海洋環境與工程學院現有環境與安全工程系、港口與航道工程系，1個一級碩士點“水利工程”(下設二級碩士點3個：港口、海岸及近海工程;水工結構工程;水文學與水資源)，4個本科專業(港口航道與海岸工程、環境工程、安全工程、船舶與海洋工程)。學院目前下設環境工程教研室、安全工程教研室、港航工程教研室、船舶工程教研室和環境工程實驗中心、港航工程實驗中心。
學院現有專任教師近40名，其中正副教授16名，其中3名博士生導師，專任教師中具有博士學位的教師比例達82%。學院有上海市教學名師1人，校級教學名師2人。學院現有在校本科生1000多名，碩士研究生40多名。
學院目前共有5000多平米的教學、科研實驗場地，近年來共計投入資金近2000萬，學院已基本具備相關的基礎和專業實驗室、擁有上海市高水平特色專案(綠色港航環境科學研究基地)、上海市級船舶與海洋工程實習基地 (中海集團-上海海事大學)、國際永續性有毒有害物質聯合研究中心、上海市“現代造船設計製造技術公共實訓基地”。
海洋環境和海洋工程已被學校列為“十一五”重點發展學科領域。目前學院“土力學”課程教學團隊被評為上海市級教學團隊，“港口航道與海岸工程”被評為上海市教育高地，“船舶與海洋工程”被列為市級卓越工程師計劃。“工程施工管理”教學團隊、“港口航道與海岸工程專業”教學團隊為校優秀教學團隊。環境工程、港口海岸與近海工程被列為校重點學科。截止到2011年，學院已完成市教委重點課程建設6門，校級重點課程建設7門。
學院主要涉及的研究領域有：船舶及港口防汙染技術、海洋運輸安全工程管理、近海海域環境汙染控制技術、海岸帶環境資訊科技、現代船舶製造工藝、航道與海岸工程技術等。
學院近年的科研情況：學院擁有一支年紀輕、學歷高的教師隊伍，具有相對穩定的科研隊伍。學院共獲得科研專案60餘項，合同經費近千萬，縱向科研佔總數的三分之二，其中：國家級專案10項、省部級專案7項。公開發表論文200餘篇，其中檢索論文60餘篇，專著6部。申請專利8項。曾榮獲2008年上海市科技進步三等獎、2009年安徽省科技進步二等獎。
學院已與滬東中華造船集團公司、中國海運集團公司、中交三航局、上海海域發展有限公司、國家海洋局東海監測中心、浦東新區環衛局、上海東安海上溢油應急中心有限公司、上海浦東新區舟橋職業安全健康事務所、上海浦東新區安全生產監察大隊等相關企事業單位簽訂合作辦學協議，作為學院學生實習基地。