新頒佈的《農藥管理條例》對農藥管理制度、登記制度、生產管理制度、經營管理制度、假冒偽劣農藥定義、農藥的使用回收以及違法懲處等進行了重大修訂。按照上報國務院的版本，修訂重點有如下內容：
修訂重點內容如下：
改革農藥管理體制：
一件事情一個部門管。
強化農業部門監管手段(第41條)
進入農藥生產、經營、使用場所實施現場檢查;
對生產、經營、使用的農藥實施抽查檢測;
向有關人員調查瞭解有關情況;
查閱、複製合同、票據、賬簿以及其他有關資料;
查封、扣押違法生產、經營、使用的總要，以及用於違法生產、經營、使用農藥的工具、裝置、原材料等;
查封違法生產、經營、使用農藥的場所。
明確生產經營者主體責任(第5條)
農藥生產企業、農藥經營者應當對其生產、經營的農藥的安全性、有效性負責，自覺接受政府監管和社會監督;
農藥生產企業、農藥經營者應當加強行業自律，規範生產、經營行為。
擴大農藥登記的申請主體(第7條第1款)
除農藥生產企業、國外出口企業外，允許 新農藥研製者申請農藥登記。
允許轉讓登記資料(登記證禁止轉讓)
新農藥研製者;
農藥生產企業：向具有相應生產能力的生產企業。
改革農藥登記試驗制度
新農藥登記試驗由農業部批准，其他報省級農業部門備案;
與已登記農藥的組成成分、使用範圍和使用方法相同的農藥，免予殘留、環境試驗，但登記資料保護期內(登記之日起6年內)的農藥應經登記證持有人授權同意。
取消農藥臨時登記
國內企業：經省級農業部門提出申請報農業部;
國外企業：直接向農業部申請;
農藥登記證有效期5年。
完善假農藥定義
假農藥：以非農藥冒充農藥;以此種農藥冒充他種農藥;農藥所含有效成分種類與農藥的標籤、說明書標註的有效成分不符。
按假農藥處理的農藥：禁用的農藥;未依法取得農藥登記證而生產、進口的農藥;未附具標籤的農藥。
完善劣質農藥的定義
劣質農藥：不符合農藥產品質量標準;混有導致藥害等有害成分(刪除失去使用效能的農藥);
按劣質農藥處理的農藥：超過農藥質量保證期的農藥。
改革農藥生產許可制度
取消農藥生產許可證和生產批准檔案;
將農藥生產企業核准改為農藥生產許可。
規範委託生產行為
委託人：取得相應的農藥登記證，對委託加工、分裝的農藥質量負責;
受託人：取得農藥生產許可證;
雙罰：委託人、受託人均要處罰。
健全農藥生產管理制度
原材料採購查驗制度：產品質量檢驗合格證+有關許可證明檔案;
原材料進貨記錄制度：儲存2年以上;
出廠檢驗制度：附具合格證;
出廠銷售記錄制度：儲存2年以上。
加強農藥標籤管理
農藥標籤應當按農業部的`規定以中文標註相關內容;
農藥生產企業不得擅自改變經核准的農藥的標籤內容，不得在農藥的標籤中標註虛假、誤導使用者的內容。
實行農藥經營許可制度(衛生用農藥除外)
定點經營：限制使用農藥;
條件：人員、場所和設施、制度;
有效期：5年;
設立分支機構：向分支機構所在地縣級農業部門備案，對其分支機構的經營活動負責;
健全農藥經營管理制度
採購查驗制度：包裝+標籤+合格證+有關許可證明檔案，不再需質量檢驗;
採購臺賬制度：儲存2年以上;
銷售臺賬制度(衛生用農藥除外)：購買人，儲存2年以上;
推薦說明制度(衛生用農藥除外)：詢問病蟲害情況(必要時實地檢視)+科學推薦+正確說明;
