福建農林大學交通學院的前身為創建於1958年的原福建林學院森林工業系，1984年更名為森林工程系，1996年更名為交通工程系。2000年原福建農業大學與原福建林學院合併組建成福建農林大學，2001年交通工程系更名為交通學院。
學院擁有林業工程博士後科研流動站和林業工程一級學科博士學位授予點，有林業工程和交通運輸工程2個一級學科碩士學位授予點，林業工程和交通運輸工程2個一級學科專業學位授權點。有森林工程、土木工程、交通工程、交通運輸、都市計畫、工程管理、物流管理等7個本科專業。學院共建有土木材料與結構、森林工程裝備、智慧交通監控、汽車電器、都市計畫、物流管理、計算機模擬與實訓等21個實驗室。學院下設交通工程、交通運輸、土木工程、森林工程和都市計畫等5個系，以及交通工程研究所、永福高新技術研究所、植物纖維新材料研究所等科技服務與研發機構。至今共為社會培養研究生、本專科學生8000多名，包括一大批以外交部副部長宋濤、美國德州農工大學甘建邦教授為代表的傑出畢業生。
學院現有教職員工77人，其中教授12人，副教授17人，高階實驗師1人，講師26人，實驗師 4人，助教4人，助理實驗師2人;教師中，博士生導師4人、碩士生生導師17人，國務院特殊津貼專家1人，留學歸國人員4人，具有博士學位教師13人，具有碩士學位教師32人;在職攻讀博士後1人，在職攻讀博士學位12人。
學院始終堅持科學研究與本科教學並重的方針。近年來全院教師主持參與國際合作專案2項，國家自然基金6項，國家科技部課題2項，省科技廳重點專案12項，省基金專案14項，省級其它課題100餘項，累計科研經費近1000萬元，多項成果達到國際先進和國內領先水平，科技成果獲省部級科技進步二等獎4項、三等獎34項，鑑定成果30項，科技成果產業化8項，發表學術論文700多篇，其中SCI、 EI、ISTP收錄20多篇，已出版專著、教材30多部。承擔了100多項橫向科研合作課題，如福建省道路客運班線與運力發展“十二五”規劃、湖南矮寨特大懸索橋主樑多跨索道運樑架設施工方案、武夷山自然保護區旅遊索橋等工程設計，負責福建省40多個城市的道路交通規劃、道路交通安全規劃、公共交通發展規劃等。承擔了多項省部級教學改革與研究課題，其中國家級精品課程1門、省級教改專案3項、省級精品課程5門，省級教學名師1人，省級教學團隊1個，100 多項校級教學改革與本科教學質量工程專案，公開發表教學研究論文百餘篇。我院教師主編或參編出版教材25部。