商船學院建立於1995年4月，現有航海系、輪機系及航海科學研究所。現設有載運工具運用工程博士點及載運工具運用工程、輪機工程、交通訊息工程及控制、製冷與低溫工程等4個碩士點;航海技術、輪機工程、熱能與動力工程等3個本科專業。
商船學院具有較完備的教學和科研設施，設有9個教研室。擁有雷達模擬器、船舶操縱模擬器、電子海圖、全球海上遇險和安全系統(gmdss)、天象館、自動化機艙、輪機模擬器等具有國內水平的實驗裝置;擁有天琴、天鷹兩艘無限航區的現代化遠洋訓練帆艇和四小證訓練裝置，設有航海科學研究所。此外，商船學院還設有院辦公室、資料陳列室、學生工作部、航元海運技術開發公司。
商船學院現有教職工124人，擁有一支基礎紮實、實踐經驗豐富、積極進取的教師隊伍，現有專業教師78人，其中教授16人、副教授34人、講師24人、助教6人。具有博士學位7人、碩士學位55人、在讀博士生8 人。持有海船船長證書10人、大副證書11人、輪機長證書2人、大管輪證書6人。專業實驗人員28人，其中高階工程師、高階實驗師9人。商船學院為國家培養和輸送了大量的高階航海技術人才，自1972年以來，已有約6000餘航海類專業畢業生走出校門，投身航運事業，他們中的許多人已成為我國發展國內外運輸和航海科技事業的骨幹力量，正在為我國的社會主義現代化建設作出巨大貢獻。商船學院現有碩士研究生59人，本科學生1837人。