在中國經濟體制改革整體、全面推進的歷史發展中，在落實科學發展觀、建立創新型國家的程序中，在加入WTO五年過渡期屆滿之後，第十屆全國人民代表大會第五次會議高票通過了《中華人民共和國企業所得稅法》。“兩法”合併，實現了內外資企業所得稅制的統一，為內外資企業創造了一個公平競爭、共同發展的和諧稅收環境，實現了內外資企業的“雙贏”。新《企業所得稅法》的實施有力地推動了中國經濟融入世界經濟，與稅收的國際規則保持一致，是中國市場經濟體制走向成熟和規範的一個顯著標志，成為中國稅制進一步邁向國際化、法制化的新開端。新企業所得稅法對於進一步完善中國市場經濟體制的意義重大，影響深遠。為配合新《企業所得稅法》的貫徹落實，2007年12月國務院頒佈了《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》。新《企業所得稅法》及實施條例實施以來，整體效果是好的，但是在其實施過程中也出現了不少值得我們研究的問題。而處理好這些問題，對於完善我國企業所得稅制都有積極意義。這些問題概括為：
一、粗放型的成本費用扣除專案減少應稅收入
新企業所得稅法對企業實物福利的扣除無明確明細規定。在中國企業高層次的員工的避稅手段花樣繁多，如現金券、午餐券（為工作而配備的午餐費是免稅的）、住宿、車費補助、旅遊、話費、汽車燃油補貼、代金券的發放、住宿條件的豪華化、公用車輛私用、私人請客籤公司帳單等等實物福利，更有甚者，在國家的住房公積金上做手腳，加大公積金計提，相當於多了一筆免稅養老金存款。而大部分的實物福利是被記入企業的成本進行扣除，這相比一般員工來講，有失稅賦公平原則，而且造成國有資產和稅收收入的流失。
二、虧損企業企業所得稅預繳減少應納稅款。
因為新《企業所得稅法》規定：企業預繳企業所得稅可以按照上一納稅年度的應納稅所得額的月度或者季度平均額預繳。所以大量“長虧不到”的企業因其上一納稅年度的應納稅所得額為0，當年度預繳的所得稅也基本為0。這就造成虧損企業長期不繳稅，從而導致大量國家稅款的流失。
三、新企業所得稅法的稅收優惠不利於中西部發展
新《企業所得稅法》強調產業性優惠而基本上取消了區域性優惠，對中、西部利益有著重大不利影響。東部經濟的發展之所以成功，與東部地區享受到的國家的區域性所得稅優惠政策有著極為重要的關係，但條件的變化，使曾在國家和東部快速發展中做出了很大犧牲的廣大西部地區，在新《企業所得稅法》實施和WTO背景下國家進一步加快改革開放的時候，不能再象東部地區一樣在所得稅方面享有有利條件。但中部崛起與西部大開發戰略目標的實現，又要求國家在新《企業所得稅法》的實施中處理好這一利益關係。
四、企業所得稅徵收過程中出現的雙重徵稅
雖然企業所得稅和個人所得稅選擇不同的納稅人和徵稅物件課徵，理應互不交叉，但在某些情況下，企業所得稅和個人所得稅雖選擇不同的納稅人，卻以同一對象徵稅，因而發生重疊交叉，出現重疊徵稅。如何在最大程度上避免這種重疊徵稅的現象，也是我國在進行所得稅制改革、選擇稅制模式時應該考慮解決的問題。按現行稅法規定，對個人從企業取得的股息、紅利徵收20%的個人所得稅，儘管企業對該項股息、紅利已經交納了企業所得稅，當投資者取得這些收入之後，還需要繳納個人所得稅，這是對同一所得額徵收兩種所得稅的重複課稅。
五、新企業所得稅法對環保的促進作用尚不明顯
目前稅收政策中有關汙染環境的懲罰規定較少，以至於在環保方面“守法成本較高，違法成本較低”，難以適應環境治理的要求。
六、新企業所得稅法加重中小企業稅收負擔
新企業所得稅法規定15％、20%、25％三檔稅率，原企業所得稅法對中小企業規定18％、27％兩檔優惠稅率。新企業所得稅法實施後，年應納稅所得額在3萬元以下的小型企業的稅率由18％上升為20%，稅收負擔有所增加。而20％的稅率對年應納稅所得額在10萬以下的中小型企業來說仍然偏高，在原材料價格上漲、油價上漲的大環境下，中小企業的.稅收負擔依然很大。高稅負不利於中小企業的發展，也不利於社會主義市場經濟體制的完善。
七．新企業所得稅法的實施減少了企業所得稅稅收收入
據初步計算，在過渡期完成、新企業所得稅法全面實施後，國家財政每年將減收900億-1000億元。對外商而言，雖然新稅率提高至25%，壓縮了他們的優惠空間，多少會影響外商在華投資的積極性，引起資本轉移等一系列問題。而目前我國的財政必須面對兩個問題：一是正在來臨的人口老齡化時代，二是不斷增加的財政赤字。不言而喻，老年人口的增加將增加非老年人口的負擔以維持公共養老金、公共醫療、公共護理等開支。我國政府也曾經連續通過發行國債、擴大財政支出的財政措施刺激經濟，國債發行量已經非常巨大。日益增長的財政支出和財政赤字必須通過增加稅收或者減支與增稅並舉來彌補。
解決這些問題的對策研究：
一、在稅收申報時應加強對企業福利政策的明細帳備案檢查