海運學院(Faculty of Maritime and Transportation)是交通部向國際海事組織(IMO)推薦的我國首批7所高等航海院校之一，也是香港船東會第一屆中國海運院校論壇常務委員會副主席單位。學院根據《STCW78/10公約》和《中華人民共和國船員教育和培訓質量管理規則》，建立了《寧波大學船員教育和培訓質量管理體系》，對整個教學過程進行管理和監督，確保學生的培養質量。學院依託綜合性大學的外語、計算機等基礎學科優勢，加強基礎教育，注重學生的人文素質教育和綜合素質培養;堅持知識、能力、素質協調發展，構築新的人才培養模式。學院圍繞“船舶與海洋工程”和“交通運輸工程”二個一級學科建設，突出港航特色，促進學科交叉和協調發展;以教學為中心，積極開展科學研究和社會服務，通過學科建設帶動專業和團隊建設，是我國航運業、物流業和交通運輸業高層次人才的重要培養基地之一。學院立足行業、地方經濟的發展需求，立足省市海洋經濟發展需求，緊緊圍繞“海洋”“港口”“航運”三個關鍵詞，在新能源、新裝備、節能環保、海洋高新技術、海洋經濟產業、現代港航服務業及智慧物流、智慧交通等領域開展科學研究和合作，也是寧波大學最具鮮明行業特色及與區域經濟結合最緊密的學院之一。
寧波大學海運學院的前身為1986年設定的原浙江水產學院航海系的海洋船舶駕駛專業和1987年設定的原浙江水產學院機械系的輪機管理專業。1991年，輪機管理專業從浙江水產學院機械系裡分離出來，併入航海系管理。1994年，輪機管理專業又從航海系裡分離出來，成立輪機系。1996年10月，浙江水產學院寧波分院與寧波大學合併，同年12月原浙江水產學院寧波分院航海系和輪機系合併成立寧波大學海運學院。2001年5月，原國家海洋局所屬的寧波海洋學校船舶類專業併入寧波大學海運學院。
學院目前有航海技術、輪機工程、物流管理和船舶與海洋工程四個本科專業，一個“船舶與海洋工程”一級學科碩士點，一個工程碩士“船舶與海洋工程領域”專業學位點。其中航海技術專業為省重點、省優勢、校重點專業，輪機工程專業為市重點專業，物流管理專業是市特色、校重點建設專業，也是浙江省首批創辦的物流本科專業。兩個一級學科——船舶與海洋工程學科和交通運輸工程學科都被列為省、市重點學科，“航運與港口物流”專業群為寧波市服務型教育重點專業。學院還設有海事技術、機電與能源工程、交通運輸與物流和船海工程等四個研究所;擁有國家道路交通管理工程技術研究中心寧波大學分中心。學院作為主要成員單位加入了由東南大學牽頭的江蘇省首批2011協同創新中心——“2011現代城市交通技術協同創新中心”團隊;也是寧波大學首批2011協同創新中心——“浙江港航物流服務體系協同創新中心”的主要成員單位。
學院在編專任教師中教授、副教授佔55%，具有碩士及以上學位的佔92%;有浙江省“新世紀151人才工程”第二層次人員1名、第三層次培養人員6名;交通部新世紀十百千人才工程第一層次人選1名，寧波市領軍和拔尖人才第一層次人選1名，浙江省有突出貢獻的中青年科技人員1名;寧波市高校名師1名、培養物件1名;省重點學科帶頭人2名。
學院具有較完備的教學和科研設施，實驗中心現有儀器裝置總值3350萬元，實驗用房面積3600平方米。擁有包括大型航海模擬器、大型輪機模擬器、綜合物流模擬室、港口管理實驗室、綜合導航駕駛臺、主機效能與測試實驗室、模擬船、高消實驗樓、天象館和波流水槽等多個國內處於領先水平的實驗室，較好地滿足了全體師生開展教學科研的要求。
學院近5年科研立項300餘項，其中國家863科技計劃專案、國家自然基金專案等10餘項，省部級專案20餘項;與企業合作獲得2010年度國家科學技術進步二等獎1項，獲省、市科技進步獎多項。學院堅持服務社會為己任，緊密結合地方經濟發展需求，通過產學研合作、專家服務、科研成果轉化和開展各類各種層次的教育培訓，助推地方經濟發展。近五年，培訓社會學員超過5萬人次，橫向科研經費2千餘萬元。
學院建立以學生黨建為龍頭、創新創業能力培養為核心、導師制為主線的學生工作模式，加強學生公民道德、人文素養和國際視野的培養，全方位服務學生的成長成才;學生的綜合素質和能力尤其是集體觀念和創新能力深受用人單位和社會的青睞和好評。學院每年都系統地組織科研創新培訓、海事航運調研、班級大合唱、外籍專家講座、外文小品SHOW、國際航運物流設計、半軍事化管理等活動，每年選送3-5名優秀學生赴國外交換學習或公費留學，並設立專項經費資助學生進行科研探索、論文發表和創業實踐，成效顯著。僅2013年，本科生獲國家級科研立項3項、發表論文11篇、獲專利授權5項，榮獲大學生“挑戰杯”課外學術科技作品競賽浙江省一等獎和全國三等獎各1項，學生調研團隊入圍“調研中國”全國十五強榜單(浙江省唯一)，並獲全國大學生數學競賽一等獎1項，1名學生榮獲浙江省大學生“十佳創業規劃之星”稱號，在校學生創業註冊公司新增7家。近年來，學院畢業生就業率均達100%。