一、存在的問題
1、會計電算化系統僅僅是手工系統和計算機技術的簡單“撮合”
幾個世紀以來，我國財會人員將算盤作為一種計算工具，賬本作為一種載體，記錄著各種經濟活動的發生、發展過程。現在，手工會計系統越來越不適應市場經濟發展的需要，會計電算化的應運而生，使得對傳統手工會計的處理方法，如會計資料的收集、儲存、處理、傳遞、報告方式都進行了徹底地改造，實現了資料分類集中存放，保證了資料的可靠性，實現了會計資源共享，從而大大提高了財務工作效率。但是，實現會計電算化後，並非所有的會計軟體都履行了會計電算化的功能，“多數會計軟體仍然主要以模仿、替代手工核算為主，系統大多從記賬憑證輸入開始，經過計算機處理完成記賬、算賬、報告等工作”，這種“撮合”沒有真正做到事前預測、事中控制，而僅僅是事後反映，是手工會計的翻版，人為干預依然存在，從而影響會計資訊的真實可靠性。
2、會計電算化涉及範圍的侷限性
目前，我國會計電算化僅僅實現了財務會計的電算化。還沒有實現管理會計電算化，並不是完整意義的會計電算化。完整意義的會計電算化應該是財務會計電算化和管理會計電算化的有機結合。管理會計一方面充分利用財務會計記賬、算賬提供的資料;另一方面，它還可以從財務會計基本資訊系統之外取得有關資訊，根據管理上的要求進行加工計算，藉以為管理上提供各種有用的資料。既然財務會計與管理會計資料同源，管理會計電算化就可以採用財務會計電算化提供的資料。然而，由於管理會計的.規範性和可操作性都不及財務會計，因此，其在企業推廣較難，這就使管理會計軟體步履蹣跚。
3、軟體開發難以滿足新會計制度要求
計算機技術的迅猛發展給會計軟體帶來一個又一個的黃金時期。但是，大多數軟體開發商只注重會計軟體、使用平臺、開發工具、使用環境等計算機技術方面的提高，而忽略會計功能的拓展。比如，對固定資產折舊方法的處理與選擇，在存在大量外幣業務的企業裡，對外幣匯率的選擇，以及存貨計價的選擇。新會計制度規定，這些方法一旦選定，不能隨意更改，如果要更改，必須上報，得到上級主管部門的批准，同時在會計報表附註中加以說明。而現行會計軟體中未設定本年度內不允許改動的控制功能，這就使得一些使用者隨意修改，甚至夥同軟體開發商一起進行反結賬、反記賬等違反會計制度的活動。
4、電算化審計處於“擱淺”狀態
我國的《獨立審計具體準則第20號—計算機資訊系統環境下》指出:“在計算機資訊系統環境下，註冊會計師可以採取以下方式實施審計程式，獲得審計證據:①手工審計方式;②計算機輔助審計方式;③以上兩種方式結合使用。”儘管有這種規定，但是各類審計組織在審計過程中極少實施計算機輔助技術，大多采用手工方式操作。雖然手工操作取得的審計資料更直觀、更具體，但是，影響審計結論的一些重大問題容易疏漏，因而審計風險比較大。導致電算化審計陷入疲軟狀態的主要原因，我們認為有以下幾點:首先是審計人員尚未掌握計算機審計技術，仍是傳統的手工審計技術;其次是審計軟體開發速度慢。由於受利益驅使，許多軟體開發商並不看好審計軟體的開發，而更熱衷於會計軟體的開發;三是相關審計準則的制定以及計算機審計實務工作滯後於經濟形勢。
二、加強和改進會計電算化的思路