的合成。特色：近年基因工程發展迅速，重組酶工程方面也取得了舉世矚目的成就。依賴各種基因文庫的最新成果進行藥用價值基因的克隆及其工程菌的構建和表達。以基因表達為基礎實現藥用二次產物的生物轉化，從而達到用酶工程的手段服務於製藥工業和化工工業。手性化合物的合成是製藥工業中非常重要的課題，利用微生物及其酶系作為其生物轉化和合成方法，將成為21世紀有機化學領域和生物技術的新結合點。一些新技術和方法的不斷完善和發展，生物轉經和組合經學的結合，也推動了生物合成和生物轉化在製備手性化合物中的應用。目前能被用於有機合成中的生物催化劑極少，但隨著基因工程、酶工程和工業微生物的不斷髮展，生物轉化在手性化合成中的應用將會更加廣泛，也更加有利於保護生態和環境。可能取得的突破：在體外完成生物活性成分夫甾皁甙向螺甾皁甙的轉化上實現產業化；用丙酮酸脫縮酶（PDC）催化合成重要手性α—羥基酮類中間體。
研究方向名稱：創新藥物研究
主要內容：1.一些作用機制獨特的天然產物作為先導化合物，開展天然活性化合物的全合成和半合成研究，並進行結構簡化和改造。這方面的課題有吡咯裡嗪酮類化合物的抗炎鎮痛活性研究、環酮曼尼希鹼類化合物的抗癌抗炎活性研究、萜類衍生物的生物活性研究、白藜蘆醇及其衍生物的防癌活性研究等。2.結合非專利藥物的開發，開展me-too藥的研究。以療效顯著的臨床用藥作為先導化合物，在總結構效關係的基礎上進行結構修飾。這方面的課題有N-芳基芳醯胺類化合物抗炎抗變態反應活性的研究、新型磷酸二酯酶抑制劑的研究、新型糖尿病治療藥物的研究等。特色及可能取得的突破：本方向的研究課題涉及面較廣，部分基礎研究工作較深入。由劉百里教授研製的一類新藥乙氧苯柳胺已批產，目前另有幾個活性化合物處於臨床前研究階段。近期內可能發現1個創新藥物。目前，本方向研究工作基本上已由仿製為主過渡到創制為主，研究課題趨於多樣化，學術水平也在不斷提高，已經增添了化學資訊學計算機軟硬體，使研究手段趨於現代化。經過幾年的努力，人員結構有了根本性的變化。一批具有高學歷的年輕學者正在成為教學科研骨幹，他們在實際工作中鍛鍊了真才實學，部分同志已在承擔國家級的研究專案，並取得了較大的成就。
研究方向名稱：藥物分子合理設計、組合化學和分子水平高通量篩選
主要內容：1.H+，K +—ATP酶三維結構的模擬和合理藥物設計；2.β2受體興奮劑的研究開發；3.聯苯雙脂類似物的定量構效關係研究；4.硫色（滿）酮類化合物抗真菌活性及構效關係研究；5.組合化學在新藥研究中的應用研究；6.膜物理化學在藥學中的應用。特色：近幾年來，由於分子生物學的進展，一些生命過程的細節及其調節機制已被發現，許多藥物作用的受體已被分離、純化，一些基因的功能及相關調控物質被相繼闡明，為發現藥物作用的新靶點、新機制和新環節提供了理論依據。隨著龐大的化合物庫和分子水平的藥物篩選方式的出現，篩選方法和技術都發生了根本性的變化。結構生物學和計算機化學的發展，為研究生物大分子（蛋白質等）與配體（藥物）之間的相互作用提供了條件。計算機輔助藥物設計和計算機模擬篩選加速了藥物先導化合物的發現和優化。用組合化學方法產生具有分子多樣性的有機小分子化合物庫，將對提高藥物研究的效率帶來重大影響。將藥物合理設計策略與組合化學技術相結合以提高組合庫的質量，以獲得更多的具有結構多樣性的候選分子，通過高通量篩選來發展新藥。上述技術的發展，增加了藥物分子合理設計的準確性，減少了盲目性，大大加快了新藥研究的程序。在前期研究工作的基礎上，運用計算機輔助藥物分子設計和組合化學的新技術進行先導化合物的結構修飾和優化以及活性篩選。可能取得的突破：努力完善和發展常規有機合成技術，合成大量化合物篩選藥理活性，並逐步建立化合物庫和晶片實驗室。在1-2年內確定3-5個化合物，開展臨床前研究。在3-5年內，將2-3個藥物進入臨床研究階段。