1 財務報表自身的侷限性
1.1 報表資料的時效性問題
財務分析所根據的都是反映在會計報表上的歷史資料，分析歷史性資料，評價以往的績效，雖可供企業決策參考，但企業面臨的畢竟是現實問題，不能對這些歷史資料依賴過重。因為這些資料往往沒有考慮通貨膨脹等因素和物價的變動，財務分析的依據均以原始成本為基礎，在物價波動較大的情況下，以原始成本為基礎進行分析，如果不加調整，顯然會受到物價因素的干擾而失去其應有的現實意義。
1.2 報表資料的的真實性問題
財務報表分析研究的前提條件之一就是要求報表資料資料真實、可靠。但是，在企業形成其財務報表之前，資訊提供者往往對資訊使用者所關注的財務狀況以及對資訊的偏好進行仔細分析與研究，並盡力滿足資訊使用者對企業財務狀況的期望。其結果極有可能使資訊使用者所看到的報表資訊與企業實際狀況相距甚遠，從而誤導資訊使用者做出錯誤決策。
1.3 報表資料的可比性問題
根據會計制度的規定，不同的企業或同一個企業的不同時期都可以根據情況採用不同的會計政策和會計處理方法，使得報表上的資料在企業不同時期和不同企業之間的對比難以有意義。比如，企業的存貨發出計價方法、固定資產折舊方法、壞帳的處理方法、對外投資的核算方法、外幣報表折算匯率、所得稅會計中的核算方法等等，都可以有不同的選擇，即使是兩個企業實際經營情況完全相同，不同的方法對期末存貨及銷售成本水平有不同的影響，因此，財務報表中的有關資料會有所不同，使得對兩個企業的財務分析發生歪曲。
1.4 報表資料的完整性問題
在知識經濟的條件下，企業的價值創造模式發生了較大的變化，無形資產對企業價值創造的貢獻越來越大，日益成為企業生存和發展的一種核心資源。然而，根據現行會計準則的規定，企業的無形資產價值由於不能可靠計量，不能確認為企業的無形資產，沒有在報表上予以反映，這無疑會低估企業的價值，使企業資產的賬面價值與實際價值嚴重背離，使得財務報表分析的結論不夠全面。
2 分析方法的侷限性
財務分析的基本方法有比率分析法、比較分析法和因素分析法。無論是何種分析法均是對過去經濟的反映。隨著環境的變化，這些比較標準也會發生變化。而我們在分析時，往往只注重資料的比較，而忽略經營環境的變化，這樣得出的分析結論也是不全面的。
3 財務比率體系的侷限性
3.1 財務比率體系不嚴密
每一個財務比率只能反映企業的財務狀況或經營狀況的某一方面，每一類比率都都過分強調本身所反映的方面，導致整個指標體系不嚴密。
3.2 財務比率所反映的.情況具有相對性
我們在判斷某個具體財務比率是好還是壞，或根據一系列比率指標形成對企業的綜合判斷時，必須注意財務比率本身所反映情況的相對性。因此，在利用財務比率進行分析時，必須掌握好對財務比率的“信任度”。
3.3 財務比率的評價標準不統一
比如，對流動比率，人們一般認為比率為2是比較合理的，但許多成功的企業的流動比率都低於2；而對速動比率則認為1是合適的，但不同的行業此比率有很大差別，如採用大量現金銷售的企業，幾乎沒有應收帳款，速動比率大大低於1是很正常的。相反，一些應收帳款較多的企業，速動比率可能要大於1。因此，在不同企業之間用財務比率進行評價時沒有一個統一標準，不便於不同行業間對比。
3.4 財務比率的計算口徑不一致
比如，對存貨週轉率的計算，有的用銷售收入/存貨，有的用銷售成本/存貨；對流動負債的計算也是如此，分子流動負債的計算可用年末數，也可用平均數，而平均數的計算又有不同的方法，這些都會導致計算結果不一樣，不利於評價比較。
4 針對財務報表的侷限性的辦法
