根據《國務院關於實施企業所得稅過渡優惠政策的通知》（國發〔20__〕39號），確定了原享受低稅率優惠政策的企業，自20__年1月1日起，在新稅法施行後5年內逐步過渡到法定稅率。而這些企業“實施過渡優惠政策的專案和範圍，將按通知所附的《實施企業所得稅過渡優惠政策表》執行”。這一“政策表”共有30大項，涵蓋了新稅法公佈前國家批准設立的企業按照原稅收法律、行政法規和具有行政法規效力檔案規定享受的大量企業所得稅優惠政策。
為順利實施“新法”，設立必要的優惠過渡期是客觀的需要：這既是我國以往修改稅法所採用的一貫做法，也是企業（特別是外資企業）銜接新、舊稅法的必需。一是有利於體現政府對企業既得權益的尊重及維護政府的國際形象和公信力；二是為企業提供一個適應新稅收政策的時間和空間，以緩解因稅收政策變化給企業生產經營帶來的衝擊，使企業有時間調整經營策略和採取應變措施，有效保持企業經營的穩定性和保護外商投資的積極性；三是有利於財政部門利用優惠過渡期制定相應的對策，降低實施“新法”對財政收入帶來的衝擊；四是有利於稅務部門改革和完善現行的企業所得稅徵管模式。但同時，過渡期政策也帶來一定的問題。
（一）過渡期內沿襲現行的外資企業所得稅優惠，不利於我國市場經濟地位的確立。我國加入 wto後，社會主義市場經濟地位雖已基本確立，但絕大多數發達資本主義國家仍然不承認我國市場經濟的地位。原因固然是多方面的，但與我國的稅收政策和政府行為有一定的關係。wto是一個建立在多邊條約基礎上的全球性政府間國際經濟組織，其規則體系對所有成員的對外經貿活動都有強制約束力。在wto的諸多規則中，與成員方涉外企業所得稅優惠政策關係密切的主要有四項，分別為補貼與反補貼規則、國民待遇規則、最惠國待遇和透明度規則。而我國現行的部分涉外企業所得稅優惠政策與這四項規則相沖突，而部分已開發國家不承認我國市場經濟的地位，也與此有一定的關係。在優惠過渡期內如不進行調整，會影響我國市場經濟地位的確立。
（二）過渡期內沿襲現行稅收優惠，不利於不同型別企業的公平競爭。
市場競爭要求各競爭主體站在同一起跑線上，進行公平競爭。但長期以來，我國內、外資企業一直實行不同的稅收優惠政策。為了有利於吸引外資，我國的涉外企業所得稅制在不損害國家利益的前提下，根據對外開放發展的需要，堅持“稅負從輕、優惠從寬、手續從簡”的原則，制定了一整套稅收優惠政策。其主要特點是：對外商投資於不同的地區、產業、行業和不同的投資專案，採取了分地區，有重點、多層次的稅收優惠措施。相對而言，內資企業優惠政策側重於勞動就業(下崗工人再就業優惠、街道企業稅收優惠等)、社會福利(福利企業等)和環境保護和資源利用(“三廢”處理、資源綜合利用企業)等方面；而外資企業則側重於吸引直接投資、引進先進技術等方面，內資企業的優惠方式主要是直接減免，而外資企業不僅有直接減免，且優惠面較廣，如生產性外資企業全部享受“兩免三減半”的待遇，還有再投資退稅、預提所得稅減免等優惠措施。這種優惠措施對吸引外資發揮了積極作用。但是從反過來說，也造成了內外資企業之間的稅收不公平待遇。兩者名義稅率雖然都是33％，但因為外資企業享受著比內資企業更多的稅收優惠政策，其實際稅負只有13％左右，而內資企業的實際稅負則在25％左右，也就是說，內資企業相當於外資企業兩倍。由於稅收負擔差別的懸殊，外資企業享受著超國民待遇，這不僅造成內、外資企業稅負上的不平等，而且造成同樣是外資企業，因投資地區不同其稅負也不平等的問題，這有悖於wto中關於市場經濟公平競爭的原則，抑制了內資企業的健康發展，對市場經濟執行起一定的扭曲作用。
