一篇好的臨床醫學論文必須具有科學性、創新性、實用性、條理性和規範化。這是撰寫醫學論文必須遵循的基本原則。
1)科學性
科學性是指論文資料詳實，內容先進。報道的內容必須是客觀存在事實，能經得起科學的驗證和實踐的考驗，並具有可重複性。做到立論客觀，論據充足，論證嚴謹。對臨床觀察和實驗所得的資料和實踐材料加以整理、分析和推導，不能主觀臆斷，更不能為達到“預期目的”而歪曲事實，偽造資料。具體要求：①資料資料來源正確可靠。如病例來源及其選擇應有一定標準;②要有周密的臨床科研設計。對觀察病例要進行隨機分組，試驗組與對照組要具有可比性，觀察指標的選定必須客觀，統計學方法運用恰當。
2)創新性
創新性是指論文總結的成果有新的發現、新的理論，提出新的設想，探索新的規律;採用的是新方法或新技術;在重複模仿他人已有成果或科研課題中，補充實現該成果的新條件、新方法或新改進，即仿中有創。
3)實用性
實用性是指通過基礎或臨床醫學的科研活動，解決醫學實踐中存在的實際問題。一般情況下，臨床醫學論文對臨床醫學實踐具有直接的指導意義，其實用性較強。不論其報道的是成功的經驗或失敗的教訓，都可為他人所利用或借鑑。雖有些暫時不能解決實際問題，但從發展來看仍有其重要意義者，也應列入有實用價值的範疇。例如回顧性研究可為前瞻性研究提供一些有價值的`參考資料。
4)條理性
條理性是指思想、語言、文字達到的層次。要求：①用客觀的論據和符合邏輯的推理來論證和闡述問題，形成結構嚴密、論點鮮明、論據充分、論證有力、結論明確、說理性強、可信度大的文章;②文字簡潔、語法正確、表達清晰、層次分明，讀起來流暢易懂，避免使用華麗的辭藻和誇張性詞語。
5)規範化
規範化也是醫學論文寫作的基本原則之一。一篇好的醫學論文按規定的格式撰寫，一般在內容發表上可以達到要求，但要保證論文的寫作質量，還應該在名詞術語、計量單位、數字用法、外文字母和規範漢字上達到規範化的要求。名詞術語應該使用全國自然委員會審定的名詞，藥物名稱以《中華人民共和國藥典》為準。
2 基本結構和要求
臨床醫學論文的基本結構包括文題、署名、結構式摘要、引言、資料與方法、結果、討論和參考文獻。下面分別介紹如下。
1)文題
文題應簡短明瞭，開門見山，對讀者具有吸引力。能準確地概括論文內容，點名主題。做到文題與內容相符。一般文題不超過20個字。寫作中應注意：①文題中無虛詞，如“關於”、“對於”等;②文題開頭避免使用阿拉伯數字(如病例數)，以利於編制索引;③少用或不用副標題;④儘可能避免使用標點符號;⑤需要特殊說明時在文題右上角標註“*”，並在本頁左下腳說明。如：*國家自然科學基金資助專案(no.9854367);⑥非公知公用的名詞術語要書寫全稱，不能隨便縮寫，如把甲狀腺功能減退性心臟病寫成甲減心。
2)摘要
摘要是論文的縮影，是全文的概括和濃縮，是論文內容不加評論和註釋的簡短陳述，是一篇有資料有結論的短文。他可以使讀者一目瞭然，從而大大節約閱讀時間，能在短時間內讓讀者決定是否值得進一步詳讀全文。目前，醫學論文的摘要大多采用結構式摘要的格式，即包括目的、方法、結果、結論四個要素。摘要的字數不宜超過250個實詞。除了實在無變通辦法可用以外，不用圖、表、化學結構式和非公知公用的符號和術語。縮略語、略稱、代號，在首次出現處必須加以說明。一般比較重要的論文都有摘要，內容較簡單或較短的論文也可沒有摘要。