如果說培根的新工具所論述的觀點已顯得平淡無奇，那其實是因為他說的理論已如此的深入人心，幾乎成了一般常識。但是在培根說出他的新理論時，他面對的是形而上學和神學統治的思想和學術界，以致於培根還一再重申，他之所以“標新立異”，不是覺得自己智力優於古人，而只是指出了一條新的路，所以，他申明自己不是智者，只是一個嚮導。
培根倡導重視科學實驗，在實驗的基礎上歸納原理，在原理指導下進行更高更深入的實驗，得出更普遍更一般更準確的原理，這基本上是從事學術研究的一般原則，相信很多人已非常熟悉，不過對於培根所處時代的學術界奉行的形而上學和神學原則，可能很多人並不瞭解。
在亞里士多德的形而上學體系中，學術研究的方法正好與培根所提倡的原則相反，他們只是對客觀事實粗略一瞥，就開始建立理論體系，所以這個理論體系不免帶有很多主觀臆斷，然後又用這個自洽但主觀的理論體系矯揉造作地去解釋客觀事實。這樣造成的後果有二：一是因為理論體系沒有建立在客觀事實基礎上，導致理論是矯揉的`、錯誤的、主觀臆斷的;二是，對於不符合理論體系的客觀事實，則用歪曲事實的方法去適應理論體系，這就壓抑了進行科學研究的動力。亞里士多德在物理學、生物學等領域規定了很多形而上學的、錯誤的原則，諸如重的物體下落快，或者強壯的父親會生下男孩等，這些原則並非建立在客觀的實驗上，而大多數是主觀臆斷，在亞里士多德的形而上學體系中，因為出於主觀臆斷，所以科學理論反而容易形成完備的自洽的體系，導致人們認為似乎已經掌握了終極的真理。
不過培根也指出了出現這種思想傾向的根源，從客觀上講，鑑於當時的研究手段的落後，人們不可能非常清楚的研究客觀事實，只能憑主觀臆斷進行解釋，所以勢必造成形而上學。但更可貴的是培根也指出了主觀方面的原因，培根認為“人類理解力依其本性傾向於作些抽象而賦予流逝的事物以一種本體和實在”，在沒有完善的對客觀具體進行研究的基礎上，抽象將不可避免的導致主觀臆斷。
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