兩法合併後，內外資企業適用同一部企業所得稅法，上述問題將會得到有效解決，但外資企業的稅收優惠，將有一定時間的過渡期，儘管內資企業適用新法後，稅負將有所降低，但由於原涉外企業所得稅優惠政策較多，其稅負與適用新法後內資企業相比仍然較低，稅收的公平原則仍然得不到體現，一定程度上既影響內資企業的公平競爭，也影響新成立的外商投資企業的稅收公平。
（三）過渡期內沿襲現行稅收優惠，不利於我國反避稅工作的開展。我國現行的涉外企業所得稅稅收優惠主要是稅率優惠和稅額減免，減免稅優惠較多，容易誘發外商投資者採取轉移利潤等多種手段逃避納稅義務。兩法合併後，由於原有外商投資企業有一定的過渡期，使新老外資企業的稅負差距較大，內外資企業的稅負差距仍然存在，這給新老外資企業提供了避稅的空間，也給一些內資企業提供了避稅的空間。如外商投資者利用新老企業之間的稅賦差距，轉移利潤的避稅將更為容易，內外資企業均可以遞延銷售收入確認時間，利用稅率差避稅。因此，兩法合併後的一段時期，我國本來就比較薄弱的反避稅工作會更為困難。
（四）給稅源監控和稅務管理增大難度。由於存在一個優惠過渡期，在一定時期記憶體在新、舊所得稅制並行的情況，既要實行“新法”，又要保留一些舊法的優惠政策，不但給稅源監控帶來一定的難度，同時容易產生稅收徵管混亂，且由於“新法”將對納稅義務人、稅率、稅基、稅收優惠政策、資產的稅務處理等方面作出重大調整和修改，不但稅收管理員在業務上難以兼顧做好，就是納稅人也難以一時適應。如果資訊化建設和稅法宣傳、培訓不能及時跟上，“新法”實施將難以取得社會滿意的效果。部分企業可能會濫用稅收政策進行偷稅和避稅，從而增大稅務管理的難度。
針對優惠過渡期可能存在的問題，擬提出如下的對策、措施和建議：
（一）積極引導外資儘快瞭解和適應“新法”的優惠政策，以有利於外資在優惠過渡期作出新的投資選擇（包括轉產改行），促使其穩定並增加在華投資。根據新法內容可以看出，制定“新法”優惠政策的原則取向，是把現行的區域性優惠為主向以產業性為主轉變，並側重體現國家鼓勵發展的產業和社會經濟的可持續發展，如基礎設施建設、基礎產業、高新技術產業、環境保護（資源綜合利用）產業和有利於就業再就業等，目的是把稅收優惠政策與轉變經濟增長方式結合起來。因此，對於新的稅收優惠政策取向，稅務部門在優惠過渡期應積極引導外資企業增進對政策的認識和理解，幫助其根據國家公佈的《外商投資產業指導目錄》和《中西部地區外商投資優勢產業目錄》進行轉產改行或投資再選擇，儘量避免其在優惠過渡期結束後終結在華經營、轉移投資。
（二）加強納稅評估，加大反避稅力度。兩法合併後過渡期內，新老稅制之間的稅負差異，給外資企業避稅造成了空間，因此，兩法合併後，要進一步加大反避稅的力度，提高反避稅工作水平。一是要完善相關法律法規。要在稅法中單獨列出反避稅條款，形成一套較為完整的稅收專門法規，要針對經濟全球化對跨國公司的管理要求，補充、修訂轉讓定價調整方法及其使用條件，增加對避稅的處罰。二是要全面加強對外資企業的納稅評估工作，並在此基礎上，定期進行稅務審計，認真稽核企業收入和成本費用結轉的合法性，特別要對未能按期限進入獲利年度的企業加強評估和審計；要嚴格區分和監控企業正常的稅收籌劃和故意避稅行為；要充分運用資訊化手段和利用“一戶式”納稅評估覆蓋面廣、涉及稅種齊全和分行業評估的優勢，為反避稅審計提供準確性較高的資訊資料。三是要建立涉外稅收資訊庫，提高反避稅能力，可由國家稅務總局負責組建稅務情報收集和交換的專門機構，研究制定《情報交換管理規則》，規範情報交換程式，適時擴大情報交換範圍。建立國際性的資訊庫，廣泛收集國際經貿稅收有關資料，收集和跟蹤國際市場主要商品價格、成本、行業利潤率、貸款利率以及費用收取標準等資訊資料。