國家實行醫師執業註冊制度。中醫醫師經註冊取得由衛生部統一印製的《醫師執業證書》後，方可按照註冊的執業地點、執業類別、執業範圍從事相應的醫療、保健活動。
一、註冊條件
凡取得中醫醫師資格的，均可以申請中醫醫師執業註冊。未經註冊取得執業證書的，不能從事醫療活動。
二、主管部門
衛生部負責全國醫師執業註冊監督管理工作。縣級以上地方衛生、中醫藥行政管理部門是中醫醫師執業註冊的主管部門，負責本行政區域內的醫師執業註冊監督管理工作。
三、註冊程式
擬在醫療、保健機構中執業的中醫醫師，要向批准該機構執業的衛生、中醫藥行政管理部門申請註冊。獲得中醫醫師資格後二年內未註冊的，還要提交有省級衛生、中醫藥行政管理部門的機構接受3至6個月的培訓，並經考核合格的證明。
不具有完全民事行為能力的，以及受刑事處罰，自刑罰執行完畢之日起至申請註冊之日止不滿二年的，健康狀況不適宜或不能勝任醫療、保健業務工作的等，不予註冊。
中止醫師執業活動二年以上的，以及不予註冊的情形消失的醫師，要申請重新註冊。重新註冊需到縣級以上衛生、中醫藥行政管理部門指定的機構或組織，接受3至6個月的培訓，並經考核合格。
四、變更和登出註冊
中醫醫師變更執業地點、執業類別、執業範圍等註冊事項，要到註冊主管部，變更註冊手續。
死亡或者被宣告失蹤的';受刑事處罰的;受吊銷《醫師執業證書》行政處罰的，因考核不合格，暫停執業活動期滿，經培訓後再次考核不合格的，中止醫師執業活動滿二年的，身體健康狀況不適宜繼續執業的，由出借、出租、抵押、轉讓、塗改《醫師執業證書》的;以及衛生部規定不宜從事醫療、保健業務的其他情形的，將被執業註冊主管部門予以登出註冊。