消化道重複畸形有呼吸窘迫、腸梗阻、腸套疊、消化道出血、穿孔等併發症，均需手術治療，手術方法視畸形的情況而不同：
1.單純重複畸形切除術
適用於與食管不相通又無粘連的食管重複畸形，或少數來自後腹膜或懸掛於分離的腸繫膜上的.球形畸形。
2.重複腸管與其依附的正常腸管切除術
適用於大部分小腸、結腸重複畸形及部分胃重複畸形，因為多系同一血管供應。
3.開窗式內引流術
適用於十二指腸重複畸形，即將重複畸形與相鄰的十二指腸壁部分切除，使兩者互相勾通，簡單易行，效果滿意。
4.中隔部分切除術
適用於管狀重複畸形及部分胃重複使雙腔變為單腔，有利於腸腔內容物通暢排出。