《高校畢業生就業協議書》與勞動合同是用人單位錄用畢業生時所訂立的書面協議，但兩者分處兩個相互聯絡的不同階段，表現在：
1、《高校畢業生就業協議書》主要是畢業生在校時，由學校參與見證的，與用人單位協商簽訂的，是編制畢業生就業計劃方案和畢業生派遣的依據(在校期間未簽訂的同學在離校後第一次就業時也要簽訂就業協議書)，勞動合同是畢業生與用人單位明確勞動關係中權利義務關係的協議，學校不是勞動合同的主體，也不是勞動合同的見證方，勞動合同是上崗畢業生從事何種崗位、享受何種待遇等權利和義務的依據。
2、《高校畢業生就業協議書》的內容主要是畢業生如實介紹自身情況，並表示願意到用人單位就業，用人單位表示願意接收畢業生，學校同意推薦畢業生並列入就業划進行派遣。勞動合同的內容涉及勞動報酬、勞動保護、工作內容、勞動紀律等方方面面，更為具體，勞動權利義務更為明確。
3、一般來說《高校畢業生就業協議書》簽訂在前，勞動合同訂立在後，如果畢業生與用人單位就工資待遇、住房等有事先約定，亦可在《高校畢業生就業協議書》備註條款中予以註明，日後訂立勞動合同對此內容應予認可。
4、《高校畢業生就業協議書》是畢業生和用人單位關於將來就業意向的初步約定，對於雙方的基本條件以及即將簽訂勞動合同的部分基本內容大體認可，並經用人單位的`上級主管部門和高校就業部門同意和見證，一經畢業生、用人單位、高校用人單位主管部門簽字蓋章，即具有一定的法律效應，是編制畢業生就業計劃和將來可能發生違約情況時的判斷依據。
5、畢業生在協議書上籤署個人意見之後，用人單位或學校兩方之中只要有一方在協議書上簽字，畢業生即不得單方面終止協議的簽訂工作。畢業生違約時，必須辦理完畢與原簽約單位的解約手續，然後將原協議書交還大學生就業創業指導中心，並換取新的協議書。
6、畢業生如果不慎將協議書遺失，學校原則上不再補發。若因特殊情況需要補發時，畢業生必須以書面形式提出申請(申請表到學院就業指導網站的下載中心下載)，由分管畢業生輔導員和系簽署意見，經大學生就業創業指導中心調查並研究之後酌情處理。
需要說明的是：按程式最後到學校簽章，由學校作最後把關，更有利於維護畢業生合法利益。有些畢業生圖方便，要求學校先簽章，再交用人單位，容易寫上有損畢業生權益的條款，產生不利後果。學校把關，意義還在於確認簽約手續是否完備，否則由於手續不齊等原因，導致報方案時通不過，或派遣後到用人單位無法報到，會加大畢業生心理負擔。