按照《暫行辦法》規定，工資總額要與企業利潤掛鉤，每年初，參照企業上年度經會計師事務所審計後的利潤總額，市國資委將核定一個工資總額，各企業在總額範圍內進行分配。效益不好的企業可實行工資計劃管理，如果上一年減少虧損或者扭虧為盈的企業，可按市政府釋出的企業工資指導線規定的基準線增加工資計劃；上年效益持平的企業，可按工資指導線下線增加工資計劃；上年虧損增加的企業，工資計劃可適當核減，但核減量一般不超過上年清算工資總額的10%。如果企業上年在崗職工平均工資低於本市上年在崗職工平均工資的80%，或已2年以上未增加工資的，那麼該企業第二年的'工資總額將適度增加；如果上年在崗職工平均工資達到或高於本市上年在崗職工平均工資2倍以上的，工資總額增幅將被控制。
有些企業的工資是計件發放，職工可通過集體協商的方式來確定計件單價，但計件單價不超過兩年就要調整一次。職工年平均工資的增長比例不低於企業經營者年薪增長比例。
市總工會民主管理工作部梅部長介紹說，這次出臺的《南京市國有企業工資總額管理暫行辦法》只針對市國資委監管的9個集團及下屬企業，主要是將這些企業的工資總額納入統一管理，確保在企業效益增加的情況下，職工工資收入將同步提高。據悉，南京最早就是在國企中推行集體合同的，目前國有企業已全部實現集體協商，但還有一部分國企並沒有把工資協商單獨拉出來談，沒有細化，而有的做得比較好的國企在工資增長方面甚至具體到了某一個崗位。梅部長告訴記者，他們還將積極向市政府建議，讓國企職工工資增長和GDP以及經營管理層業績掛鉤。