海關稽查是指海關依法對監管期限內的保稅加工貨物、保稅物流貨物進行驗核查證，檢查監督保稅加工企業、保稅物流企業和海關特殊監管區域、保稅監定場所內保稅業務經營行為的真實性、合法性的行為。
一、瞭解海關稽查的目的
海關稽查分為通知稽查和徑行稽查，其中企業接觸最多的是通知稽查，在實施稽查3日前，書面通知被稽查人有關稽查事項的稽查。
二、海關稽查內容
海關對被稽查人的下列活動的真實性和合法性實稽查：
1.進出口申報;
2.進出口關稅和其他稅、費的繳納;
3.進出口許可證、件的交驗;
4.與進出口貨物有關的資料記載、保管;
5.保稅貨物的進口、使用、儲存、加工、銷售、運輸、展示和復出口;
6.減免稅進口貨物的使用、管理;
7.轉關運輸貨物的承運、管理;
8.暫時進出口貨物的使用、管理;
9.其他進出口的'活動。
三、積極配合海關稽查
1.海關實施稽查時，企業應配合海關稽查工作，其法定代表人或主要負責人或其授權代表應到場，如實反映情況，並提供必要的工作條件;
2.企業應按海關要求提供有關資料，協助清點、複製，並在影印件上簽字、蓋章;
3.海關稽查人員認為有必要時，可對企業有關人員製作《詢問筆錄》，企業有關人員應如實回答海關工作人員的提問，詢問結束後在《詢問筆錄》上簽字(蓋章);
4.當海關稽查人員認為有必要的，可對企業的帳簿、單證等有關資料和進出口貨物實施封存，企業按照海關的要求開啟場所、搬移貨物，開啟、重封貨物的包裝。
四、海關稽查結論
1.海關稽查人員根據稽查情況撰寫稽查報告，並徵求企業意見。企業收到稽查報告後，應在7日內向稽查組提出書面意見，逾期未提交的，視為無意見;
2.海關在收到企業反饋的稽查報告之日起30日內作出《海關稽查結論》，並送達企業;
3.海關在稽查中發現企業有私運、違反海關監管規定行為嫌疑的，海關予以立案調查。
進口貨物海關實施一次申報、分步處置的通關管理模式，先在口岸確定是否查驗，排除安全准入風險後，貨物可先予放行;海關第二步開展涉稅申報要素批量稽核，通過稽查等手段監督稅收入庫。改革後，企業申報更自由、手續更簡便、通關更順暢，海關稽查也將承擔越來越多的海關監管職責。