還應建立國際上著名跨國企業有關組織結構、管理特點以及內部交易的資料庫，並及時對資訊進行分析、處理，提供給有關部門，以便稅務機關對轉讓定價企業調整定價時有可靠依據，切實提高反避稅能力。“新法”施行後，在優惠過渡期內，外資企業由於稅負上升，其避稅手法將會多樣化；不僅會利用“轉讓定價”手法在關聯企業間轉移利潤，還會採取資本弱化，增大借款利息、境外勞務費、特許權使用費和轉嫁虧損、濫用稅收協定、利用避稅港避稅等手段進行避稅。因此，基層稅務機關除了要加強納稅評估、反避稅審計和稅務稽查之間的協調和配合外，重要的是稅收管理員要認真做好稅源監控工作。
（三）要重視運用資訊科技監控優惠過渡期企業的生產經營和財務狀況。實施“新法”，除要開發適應“法人所得稅法”的稅收徵管軟體外，還要開發能對享受稅收優惠過渡期的企業進行有效監控的徵管資訊子系統，以便隨時掌握企業在優惠過渡期的政策執行情況和新、舊稅制在銜接上存在的問題。要通過資訊化建設加強對企業優惠過渡期納稅申報合法性、準確性的`監控和繼續享受稅收優惠政策情況的動態監控，並要對執行稅收優惠政策結束，或執行有紊亂情況的企業設定警示功能，以利稅收管理員及時跟蹤調整或糾正，防止企業在優惠過渡期重複或延長享受稅收優惠的情況發生。此外，在優惠過渡期內，還要及時在中國稅收徵管系統（ctais）增加實施“新法”需相應補充的徵管功能。
（四）要抓緊創新“法人所得稅”徵管模式。內資企業所得稅的徵管仍分屬國地稅分別徵收，這種歷史遺留下來的分散而多頭的徵管模式，既浪費資源，又不利於稅務幹部業務素質的提高和崗位輪換，更不利於統一執法、提高行政效率、完善和加強稅收徵管。這種舊的不合理、不科學的企業所得稅徵管模式應該摒棄。在優惠過渡期間，國地稅部門對內外資企業不但不能因稅制改革放鬆徵管，而是應該進一步加強。要認真進行資源、業務和人員素質的整合，由分散徵管平穩過渡到統一徵管；要循序漸進，邊徵管、邊整合、邊統一，在優惠過渡期內完成新、舊徵管模式的轉換，防止因整合稅收徵管而造成混亂和稅收流失。為此，要根據科學化、精細化的管理要求，依託資訊科技，創新“法人所得稅”的徵管模式：一是要從法律上確立國稅部門為唯一的“法人所得稅”徵管部門，“法人所得稅”為中央、地方共享稅，實行統一徵收，定率分成，稅款分別劃入中央和地方金庫；二是根據現有國地稅的徵管（稽查）資料對所有內外資企業進行誠信分析，並按“雙分類”（誠信等級和稅源大小）進行排隊，對企業實行分類管理；三是要藉助中介機構力量作為加強“法人所得稅”徵管力度的補充，既可促使納稅人儘快熟識“新法”，又可協助稅務部門審查企業納稅申報的真實性和合法性，並可協助（代理）稅務機關完成一些涉稅事項，使稅務機關能夠把主要精力集中在稅源監控上。
（五）廣泛、深入、紮實做好稅法宣傳，抓緊、抓好乾部業務培訓。做好稅法宣傳，是順利實施“法人所得稅法”的前提和保證。為使納稅人儘快熟識和掌握“新法”，除運用傳統的方法組成稅法宣講團到各企業舉辦講座進行廣泛、深入宣傳外，還要充分利用現代媒體開展“新法”宣傳。尤其要充分利用和發揮網際網路的重要作用。利用網際網路快捷、資訊量大以及雙向互動等優勢把“新法”公之於眾，隨時供納稅人查詢和解答納稅人的疑難問題。
為使“新法”順利實施，避免在優惠過渡期出現徵管、執法混亂，紮實抓好稅務幹部的業務培訓也是至關重要一環。如果在優惠過渡期不抓緊、抓好對幹部的全面、系統、紮實的業務培訓，將難以有效輔導納稅人正確理解和執行新的“法人所得稅法”，更難以保證“新法”的順利實施、新舊稅收政策的準確銜接、稅制的平穩過渡和徵管模式的創新。