1、如果勞動合同有明確約定工資數額的，應當以勞動合同約定的工資作為加班費計算基準。應當注意的是，如果勞動合同的工資專案分為“基本工資”、“崗位工資”、“職務工資”等，應當以各項工資的總和作為基數計發加班費，不能以“基本工資”、“崗位工資”或“職務工資”單獨一項作為計算基數。
2、如果勞動合同沒有明確約定工資數額，或者合同約定不明確時，應當以實際工資作為計算基數。凡是用人單位直接支付給職工的工資、獎金、津貼、補貼等都屬於實際工資，具體包括國家統計局《關於工資總額組成的規定若干具體範圍的解釋》 中規定“工資總額”的幾個組成部分。但是應當注意一點，在以實際工資都可作為加班費計算基數時，加班費、伙食補助和勞動保護補貼等應當扣除，不能列入計算範圍。
3、在確定職工日平均工資和小時平均工資時，應當按照勞動和社會保障部《關於職工全年月平均工作時間和工資折算問題的通知》規定 ，進行折算。
4、實行計件工資的，應當以法定時間內的計件單價為加班費的計算基數。
5、加班費的計算基數低於當地當年的最低工資標準的，應當以日、時最低工資標準為基數。
相關案例：
小張和小王同時進入一家科技公司上班，同樣的崗位，同樣的待遇，同樣的工作時間，都是每月基本工資2000元，崗位工資2000元，加上一些話費、交通、午餐補貼，共計6000元。但小張的勞動合同中明確約定每月工資標準為：基本工資2000元，而小王的勞動合同未明確約定月工資標準，只是約定月工資不少於最低工資標準。
後兩人因為加班費問題，均提起勞動仲裁。如兩人加班時間相同，那麼，加班費計算方法是否相同?
解析：
加班費是指勞動者在標準工作時間之外繼續生產勞動或者工作所獲得的額外勞動報酬，加班費是對勞動者額外工作量的一種補償。按照原勞動部《關於印發<工資支付暫行規定>的通知》，應按以下標準支付工資：(1)用人單位依法安排勞動者在日法定標準工作時間以外延長工作時間的，按照不低於勞動合同規定的勞動者本人小時工資標準的150%支付勞動者工資;(2)用人單位依法安排勞動者在休息日工作，而又不能安排補休的，按照不低於勞動合同規定的勞動者本人日或小時工資標準的200%支付勞動者工資;(3)用人單位依法安排勞動者在法定休假日工作的，按照不低於勞動合同的勞動者本人日或小時工資標準的300%支付勞動者工資。然而，實務中，令人比較頭疼的問題是計算加班費的日或小時工資標準如何確定。要確定日或小時工資標準，就必須先明確月工資標準。
關於計算加班費的月工資標準，各地規定不盡相同。有些地區，如江蘇、上海等地，允許用人單位與勞動者在勞動合同中約定加班費計算基數，該計算基數可以與實際工資標準不一致。就目前北京地區司法實務來說：不允許加班費計算基數與工資標準不一致，但卻允許“工資標準”與“實際發放的工資標準”不一致。怎麼理解呢?
《北京市工資支付規定》第四十四條規定：加班工資計算基數應當按照下列原則確定：(一)按照勞動合同約定的勞動者本人工資標準確定;(二)勞動合同沒有約定的，按照集體合同約定的加班工資基數確定;(三)勞動合同、集體合同均未約定的，按照勞動者本人正常勞動應得的工資確定。依照上述原則確定的加班工資基數低於最低工資標準的，以最低工資標準作為加班費計算基數。
具體到本案，小張和小王的加班費計算基數是不同的，按照上述原則，因小張的勞動合同中已經明確其工資標準為每月2000元，故其加班費計算基數應當為2000元，不包括其他補貼、津貼在內。而小王的勞動合同並未明確工資標準，也沒有集體合同約定，因此，司法實務中，像小王這種情況，加班費計算基數應當按照正常勞動應得工資計算，也就是以小王當月全部工資性收入(包括基本工資、獎金、補貼、津貼在內)共6000元作為加班費計算基數。
由此可見，按照規定，在勞動合同已經明確勞動者工資標準的前提下，即便約定的工資標準與實際的工資不一致，甚至比實際工資低很多，也會以約定為準。但無論如何，加班費計算基數不能低於最低工資標準。可見，在勞動合同中約定勞動者工資標準是有好處的。
不過現實總是比法條豐富。對於小張這種情況，不排除現實中會有這種判決：由於每個月固定工資標準為4000元，因此以實際每月固定發放的4000元作為加班費計算基數，否則對勞動者不公平。但是目前北京地區的主流作法，仍然是以勞動合同約定的工資標準為計算基數。
關於加班費計算基數問題，以下幾點還需明確：
第一、這裡的“本人工資標準”既包括基本工資在內，也包括崗位工資、績效工資在內。所以“勞動合同約定的工資標準”如果有基本工資、崗位工資、績效工資等幾個專案，那麼應該把幾個專案的總和作為加班費的計算基數。因此對單位而言，標準的作法是：雖然實際發放的工資有多個專案，但是勞動合同中只約定基本工資標準，同時明確約定“以合同約定的基本工資標準作為加班費計算基數”。其它的專案可以“依據單位規章制度規定發放”一筆帶過。
第二、按照《北京市工資支付規定》，僅僅在規章制度中規定加班費計算基數是不行的，必須在勞動合同或者集體合同中明確約定。
第三、加班費包乾問題。所謂加班費包乾，是指現實中很多用人單位會跟勞動者約定，每月加班費固定為多少，多發不退，超出不補。該種約定效力如何?只能說既不完全有效，也不完全無效。如果實際加班費低於約定的金額，則有效;如果實際加班費高於約定金額，則勞動者依然有權要求單位補足加班費差額。