增值稅方面
無論是用原材料還是用產成品抵付賠償款，都涉及存貨的價值轉移問題。《增值稅暫行條例》規定，管理不善造成被盜、丟失、黴爛變質等損失的購進貨物及相關的應稅勞務，其在產品、產成品所耗用的購進貨物或者應稅勞務的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。根據增值稅相關政策規定，以產成品抵付賠償款，應該作為視同銷售處理。如上例，該企業以鞋子抵付賠償款應納增值稅為5×17%=0.85（萬元）；如果企業以原材料抵付賠償款，應作增值稅進項轉出處理。
企業所得稅方面
《國家稅務總局關於確認企業所得稅收入若干問題的通知》（國稅函〔2008〕875號）明確，除《企業所得稅法》及其實施條例另有規定外，企業銷售商品同時滿足下列條件的，應確認收入的'實現：1.商品銷售合同已經簽訂，企業已將商品所有權相關的主要風險和報酬轉移給購貨方；2.企業對已售出的商品既沒有保留通常與所有權相聯絡的繼續管理權，也沒有實施有效控制；3.收入的金額能夠可靠地計量；4.已發生或將發生的銷售方的成本能夠可靠地核算。因此，企業無論是以原材料還是以產品抵付賠償款，均應計銷售收入計算企業所得稅。
這裡可能產生疑問的是，企業支付的賠償款能否在稅前扣除。《企業所得稅法》第八條規定，企業實際發生的與取得收入有關的、合理的支出，包括成本、費用、稅金、損失和其他支出，准予在計算應納稅所得額時扣除。納稅人應該根據不同的賠償原因、責任、程式、證據及用於賠償的存貨種類等進行不同的涉稅處理，關鍵是要區分造成賠償的原因，並根據相關的證據來分析確認。如屬產品在生產過程中或因產品設計缺陷，造成產品質量問題而引起購貨方索賠的，經報稅務機關審批後，可在稅前扣除；如產品在保管、運輸等環節，因人為因素影響產品質量而造成購貨方索賠的，應當由責任人或保險部門賠償，賠償不足以彌補損失的，報稅務機關審批後扣除；如因自然災害等因素造成產品損失或影響產品質量而引起購貨方索賠的，應當由保險部門理賠，理賠不足以彌補損失的，經報稅務機關審批後，可在稅前扣除。
另外，在雙方交易過程中發生的非產品質量原因，而造成的購貨方索賠，如人為逾期交貨、工作失誤造成品種規格差錯等造成的索賠，一般可以按規定在稅前扣除（按照經濟合同規定支付的違約金、罰款和訴訟費除外）。
要注意的是，無論何種賠償，企業都要有必要的證據支援，或由中介機構出具涉稅鑑證，這樣稅務機關才能相信和認可。