揚州大學的研究生教育開始於上世紀60年代初，是國務院批准的首批博士、碩士學位授予權單位。現有一級學科博士學位授權點11個，一級學科碩士學位授權點44個，博、碩士專業學位15種，涵蓋近80個專業領域。擁有國家級重點學科3個、省一級學科重點學科6個、省優勢學科5個、省重點序列學科1個。博士生導師200多人，碩士生導師2000多人，其中專業學位研究生導師600多人。在籍博、碩士研究生近10000人。
我校將研究生培養與研究生管理融為一體，堅持以服務需求和提高質量為主線，以改革研究生培養模式和建設質量保障體系為著力點，大膽改革，努力創新，強化學術型與專業學位的分類指導，強化教科結合、產學結合，強化全過程、全方位育人，切實提高研究生培養質量。
在研究生招生方面，我校實現了研究生教育由以學術型研究生培養為主向學術型研究生與專業學位研究生培養並重的轉變，提前兩年實現了國家規定學術型與專業型研究生招生總數達1:1的目標。
在研究生培養方面，引導學生由知識性學習向自主研究性學習轉變，積極推進產學研聯合培養研究生的“雙導師制”，加大企事業單位參與研究生培養的力度，在實踐中培養學生的創新能力。創新導師和學生激勵機制，重視導師的遴選、考核和培訓，設立了優秀博士學位論文專項資助基金和全國優秀博士學位論文作者專項配套資助資金。加大研究生教育的國際化建設培養力度，不斷加強研究生國際交流合作能力。先後與法國巴斯德研究所、日本九洲工業大學等機構，通過學分互認、學位互授等方式，聯合培養博士、碩士研究生近百人。尤其是近年來，學校先後設立博士生國際學術會議交流專項基金，引進全英文授課課程，加入國家公派研究生聯合培養博士專案、創新型人才國際合作培養專案，研究生培養國際化程序進一步加快。學校注重加強研究生培養的過程管理，積極實施“研究生培養創新工程”，組織開展研究生 “博雅”大講堂、創新講壇、學術文化節等活動，促進研究生學術交流，嚴把出口關，大幅度提高研究生學位論文雙盲評審比例。
截止目前，我校4篇論文被評為全國優秀博士學位論文，6篇論文獲全國優秀博士學位論文提名，33篇論文被評為省優秀博士學位論文，80篇論文被評為省優秀碩士學位論文，建成省研究生工作站204個，各項指標均居全省高校前列。
今後一個時期，我校研究生教育工作的總體目標是以立德樹人為根本任務，以服務需求、提高質量為主線，堅持“改革、建設和管理”三位一體的原則，按照“完善制度、提高質量、科教結合、支撐創新、適應需求、引領未來”的思路，全面深化綜合改革，著力完善“三型一化”培養模式，大力推進內涵式發展，切實提高研究生教育質量。