交通學院是福建農林大學所屬的二級學院，成立於2001年4月13日，其前身為成立於1958年的福建林學院森林工業系(簡稱森工系)，1996年10月森工系更名為交通工程系。經過46年的發展，全院現有教職工63人，其中博士生導師1人、碩士生導師11人;教授7人、副高職稱 16人;有較高學位的教師7人(博士4人、碩士3人)，在讀博士生2人，在讀碩士生6人。已擁有森林工程專業碩士學位授予點(交通運輸規劃與管理、道路與運輸工程、數字林業工程、工程索道、植物纖維工程材料、機電一體化技術等6個研究方向)，交通工程、交通運輸、土木工程、森林工程等4個本科專業和房屋建築工程1個高職專業，道路與橋樑工程自考專業及4個本專科函授專業，在校生本專科生1000多人，碩士研究生14人。學院下設交通工程系、交通運輸系、土木工程系、森林工程系等4個系以及交通研究所、永福高新技術研究所、土木工程勘測設計院、汽車駕駛員培訓部等科技開發機構。
現有一支學術梯隊比較合理的師資隊伍和良好辦學條件，已形成多個具有自身特色和相對穩定的研究方向，多項科研成果達到國際先進水平，其中獲省部級科技進步二等獎3項、三等獎13項，同時，學院積極進行科研成果的產業化，先後與多家上市公司、企業進行合作，取得了良好的社會、經濟效益。近5年來共承擔科研專案30多項，科研經費1139萬元，發表學術論文300多篇，出版專著、教材20多部。學院充分利用學科專業優勢和科技優勢，組織師生參加開展 “暢通工程”建設，為我省20多個城市編制了道路交通管理規劃和公共交通規劃，主持完成京福高速公路3座特大橋的施工吊裝索道設計，參與316國道、 205國道的施工監理工作，以及永林集團綠色餐具廠、武夷山自然保護區懸索吊橋設計等工作。