南京航空航天大學交通運輸工程學科點始建於1993年成立民航學院之時，2000年獲得運載工具運用工程二級學科博士學位授予權，2003年獲得交通運輸工程一級學科博士學位授予權，並獲准設立該學科的博士後科研流動站，覆蓋了一級學科下的四個二級學科：交通訊息工程及控制、運載工具運用工程、交通運輸規劃與管理、道路與鐵道工程。10年來，民航學院遵循兩個依託(依託南航大、依託民航)的辦學方針，在專業建設的同時，加強學科建設，使得學科整體實力得到逐步提高：研究方向大為拓寬，學術梯隊進一步加強，研究生培養規模不斷擴大，培養質量穩步提高。學科點目前擁有比較先進和完善的教學、科學研究條件和環境，設有四個研究所和一個工程中心。
學科點人才結構合理，師資力量雄厚，學術梯隊成員學歷層次高，富有朝氣和創新精神。學科點現有教授24人(博導16人)，副教授25人。其中教授45歲以下的佔54%.
學科隊伍在研究生培養方面成績顯著，2人入選江蘇省青年學術帶頭人培養計劃。近5年來，獲省級教學成果特等獎1項。學科點培養了大批高層次人才。10年來，已招收博士64名、授予博士學位22人，培養碩士237名，他們在各條戰線上發揮著重要作用，其中一些人成為業務骨幹，或走上管理崗位。
學科點科研力量雄厚，承擔著國家自然科學基金(重大、重點、面上)、國家重點科技攻關、國家863、省部級基金、國際合作以及橫向協作等多層次、多型別的科研專案，在以民航業為主的交通領域中開展了高層次的研究探索和工程實踐。近3年科研經費到款達2300多萬元。1998年來共獲得國家級、部省級科技進步獎37項，其中國家獎2項、省部級獎28項、其他獎7項;轉讓成果26項;發表學術論文700餘篇;出版專著9部。
學科點與國內外多所大學和研究機構建立了廣泛的學術聯絡，開展了密切的學術交往和合作研究工作。1998年以來，學科點先後3次舉辦國際國內學術會議。
在十五期間，學科點的建設思路是強化民航特色、開拓新領域，加強研究投入和環境建設，使得本學科點的優勢研究方向得到進一步加強;同時在已有研究基礎上，結合國家和國防所需，加強航空運輸安全、可靠性、機場規劃與運輸經濟、智慧運輸系統等方面的研究;培養和引進新興交叉學科方向人才;加強對研究生開拓創新能力和工程實踐能力的培養。通過十五期間建設，本學科點將在科學研究水平、研究生培養規模和培養質量等方面再上新臺階，使學科點成為我國民航培養高階管理人才培養的首選基地。