改革的任務和原則
醫療保險制度改革的主要任務是建立城鎮職工基本醫療保險制度，即適應社會主義市場經濟體制，根據財政、企業和個人的承受能力，建立保障職工基本醫療需求的社會醫療保險制度，職工醫療保險制度。
建立城鎮職工基本醫療保險制度的原則是：基本醫療保險的水平要與社會主義初級階段生產力發展水平相適應;城鎮所有用人單位及其職工都要參加基本醫療保險，實行屬地管理;基本醫療保險費由用人單位和職工雙方共同負擔;基本醫療保險基金實行社會統籌和個人帳戶相結合。
覆蓋範圍和繳費辦法
城鎮所有用人單位，包括企業(國有企業、集體企業、外商投資企業、私營企業等)、機關、事業單位、社會團體、民辦非企業單位及其職工，都要參加基本醫療保險。鄉鎮企業及其職工、城鎮個體經濟組織業主及其從業人員是否參加基本醫療保險，由各盛自治區、直轄市人民政府決定。
基本醫療保險原則上以地級以上行政區(包括地、市、州、盟)為統籌單位，也可以縣(市)為統籌單位，北京、天津、上海3個直轄市原則上在全市範圍內實行統籌(以下簡稱統籌地區)。所有用人單位及其職工都要按照屬地管理原則參加所在統籌地區的基本醫療保險，執行統一政策，實行基本醫療保險基金的統一籌集、使用和管理。鐵路、電力、遠洋運輸等跨地區、生產流動性較大的企業及其職工，可以相對集中的方式異地參加統籌地區的基本醫療保險。
基本醫療保險費由用人單位和職工共同繳納。用人單位繳費率應控制在職工工資總額的6%左右，職工繳費率一般為本人工資收入的2%。隨著經濟發展，用人單位和職工繳費率可作相應調整。
建立基本醫療保險統籌基金和個人賬戶
要建立基本醫療保險統籌基金和個人帳戶。基本醫療保險基金由統籌基金和個人帳戶構成。職工個人繳納的基本醫療保險費，全部計入個人帳戶。用人單位繳納的基本醫療保險費分為兩部分，一部分用於建立統籌基金，一部分劃入個人帳戶。劃入個人帳戶的比例一般為用人單位繳費的30%左右，具體比例由統籌地區根據個人帳戶的支付範圍和職工年齡等因素確定。
統籌基金和個人帳戶要劃定各自的支付範圍，分別核算，不得互相擠佔。要確定統籌基金的起付標準和最高支付限額，起付標準原則上控制在當地職工年平均工資的.10%左右，最高支付限額原則上控制在當地職工年平均工資的4倍左右。起付標準以下的醫療費用，從個人帳戶中支付或由個人自付。起付標準以上、最高支付限額以下的醫療費用，主要從統籌基金中支付，個人也要負擔一定比例。超過最高支付限額的醫療費用，可以通過商業醫療保險等途徑解決。統籌基金的具體起付標準、最高支付限額以及在起付標準以上和最高支付限額以下醫療費用的個人負擔比例，由統籌地區根據以收定支、收支平衡的原則確定。
健全基本醫療保險基金的管理和監督機制
基本醫療保險基金納入財政專戶管理，專款專用，不得擠佔挪用。
社會保險經辦機構負責基本醫療保險基金的籌集、管理和支付，並要建立健全預決算制度、財務會計制度和內部審計制度。社會保險經辦機構的事業經費不得從基金中提取，由各級財政預算解決。
基本醫療保險基金的銀行計息辦法：當年籌集的部分，按活期存款利率計息;上年結轉的基金本息，按3個月期整存整取銀行存款利率計息;存入社會保障財政專戶的沉澱資金，比照3年期零存整取儲蓄存款利率計息，並不低於該檔次利率水平，管理制度《職工醫療保險制度》。個人帳戶的本金和利息歸個人所有，可以結轉使用和繼承。
各級勞動保障和財政部門，要加強對基本醫療保險基金的監督管理。審計部門要定期對社會保險經辦機構的基金收支情況和管理情況進行審計。統籌地區應設立由政府有關部門代表、用人單位代表、醫療機構代表、工會代表和有關專家參加的醫療保險基金監督組織，加強對基本醫療保險基金的社會監督。
加強醫療服務管理
要確定基本醫療保險的服務範圍和標準。勞動保障部會同衛生部、財政部等有關部門制定基本醫療服務的範圍、標準和醫藥費用結算辦法，制定國家基本醫療保險藥品目錄、診療專案、醫療服務設施標準及相應的管理辦法。各盛自治區、直轄市勞動保障行政管理部門根據國家規定，會同有關部門制定本地區相應的實施標準和辦法。
基本醫療保險實行定點醫療機構(包括中醫醫院)和定點藥店管理。勞動保障部會同衛生部、財政部等有關部門制定定點醫療機構和定點藥店的資格審定辦法。社會保險經辦機構要根據中西醫並舉，基層、專科和綜合醫療機構兼顧，方便職工就醫的原則，負責確定定點醫療機構和定點藥店，並同定點醫療機構和定點藥店簽訂合同，明確各自的責任、權利和義務。在確定定點醫療機構和定點藥店時，要引進競爭機制，職工可選擇若干定點醫療機構就醫、購藥，也可持處方在若干定點藥店購藥。國家藥品監督管理局會同有關部門制定定點藥店購藥藥事事故處理辦法。
各地要認真貫徹《中共中央、國務院關於衛生改革與發展的決定》(中發[1997]3號)精神，積極推進醫藥衛生體制改革，以較少的經費投入，使人民群眾得到良好的醫療服務，促進醫藥衛生事業的健康發展。要建立醫藥分開核算、分別管理的制度，形成醫療服務和藥品流通的競爭機制，合理控制醫藥費用水平;要加強醫療機構和藥店的內部管理，規範醫藥服務行為，減員增效，降低醫藥成本;要理順醫療服務價格，在實行醫藥分開核算、分別管理，降低藥品收入佔醫療總收入比重的基礎上，合理提高醫療技術勞務價格;要加強業務技術培訓和職業道德教育，提高醫藥服務人員的素質和服務質量;要合理調整醫療機構佈局，優化醫療衛生資源配置，積極發展社群衛生服務，將社群衛生服務中的基本醫療服務專案納入基本醫療保險範圍。衛生部會同有關部門制定醫療機構改革方案和發展社群衛生服務的有關政策。國家經貿委等部門要認真配合做好藥品流通體制改革工作。