應用技術學院的前身是“重慶河運學校”，創建於1956年3月。建立初期的校名為“交通部重慶航務工程學校”，是當時交通部設在西南地區的唯一一所為我國內河水系和沿海培養交通人才的中等專業學校，由交通部直接領導。1958年9月，學校下放四川交通廳管理，更名為“四川省重慶航務學校”；1962年7月，“四川省重慶航務學校”與“重慶長江航運學校”兩校合併，更名為“重慶河運學校”，由交通部委託長江航運管理局領導；1997年11月，“重慶河運學校”更名為“重慶交通學校”；1999年12月，“重慶交通學校”劃歸當時的重慶交通學院管理，目前是重慶交通大學所屬的二級學院。主要承擔本、專科學歷教育，並開展職業技術培訓與職業技能鑑定。
學院學科專業特色鮮明。現有航運工程系、港灣與船舶工程系、旅遊管理系、道路與橋樑工程系、電子資訊工程系、藝術設計教學部等6個教學單位，開設有9個本科專業（方向）、28個高職專科專業，有3個國家級和省部級教改試點專業，其中航海類等專業在西部地區具有鮮明特色。現有各類在校學生4000餘人。
學院現有航海實訓室、輪機實訓室、水手工藝實訓基地、造船CAD/CAM實驗室、工程機械實驗室、可程式控制器（PLC）實驗室等15個專業實驗實訓室；有校外實訓基地50餘個。
學院師資力量雄厚。現有專任教師85人，有1名交通職業教育專業帶頭人，高階職稱21人，講師61人，“雙師型”教師34人。
學院教學質量優良。學院始終堅持以教學為中心，圍繞地方經濟建設和社會發展的需要，以培養合格的專業技術人才為己任，辦學50多年來，培養了2萬多名合格人才，遍及全國各省、市、自治區，他們中的大多數都已成為所在單位的技術骨幹和管理幹部，不少人還擔任了單位和部門的各級領導職務，為我國社會主義現代化建設做出了積極貢獻。
學院堅持理論教學與實踐訓練並重。“重慶交通大學國家職業技能鑑定所”、“重慶交通大學海事培訓中心”依託學院執行。現有“中華人民共和國重慶海事局船員考證中心”、“職業技術培訓中心”以及“中華人民共和國勞動和社會保障部（OSTA）計算機資訊高新技術考試站”等考證培訓機構。已取得《中華人民共和國船員教育和培訓質量管理體系證書》，具有在校學生參加海船船員適任證書甲類三副、三管輪考試資格，航海類專業學生考試合格可獲得國際通用的海船船員專業培訓和適任培訓證書。獲得了國家及重慶市人力資源與社會保障部門、交通運輸部門、住房與城鄉建設部門授權的物流師、人力資源管理師、公路施工現場管理人員、中級工程測量工、可程式PLC控制器程式設計操作員等26多個工種的職業技能培訓鑑定資質。積極面向在校學生及社會進行各類職業技術培訓及技能鑑定，並向培訓鑑定合格的學員頒發主管機關或行業認可的職業資格證書。
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