股權轉讓是指公司股東依法將自己的股份讓渡給他人，使他人成為公司股東的民事法律行為。下面由小編為大家整理的股權轉讓合同涉稅條款風險，歡迎大家閱讀瀏覽。
併購時稅務風險承擔條款(法人)
在收購企業股權，收購方最擔心的是企業之前的稅務風險(尤其在收購個體工商戶或民營企業時)，如果收購以後被稅務機關稽查補稅，可能面臨鉅額的補稅和罰款等。所以，收購方要求轉讓方承諾承擔之前的稅務風險，一些股權轉讓協議就寫上“標的企業股權轉讓日之前產生的任何補稅、滯納金、稅收違法的罰款由轉讓方承擔”。
但是，根據稅法的規定，如果標的企業產生補稅、滯納金、罰款，稅務機關處罰的物件是標的企業，這是一種行政責任，不會因雙方的民事合同約定而改變。
建議的表達方式：可以將表述轉化為“併購企業承擔的任何股權轉讓日之前的稅收補稅、滯納金、罰款，股權轉讓方保證向併購企業做出等額賠償”。通過合同條款，將補稅的行政責任轉化為雙方的民事關係。
轉讓方獲取的對賭補償的個人所得稅問題(自然人)
在投資或併購交易中，投資者為了維護自身的利益，防止投資時由於對被投資企業的估值過高而遭受損失，往往會通過“對賭條款”來對被投資企業的估值做出修正以保證自身的利益。如果被投資企業的業績達到預定或超過預定目標，投資者可能會以貨幣或股權等形式補償原股東。
根據股權轉讓所得個人所得稅管理辦法(試行)》的公告(國家稅務總局公告2014年第67號第9條的規定，“納稅人按照合同約定，在滿足約定條件後取得的後續收入，應當作為股權轉讓收入”。按此邏輯，轉讓方在獲取對賭協獲得的補償應調整股權轉讓收入的應納稅所得額並補繳個人所得稅。
股權交易中的稅務成本承擔責任主體
股權轉讓方如果是個人(包括境外個人)、境外企業(注：境內企業由於股權轉讓收益與公司的盈虧合併納稅，不涉及單獨計稅問題)，由於股權轉讓需要單獨計算納稅，合同中通常需要明確涉及的稅務成本由誰承擔，也就是轉讓對價是稅後的還是含稅的問題。
在實務中，股權轉讓合同通常喜歡寫“一切稅費由**方承擔”。其實，股權轉讓只涉及所得稅(個人：個人所得稅，境外企業：企業所得稅)和印花稅。通常合同只需要明確所得稅由哪一方承擔即可，根據稅法的規定，印花稅通常是雙方都要承擔的`，股權轉讓應該是轉讓方取得收益承擔納稅義務。納稅義務由稅法規定，不能由民事合同自行約定，交易雙方自行約定納稅義務屬於違法、無效。
建議的表達方式：在合約中的表述改為“股權轉讓價格為稅後價格”。
自然人股權轉讓時法律手續不符合稅收法律規定
在實際中，許多自然人在轉讓股權時通常私自簽訂平價或折價的股權轉讓協議，在當地的工商部門辦理變更登記手續後不去稅務局備案，這個是不符合稅法規定的，會受到稅務的稽核和處罰。
自然人在轉讓股權後，應該將變更後的營業執照，股權轉讓協議、銀行回單憑證等在稅務機關備案，如果不是平價轉讓的，還要申報個人所得稅。
申報的股權轉讓收入價格不公允
許多自然人為了少申報或不申報個人所得稅，通常會在合同中約定不符合獨立交易交易原則的條款，比如折價或平價轉讓，甚至有些新三板掛牌企業在轉股系統中以很低的價格轉讓，以規避所得稅。
67號文規定，被轉讓企業擁有土地、房屋等重大資產的，應以股權對應的淨資產的公允價值(而非賬面價值)為標準來衡量股權的轉讓價格是否偏低。如果符合67號文12條規定的情形，稅務機構可以認為股權轉讓收入明顯偏低，可以進行核定徵收。
留存收益過高導致溢價過高多交企業所得稅
根據國稅函(2010)79號文的規定，企業轉讓股權收入，應於轉讓協議生效、且完成股權變更手續時，確認收入的實現。轉讓股權收入扣除為取得該股權所發生的成本後，為股權轉讓所得。企業在計算股權轉讓所得時，不得扣除被投資企業未分配利潤等股東留存收益中按該項股權所可能分配的金額。
建議：在發生股權轉讓時，可以先將留存收益進行分配(居民企業股東分配的股息、紅利等投資收益免稅)，降低淨資產，再轉讓股權，從而降低股權轉讓的價格和轉讓所得，介紹企業的所得稅。