經營隔離制度：衛生用農藥分櫃銷售，其他農藥的經營場所不得經營食品、食用農產品、飼料;
境外企業不得直接銷售：設立銷售機構或委託代理機構;
農藥進出口證明制度：依照海關總署的規定出示相關證明檔案。
完善農藥使用指導分工
縣級政府：制定並組織實施農藥減量計劃;對自願減量的農藥使用者，給予鼓勵和扶持。
農業部門：加強農藥使用指導、服務，建立健全農藥安全、合理使用制度，組織推廣農藥科學使用技術，規範農藥使用行為。
林業、糧食、衛生等部門：加強對林業、儲糧、衛生用藥農藥安全、合理使用的技術指導，環境保護主管部門：加強對農藥使用過程中環境保護和汙染防治的技術指導，
鄉鎮政府：協助開展農藥使用指導服務工作。
強化農藥使用者的義務
嚴格按照農藥的標籤使用農藥，不得擴大使用範圍、加大用藥劑量或者改變使用方法;
不得使用禁用的農藥;
不得將劇毒、高毒農藥用於：防治衛生害蟲，蔬菜、瓜果、茶葉、菌類、中草藥材的生產，水生植物的病蟲害防治;
遵守安全間隔期的要求;
不得在飲用水水源保護區、河道內丟棄農藥，農藥包裝物或者清洗施藥器械;
不得在飲用水水源保護區內使用農藥;
不得使用農藥毒魚、蝦、鳥、獸等。
完善農藥使用記錄制度
主體：農產品生產企業、食品和食用農產品倉儲企業、專業化病蟲害防治服務組織、農民專業合作社;
內容：使用時間、地點、物件以及農藥名稱、用量、生產企業;
期限：儲存2年以上。
建立農藥廢棄物回收制度
回收主體：農藥生產企業、農藥經營者。
建立農藥誠信檔案制度
主體：縣級以上地方農業部門;
要求：建立農藥生產、經營誠信檔案並予以公佈;發現涉嫌犯罪的，依法移送公安機關查處。
建立農藥召回制度
召回條件：發現農藥對農業、林業、人畜安全、農產品質量安全、生態環境等有嚴重危害或者較大風險;
召回要求：停止生產、經營、使用，通知上下游主體，向農業部門報告，召回產品並記錄。
完善已登記農藥退出規定
退出情形：同召回情形;
組織機關：農業部;
評審單位：農藥登記評審委員會;
退出措施：撤銷、變更相應的農藥登記證，必要時決定禁用或者限制使用並予以公告。
建立假劣農藥和農藥廢棄物處置制度
物件：假農藥、劣質農藥和回收的農藥廢棄物等;
主體：具有危險廢物經營資質的單位;
費用承擔：相應的農藥生產企業、農藥經營者;不明確的，由所在地縣級財政列支。
規範農業部門及其工作人員行為
物件：農業部門及其工作人員
農藥鑑定機構及其工作人員
要求：不得參與農藥生產、經營活動
增加生產經營者不符合條件的處理
由縣級以上地方農業部門責令限期整改;
逾期拒不整改或者整改後仍不符合規定條件的，由發證機關吊銷生產經營許可證。
加大違法行為懲處力度
責令停止生產經營;
沒收違法所得、違法生產經營的產品和用於違法生產經營的工具、裝置、原材料等;
罰款：按貨值金額計算;
吊證。
農藥登記證吊銷後不受理制度
被吊銷農藥登記證的，5年內不再受理其農藥登記申請。
欺詐獲證不受理制度
以欺騙、賄賂等不正當手段取得行政許可的，依法處罰，申請人3年內不得再次申請該行政許可。
對違法人員實行行業禁入
行為：未取得許可證生產、經營農藥，或者被吊銷登記證、許可證;
禁業：直接負責的主管人員10年內不得從事農藥生產、經營活動。農藥生產企業、農藥經營者招用此類人員的，吊銷農藥生產許可證、農藥經營許可證。