中東研究所的主要研究方向如下：
一、中東與當代國際關係研究
主要研究當代中東地區的政治、經濟、社會、文化、軍事、國際關係等方面。其基本內容包括：
（1）中東政治。包括政治制度、思想、政黨、組織、人物等。
（2）中東經濟。包括髮展模式、石油問題、地區合作、人力資源、教育等。
（3）中東社會文化。包括社會結構、現代化、婦女問題、部落問題、風俗習慣等。
（4）中東國際關係。包括阿以衝突、海灣戰爭等地區衝突及大國與中東的關係、中東國家之間及其與周邊地區的關係等。
（5）中國與中東的關係。
本方向的研究特色：
（1）以相對定型的重大專題作為研究物件，側重於分析戰後中東政治經濟社會發展的規律，而不是關注熱點的跟蹤研究。
（2）採取現狀與歷史相結合的研究方法，從歷史出發審視現實，從而增加對現實的理解深度，把握中東政治經濟發展的大趨勢。
（3）以當代問題為重點。
（4）採用多學科的研究方法，包括政治學、經濟學、歷史學、社會學、國際關係學等學科的方法。 近十餘年來，中東所在中東與當代國際關係研究方面取得了重大成就，在一些重大專題上形成獨有優勢和特長，如民族主義、伊斯蘭教、以色列政治、沙烏地阿拉伯研究、巴勒斯坦問題、人力資源、海灣問題、婦女問題等，出版了一批高質量的專著、譯著和論文，在國內產生了廣泛的影響。另外，中東所也積極致力於研究中東與中國、尤其是中國西北地區關係的研究，為西部大開發服務。
二、中東歷史研究
主要研究中東地區的歷史，其具體內容包括：
（1）中東近現代史。中東近現代的社會、經濟、政治、文化、軍事、宗教、國際關係方面的歷史。
（2）中東古代史。中東古代（含上古和中古）的社會、經濟、政治、文化、軍事、宗教、國際關係方面的歷史。
（3）中東與中國關係史。包括中東與中國政治、經濟、文化、宗教等方面關係的歷史。
本方向的主要特點為：
（1）以歷史交往理論作為主要的理論指導，從而探討中東民族和國家的起源、文明的發展和更替、遊牧民族與農耕民族的關係、與周邊文明的交匯和衝突等。
（2）注重作為基礎的國別史研究，並以一些中東大國為中心形成研究特色和優勢，如阿富汗、沙烏地阿拉伯、伊拉克、伊朗、以色列和巴勒斯坦的歷史等，《中東國家通史》是這一方面的代表作；
（3）以一些有優勢、有傳統、理論性強的大專題為研究中心，如民族主義、中東的現代化與全球化、中東的民族國家構建、伊斯蘭教等。
三、世界宗教文化研究
主要研究內容包括：
（1）伊斯蘭教。包括其起源、發展演變、教派、教義教法、典章制度、傳播、與當代社會的關係、中國伊斯蘭教等。
（2）其他方面。包括基督教、猶太教、祆教、中東古代宗教等。
本方向的主要特點如下：
（1）既注重從宗教學角度對教義、教派、典章制度等方面的研究，也強調從宗教社會學方面進行研究，尤其是對兩世兼重的伊斯蘭教和猶太教。
（2）從文化交往的角度進行宗教史研究。中東地區宗教和教派繁多，相互影響及與周邊的希臘、中亞、南亞宗教文化的交往頻繁，因此研究上述宗教的相互影響具有重要意義。
（3）把對外國宗教的研究與中國西北地區相同宗教的研究相結合，使宗教學研究更好地為國家和地方建設服務，發揮其社會效益。 我校位於西北地區，而西北是伊斯蘭教最先傳入中國的地區，有著大量有關的寺院和歷史遺蹟，也是中國穆斯林的主要聚居區；西北地區在地理上與西亞、中亞毗鄰，民族、宗教和風俗相近，這為研究上述宗教提供了地緣優勢。