（1）進行報表分析時應考慮物價變動的影響，與國際慣例接軌，用“時價會計”進行調整；
（2）注意對審計報告的分析，按照《獨立審計具體準則第7號——審計報告》檔案的規定，註冊會計師在審計報告中，應對被審計單位會計報表的編制，是否符合《企業會計準則》及國家其他有關財務會計法的規定；會計報表在所有重大方面，是否公允地反映了被審計單位資產負債表目的財務狀況和所審計期間的經營成果、資金變動情況；會計處理方法的選用是否符合一貫性原則發表意見。
審計報告在一定程度上反映了財務資料的真實性，所以應加強對審計報告的分析，注意審計報告的措辭。
（3）加強對會計報表附註的分析，會計報表附註是為了幫助理解會計報表的內容而對報表的有關專案等所作的解釋，在對會計報表進行趨勢分析、結構分析以及比率分析時，應充分考慮會計報表附註中的相關資訊，以彌補報表資訊的不足。
5 分析方法的改進
5.1 注意對企業所處行業環境和競爭優勢的分析
行業環境對本行業的所有企業都起著決定性的作用，當一個行業屬於朝陽產業，即使財務報表反映的企業的資產負債率較高，利潤率較低，但由於具有廣闊的發展前景，仍易於借到資金償還債務；反之，若一個行業屬於夕陽產業，即使各項財務指標良好，但由於市場缺乏持續增長的需求，該企業的前景也不容樂觀。
5.2 把經營環境與財務指標結合起來分析
在採用趨勢分析時，若以本企業的歷史資料作為比較基礎，由於歷史資料反映的是過去的經營情況，並不代表資料的合理性，因為經營環境是不斷變化的，指標相對歷史有所改進，並不一定說明已經達到應達到的水平，甚至並不一定說明管理有了改進。同樣，在進行實際與計劃比較時，也要考慮經營環境的變化。
5.3 各種分析方法結合使用
各種分析方法都是相互聯絡、相互補充的關係，同時也各有侷限性，在運用時不能孤立地使用一種方法做出投資判斷，而應把各種方法結合起來使用。
6 財務指標的改進
（1）盈利能力指標主要有：銷售利潤率，資產利潤率和權益淨利率。
對銷售利潤率的修正，理由有二：一方面，隨著經濟的發展，多樣化和多元化的經營已經是企業的存在狀態。在實際中有些企業的其他業務收入已經超過了主營業務收入。若仍按主營業務收入來計算銷售淨利率指標，則不能反映企業經營收入的全貌，也就不能正確反映企業獲利水平；另一方面，由於主營收入和其他業務收入劃分不明顯，在選擇計入主營收入還是其他業務收入時，企業操縱性較強，所以新會計準則在編利潤表時不再區分主營收入和其他業務收入，使收入的確認更準確，基於此，修改後的公式為“營業淨利率=淨利潤/營業收入”，更能反映企業的獲利水平。
對權益淨利率的修正，原權益淨利率的分母用年初與年末所有者權益的平均值，這是合理的.作為評價企業當年收益的指標，不應由於分配方案的不同而使計算值不同。因此，修正後的公式為“權益淨利率 =淨利潤/（年初所有者權益與年末所有者權益的平均數-分配的利潤）
（2）資產管理效率的指標主要有：應收帳款週轉率、存貨週轉率、流動資產週轉率和總資產週轉率等。
由於企業的多元化經營，主營業務收入和其他業務收入的劃分已不明顯，若仍用主營業務收入來計算這些指標已顯得不夠全面，所以分子用“營業收入”比較好；另外，對應收帳款週轉率指標的分母也要作適當修正。原比率分母用應收帳款的平均餘額，但由於賬面上的應收帳款是提取壞賬準備後的餘額，不同的企業，甚至同一企業的不同時期，對壞賬準備的提取有不同的方法，容易人為操縱，也減少了可比性，因此，應收帳款週轉率的分母用“應收帳款平均餘額+提取的壞賬準備”比較合適。