《高校畢業生就業協議書》與勞動合同是用人單位錄用畢業生時所訂立的書面協議，但兩者分處兩個相互聯絡的不同階段，表現在：
1、主體不同
就業協議適用於應屆畢業生與用人單位、學校三方之間，學校是就業協議的見證方或簽約方，就業協議對用人單位的.性質沒有規定，適用任何單位;而勞動合同只適用於勞動者(含應屆畢業生)與用人單位(不含公務員單位和比照實行公務員制度的組織和社會團體以及軍隊系統)之間，與學校無關。
2、內容不同
畢業生就業協議的內容主要是畢業生如實介紹自身情況，並表示願意到用人單位就業、用人單位表示願意接受畢業生，學校同意推薦畢業生並列入就業方案，而不涉及畢業生到用人單位報到後，所享有的權利義務。勞動合同的內容涉及勞動報酬、勞動保護、工作內容、勞動紀律等方方面面更為具體，勞動權利義務更為明確。
3、時間不同
一般來說就業協議簽訂在前，就業協議應在畢業生就業之前簽訂，而勞動合同往往在畢業生到用人單位報到後才簽訂。
4、目的不同
就業協議是畢業生和用人單位關於將來就業意向的初步約定，是對雙方的基本條件以及即將簽訂的勞動合同的部分基本內容的大體認可，並經用人單位的上級主管部門和高校就業部門同意，一經畢業生、用人單位、高校、用人單位主管部門簽字蓋章，即具有一定的法律效力，是編制畢業生就業方案和將來雙方訂立勞動合同的依據。
5、適用法律不同
就業協議發生爭議，除根據協議本身內容之外主要依據現有的畢業生就業政策和法律對合同的一般規定來加以解決，尚沒有專門的一部法律對畢業生就業協議加以調整。而勞動合同發生爭議，應依據《勞動法》來處理。