藥學院是瀋陽藥科大學歷史上最悠久的二級教學管理機構。1932年10月開始招收調劑班學員；1940年將調劑班改為藥科班；1948年成立藥學專科；1949 年將藥劑專科改為藥劑系；1958 年正式更名為藥學系；2001年4月，在原有藥學系的基礎上，併入了物理化學教研室、分析化學教研室、儀器測試中心、藥物代謝與藥物動力學實驗室，正式組建藥學院。
藥學院下設兩個系：藥劑系和藥物分析系，其中：藥劑系包括3個教研室（或中心）——藥劑教研室、物理化學教研室、藥劑教學實驗中心；藥物分析系包括 5 個教研室（或中心）——藥物分析教研室、分析化學教研室、藥物代謝與藥物動力學實驗室、分析化學教學實驗中心和儀器測試中心。
經過顧學裘等老一代藥學專家的數十年的辛勤建設和發展，我院如今已成為基礎堅實、實力雄厚、在國際上有一定影響的藥學院。在藥物製劑的理論與實踐、藥物質量控制、藥物代謝與藥物動力學研究等領域的研究均處於國內領先水平。各類課程均有學科帶頭人和骨幹教師，薈萃著眾多的藥學專家、教授和學者，具有豐富的教學實踐經驗和很強的科學研究能力。
藥學院擁有國家級重點學科——藥劑學科（設有“長江學者”特聘教授崗位）、遼寧省重點學科——藥物分析學科；藥劑學、藥物分析學和分析化學為國家精品課程；藥劑專業為國家級一類特色專業、遼寧省高等學校示範性專業；藥劑教學實驗中心為遼寧省普通高校實驗教學示範中心。藥學院現有教職員工120人（其中教授23人，副教授36人，教授級高階工程師1人，高階工程師7人，講師31人，工程師6人），博士生導師22人，碩士生導師36人；有30餘人分別擔任過國務院學位委員會學科評議組成員、國家自然科學獎科技進步獎評委、衛生部醫藥科學委員會藥學專題委員會委員、國家藥典委員會委員、國內外學術團體的領導以及國際性、全國性期刊雜誌的正副主編或編委等，在國內享有較高聲譽。
在出色完成各層次的教學任務的同時，學院還承擔了國家新藥研究基金科研專案6項以及國家、省、市下達的其它科研任務100多項，並取得了一系列科研成果，許多專案達到了國際先進水平，填補了國內空白。學院綜合辦學條件優良，基本設施齊全，能夠充分滿足教學、科研的需要。學院擁有LC-MS、LC-MS/MS 、600MHz超導核磁共振儀、GC-MS 、紅外分光光度計、旋光儀、元素分析儀等從事應用基礎研究和新藥開發研究的各種大型精密儀器裝置。
在長期的辦學實踐中，藥學院以嚴謹的學風、執著的科學創新精神取得了豐碩的成果，目前已經發展成為多學科、多層次、富有特色的二級學院。藥學院現有藥學博士後流動站1個，藥學一級學科博士學位授權點1個（二級博士學科和碩士學科2個，包括藥劑學和藥物分析學），化學一級學科碩士學位授權點1個（其中二級學科碩士學位授予點2個，包括物理化學和分析化學）,本科專業2個，含藥學國家理科基地班、藥學英語班、藥學日語班、藥學班和藥物製劑班，其中，國家理科基地班1996年被國家教委批准為在省屬高校中唯一的國家理科基礎科學研究和教學人才培訓試點班，並於2006年獲得國家教育部正式批准。五年制的藥學英語班和日語班在國內外也有較大的影響。現全院共有全日制在校生2908人，佔全校學生總數的48% ，其中本科生2249人，碩士研究生599人，博士研究生112人。
在對學生的培養過程中，學院始終堅持以德育教育為核心，以學風建設為主線，全面推進素質教育，培養了一大批具有較高綜合素質的藥學高階人才，近幾年有近三分之一的應屆畢業生考取了研究生。我院培養的學生以其良好的職業道德、紮實的專業功底和很強的綜合能力，深受用人單位的歡迎和好評，其中很多人成績卓著，成為聞名中外的專家、學者和企事業的領導骨幹，並有二人當選為院士。
如今，藥學院全體師生肩負著新的歷史使命，決心抓住機遇，與時俱進，開拓進取，為建設具有國際先進水平的一流藥學院而努力奮鬥。
